1. Amuk Massa di KupangAmuk Massa ini terjadi pada tanggal 30 November 1998, karena isu pembakaran gereja, organisasi-organisasi kemahasiswaan dan kepemudaan Kristen di NTT kemudian bergerak menuju masjid di perkampungan muslim kelurahan Bonipoi dan Solor, setelah sebelumnya melakukan perusakan masjid di Kupang. Amuk massa ini mengakibatkan setidaknya 11 masjid, 1 mushola, dan beberapa rumah serta pertokoan milik warga muslim rusak. Dua hari setelahnya, kerusuhan masih terjadi yaitu kerusakan rumah milik ketua Partai Persatuan Pembangunan (PPP), masjid dan toko-toko milik orang Bugis.Kerusuhan Kupang tersebut berakar dari persaingan kelompok masyarakat, yaitu antara penganut Kristen yang umumnya warga asli dan warga muslim, yang sebagia adalah pendatang. Kecepatan pertumbuhan masjid dan perkembangan ekonomi umat Islam yang baik, karena mereka sulit menjadi Pegawai Negeri Sipil (PNS), menimbulkan kecemburuan sosial. Amuk massa tanggal 30 November 1998 adalah momentum di mana kecemburuan tersebut mendapatkan ekspresinya lewat idiom agama.

2. Amuk Massa di KetapangAmuk massa ini memiliki rangkaian dengan amuk massa di Kupang, terjadi pada terjadi tanggal 21 November 1998. Bermula dari pemukulan penjaga bulu tangkis yang berasal dari Ambon terhadap seorang warga Ketapang. Peristiwa tersebut menjadi amuk massa ketika ada isu tentang masjid yang dibakar oleh warga Ambon.Isu tersebut kemudian mengara kepada perusakan gereja tempat warga Ambon. Terjadilah bentrokan antara warga dan berbagai tindak perusakan. Tercatat ada 16 orang meninggal, 81 luka-luka, 427 orang rawta jalan, 16 gereja dibakar, 1 masjid rusak, 3 sekolah rusak, selain, kantor koramil, bank, dan rumah serta kendaraan.

3. Amuk Massa di Mataram (NTB)Pada tanggal 17 Januari 2000 dilaksanakan Tablig Akbar untuk solidaritas kasus Ambon di Mataram, yang dikenal dengan Peristiwa 171. Tabligh Akbar tersebut didahului dengan surat terbuka kepada umat Nasrani di NTB agar turut mengutuk serangan terhadap umat Islam di Ambon. Selesai acara tersebut, secara tidak terduga terjadi pembakaran terhadap gereja-gereja dan sekolah Kristen. Kerusuhan terjadi selama tiga hari (sampai tanggal 19) dengan sasaran yang semakin beragam, yaitu rumah-rumah warga Nasrani dan pusat-pusat perdagangan.Di antara faktor-faktor yang ditengarai sebagai penyebab amuk massa tersebut antara lain pembangunan gereja-gereja mewah yang tidak mendapatkan izin dari pemerintah setempat, tetapi tetap dibangun. Ada pula gereja yang para jemaatnya datang dari luar wilayah dimana gereja tersebut dibangun.