LAPORAN PENELITIAN

Penelitian Pembinaan dan Pengembangan Kelompok Bidang Kajian (PPKBK)

Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda

Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit

Vetiveria zizanioides L .

DR. A N Y F I T R I A N I , M.Si

A N Y A R Y A N I , S.Si, M.Si.

Dibiayai Oleh Dana Bantuan Operasional Perguruan Tinggi Negeri (BOPTN)

Tahun Anggaran 2013 dengan S K Rektor Nomor : 2607/UN40/PL/2013,

Tanggal 03 Mei 2013

J U R U S A N P E N D I D I K A N B I O L O G I

F A K U L T A S P E N D I D I K A N M A T E M A T I K A D A N I P A

U N I V E R S I T A S P E N D I D I K A N I N D O N E S I A

J l Dr. Setiabudhi 229 Bandung 40154

N O V E M B E R , 2013

Lembar Pengesahan Laporan Penelitian

Penelitian Pembinaan dan Pengembangan Kelompok Bidang Keilmuan

Judul Penelitian

Nama Ketua Penelitian NIP Pangkat/Gol/Jabatan Program Studi Jurusan/Fakultas Alamat Rumah Telepon/HP/Faksimili/e-mail

Nama Anggota Peneliti

: Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit Vetiveria zizanioides L .

: Dr. Any Fitriani, M.Si . :196502021991032001 : Pembina/IVa/Lektor Kepala : Biologi : Pendidikan Biologi/FPMIPA : Nata Endah C-44 Kopo Bandung :22-5416205/08122380657/22-5416205/ anyfitidani(a)upi.edu;anvfitrianira)yahoo.com

No Nama dan Gelar Bidang Keilmuan Instansi Jur/Fak/Asal PT 1 Any Aryani, S.Si.M.Si. Genetika Molekuler Pend Bio/PMIPA/UPI

Jangka Waktu Penelitian Total Biaya yang dibutuhkan

lObulan Rp.52,000,000 (lima puluh dua juta rupiah)

Mengetahui,

PMIPA UPI

Bandung, 15 November 2013

Ketua Peneliti,

Kadarohman, M.Si. 1^Ip-T95f55091987031002

Dr. Any Fitriani, M.Si . NIP 196502021991032001

Menyetujui,

Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit Vetiveria zizanioides L .

Any Fitriani*' , Any Aryani

Program Studi Biologi, FPMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr. Setiabudhi 229 Banding 40154

*) anyfitriani@vahoo.com

A B S T R A K

Beragam bakteri endofit hidup di dalam jaringan tumbuhan, diantaranya di dalam jaringan akar. Bakteri endofit berkembang biak di dalam jaringan tanpa mengganggu dan merusak jaringan itu sendiri bahkan banyak yang bermanfaat sebagai penghasil hormon yang membantu pertumbuhan inangnya, selain itu penghasil senyawa antibakteri. Kemampuan antibakteri menunjukkan potensi antibiotik. Biosintesis antibiotic melibatkan gen ketosintase sebagai penyandi enzim ketosintase yang berperan dalam kondensasi ikatan poliketida dalam sintesis antibiotik. Vetiveria zizanioides adalah salah satu tumbuhan obat yang banyak dimanfaatkan sebagai antibakteri karena mengandung senyawa golongan terpenoid dan flavonoid. Tujuan penelitian adalah mengisolasi gen ketosintase dengan primer D K dan HGL, mengkarakterisasi gen ketosintase untuk mendapatkan pohon filogenetika sehingga diperoleh informasi kekerabatannya. DNA dari tujuh belas isolat bakteri endofit akar V. zizanioides akan diisolasi dan gen ketosintase diamplifikasi dengan primer D K dan HGL. Diperoleh lima isolat yang positif dengan primer D K atau HGL. Melalui studi filogenetik, bakteri H , M , dan O merupakan kelompok bakteri yang kekerabatannya dekat dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tipe I , sedangkan bakteri A dan K termasuk ke dalam kelompok bakteri yang dapat menghasilkan ketosynthase tipe I I . Adanya pemishan pada cabang pohon kekerabatan bakteri tersebut menunjukkan bahwa adanya evolusi gen ketosynthase pada bakteri-bakteri itu sendiri.

Kata kunci : gen ketosintase, antibiotik, bakteri endofit, Vetiveria zizanioides

Characterization o f ketosynthase gene as antibiotic biosynthesis marker from endophytic bacteria Vetiveria zizanioides L .

Any Fitriani**, Any Aryani

Program Study Biologi, FPMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr. Setiabudhi 229 Banding 40154

*) anvfitriani(q)yahoo.com

A B S T R A C T

Endophytic bacteria live and proliferated in tissue o f organism, such as in the root plant without damaging its tissue. They synthesized growth hormones or antibacterial agent. Antibacterial capability showed as antibiotic. Vetiveria zizanioides is medicinal plant that use as antibacterial because has secondary metabolites as terpenoid and flavonoid. The aim of the research is to isolate ketosynthase gene employing DK and HGL primer and to characterize the gene to form phyllogenetic. D N A from seventeen isolates were isolated and the D N A was amplified. Five isolates positively have ketosynthase gene. Based on phyllogenetic study, bacteri H , M , and O include to ketosynthase type I , whereas bacteri A and K include to ketosynthase type I I . Phyllogenetic showed separation o f groups dependent to evolution process o f ketosynthase gene in bacteria.

Keywords : ketosynthase gene, antibiotics, endophyte bacteria, Vetiveria zizanioides

K A T A P E N G A N T A R

Puji syukur kehadirat Allah yang maha kuasa yang telah memberi kesempatan untuk menyelesaikan penelitian ini . Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan dari penelitian sebelumnya dengan roadmap yang sudah jelas. Penelitian ini didanai BOPTN D I K T I tahun 2013.

Pada kesempatan ini , kami haturkan terima kasih kepada beberapa pihak yang telah membantu : 1. Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan

Republik Indonesia yang telah memberikan dana penelitian 2. Rektor Universitas Pendidikan Indonesia yang telah memberikan kesempatan

untuk melakukan penelitian 3. Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Pada Masyarakat Universitas

Pendidikan Indonesia yang telah membantu penyelenggaraan penelitian 4. Dekan Faktultas Pendidikan Matematika dan I lmu Pengetahuan Alam yang telah

membantu fasilitas dalam pelaksanaan penelitian Semoga penelitian ini bermanfaat bagi mahasiswa bimbingan khususnya dan

peneliti umumnya.

Bandung, 15 November 2013

Ketua Peneliti

D A F T A R ISI

A B S T R A K «

ABSTRACT i "

K A T A PENGANTAR iv

D A F T A R T A B E L v

D A F T A R G A M B A R vi

P E N D A H U L U A N 1

T I N J A U A N PUSTAKA 2

METODE PENELITIAN 8

HASIL PENELITIAN 9

K E S I M P U L A N 14

DAFTAR PUSTAKA 15

J

D A F T A R T A B E L

T A B E L J U D U L H A L

4.1 Hasil Spektrofotometer D N A Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides 10

•

I

D A F T A R G A M B A R

G A M B A R J U D U L H A L

2.1 Contoh Sintesis Poliketida aromatik, Dimana Ketosynthase (KS) 5

2.2 Roadmap Penelitian (Fitriani, 2010-2015) 7

3.1 Diagram fishbone dari penelitian yang akan dilakukan 9

4.1 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Degenerate Oligonucleotide Isolat Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides L. ... 12

4.2 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Heterocyst Glycolipid Isolat Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides L 13

4.3 Pohon Filogenetik ketosynthase Tipe I pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Degenerate 15 Oligonucleotide

4.4 Pohon Filogenetik Diversitas ketosynthase pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Heterocyst Glycolipid ... 16

I . P E N D A H U L U A N

1. Latar Belakang Masalah

Tumbuhan genus Vetiveria merupakan salah satu tanaman penghasil minyak atsiri

(Champagnant et al. 2008). Menurut Leupin (2001), minyak atsiri yang dihasilkan oleh

Vetiveria zizanioides memiliki banyak variasi metabolit sekunder diantaranya a-vetivone

dan P-vetivone yang dominan memberi aroma khas dari akar wangi, selain itu ada juga

vetiverol, vetivenols, dan khusimol. Penelitian pada V. zizanioides di India menunjukkan

bahwa senyawa yang terkandung dalam akar V. zizanioides memil iki sifat biologis yang

dapat diaplikasikan sebagai antijamur, antioksidan, dan antibakteri. Minyak atsiri V

zizanioides bersifat aktif sebagai insektisida nyamuk dan serangga lainnya seperti rayap,

kecoa, dan semut merah (Rahmawati 2010). Menurut Long (2003), aktivitas bakteri

patogen dapat dihambat oleh bakteri yang hidup di dalam jaringan tumbuhan yang umum

dikenal dengan sebutan bakteri endofit.

Beberapa tahun terakhir ini penggalian sumber daya mikroba yang terdapat di

dalam jaringan tanaman mulai banyak mendapat perhatian. Mikroba tersebut mulai

dipelajari untuk berbagai tujuan. Dari sekitar 300.000 jenis tanaman yang tersebar di muka

bumi ini , masing-masing tanaman mengandung satu atau iebih mikroba endofit. Bakteri

endofit merupakan mikroorganisme yang selama siklus hidupnya berada dalam jaringan

tanaman dan dapat membentuk koloni tanpa menimbulkan kerusakan pada tanaman

tersebut. Bakteri endofit biasanya terdapat dalam suatu sistem jaringan seperti daun,

ranting, dan akar tumbuhan (Strobel & Daisy 2003).

Mikroba endofit memiliki simbiosis mutualisme dengan tumbuhan inangnya. Pada

situasi ini mikroba endofit memperoleh nutrisi dari tanaman (Rosenblueth & Romero

2006). Tanaman mendapatkan manfaat dengan kehadiran mikroba endofit seperti memacu

pertumbuhan tanaman dan meningkatkan resistensi tanaman dari berbagai macam

patogen. Mikroba in i dapat menginfeksi tumbuhan sehat pada jaringan tertentu dan

mampu menghasilkan senyawa-senyawa seperti mikotoksin, enzim, antibiotik, dan

senyawa yang bermanfaat bagi pertumbuhan dan perkembangan tanaman (Strobel &

Daisy 2003).

Selama beberapa tahun terkini, Ketosynthase diketahui sebagai salah satu

superfamily dari enzim kompleks biosintetik yang berasosiasi dengan prokariotik, fungi

dan tumbuhan. Salah satu jenis Polyketide synthase tipe I ini telah banyak diketahui dapat

memproduksi berbagai produk seperti antibiotik maupun produk lainnya yang diperlukan

untuk keperluan medis dan industri dalam skala yang besar. Dikarenakan enzim ini sangat

berpotensi untuk penemuan obat-obatan beserta antibiotik masa depan, maka penting

sekali diperlukan kajian dan penelitian secara terus menerus untuk mengetahui

ketersediaan dan diversitas dari enzim ketosynthase tersebut di lingkungan (Moffit dan

Neilan, 2003). Berdasarkan sejumlah penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa

superfamily enzim Ketosynthase ini ditemukan pada beberapa jenis bakteri, yaitu

umumnya pada bakteri Streptomyces. Selain itu, enzim ini pun dapat di sintesis oleh

sejumlah bakteri endofit, khususnya bakteri endofit pada jaringan tumbuhan.

Berkaitan dengan hal di atas, telah dilakukan isolasi dan karakterisasi isolat-isolat

endofit akar V. zizanioides. Karakterisasi yang dilakukan adalah pengamatan morfologi

koloni, fisiologi dan biokimia serta identifikasi isolat potensi penghasil antibiotik dan

metabolit lainnya. Kesepuluh isolat memiliki karakteristik yang berbeda, dan hasil

penapisan menunjukkan ada 4 isolat yang mampu menghambat pertumbuhan koloni

Streptococcus pyogenes, 4 isolat mampu menghambat pertumbuhan koloni

Staphylococcus aureus, dan 4 isolat mampu menghambat koloni Pseudomonas aeruginosa

(Fitriani et al. Reviewed).

Berdasarkan latar belakang tentang potensi kesepuluh bakteri endofit sebagai

penghasil antibiotik, maka perlu dilakukan penelitian yang mengarah pada deteksi

biosintesis metabolit sekunder melalui gen ketosintase. Hal ini sangat penting dilakukan

untuk mempelajari keberadaan secara pasti metabolit sekunder yang dihasilkan, yang

berperan sebagai antibiotik.

2. Rumusan dan Tujuan Penelitian

Rumusan dari penelitian ini adalah Bagaimana karakterisasi gen ketosintase

sebagai penanda biosintesis antibiotik dari bakteri endofit Vetiveria zizanioides L. Tujuan

dari penelitian ini adalah (1) mengisolasi gen ketosintase dari isolat-isolat yang potensi

penghasil antibiotik ekstraseluler (10 isolat); (2) menyusun filogenetik antar isolat; (3)

karakterisasi gen ketosintase.

3. Urgensi dan Luaran Penelitian

Penelitian ini sebagai pilot untuk penelitian serupa terutama dalam hal eksplorasi

bakteri penghasil antibiotik. Hasil karakterisasi gen ketosintase akan menjadi bahan untuk

perancangan primer gen ketosintase yang khas untuk bakteri endofit.

Hasil yang diperoleh berupa primer deteksi penghasil antibiotik dapat

diaplikasikan pada instansi-instansi terkait seperti perusahaan obat, Rumah Sakit,

Lembaga Penelitian atau Perguruan Tinggi. Kegiatan tersebut berkaitan dengan

Pengabdian Pada Masyarakat.

Hasil penelitian ini juga sangat berpotensi diajukan pada Hak Kekayaan Intelektual

(HKI) , seperti primer deteksi ketosintase untuk bakteri.

I I T I N J A U A N P U S T A K A

Mikroorganisme endofit didefinisikan sebagai mikroorganisme yang selama

siklus hidupnya berada dalam jaringan tumbuhan dan dapat membentuk koloni tanpa

menimbulkan kerusakan pada tumbuhan tersebut (Strobel & Daisy, 2003). Mikroba

endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan fungi, namun fungi lebih sering

diisolasikan. Bakteri endofit dapat didefinisikan sebagai bakteri yang hidup pada jaringan

internal tumbuhan yang tidak menimbulkan efek negatif pada tumbuhan tersebut

(Rosenblueth & Martinez-Romero, 2006).

Tumbuhan tingkat tinggi dapat mengandung beberapa bakteri endofit yang

mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai

akibat koevolusi atau transfer genetik (genetic recombination) dari tumbuhan inangnya ke

dalam bakteri endofit sepanjang waktu evolusinya (Tan & Zhou, 2001). Banyak penelitian

yang mempelajari tentang kemampuan mikroba endofit berada di dalam tumbuhan dan

hubungannya dengan inang. Endofit di dalam tumbuhan berada di ruang antar sel. Endofit

awalnya ada di luar tubuh tumbuhan yang kemudian masuk j ika terjadi luka pada

tumbuhan. Jika sudah berada dalam tumbuhan. endofit akan menetap. Endofit berkembang

biak di dalam tumbuhan tanpa menyebabkan penyakit bagi tumbuhan inangnya (Strobel &

Daisy, 2003).

Potensi-potensi yang d i m i l i k i mikroba endofit telah dikaji untuk berbagai

tujuan, salah satunya adalah untuk memproduksi senyawa bioakt i f sebagai agen

proteksi tumbuhan yang biasanya terdapat dalam suatu sistem jaringan seperti daun,

batang, atau akar tumbuhan (Strobel & Daisy, 2003).

Bakteri endofit dapat bermanfaat bagi inangnya dengan memproduksi sejumlah

produk alami yang dapat dimanfaatkan untuk kepentingan-kepentingan di bidang

pengobatan. pertanian, atau industri. Selain itu, bakteri endofit juga menunjukkan bahwa

mikroorganisme tersebut memiliki potensi untuk menghilangkan kontaminan-kontaminan

pada tanah dengan mempertinggi fitoremediasi dan ikut serta dalam proses fertilitas tanah

seperti fiksasi nitrogen (Ryan et al., 2007). Mekanisme peningkatan pertumbuhan tanaman

oleh bakteri endofit dapat terjadi melalui beberapa cara diantaranya melarutkan senyawa

fosfat, fiksasi nitrogen, merangsang pertumbuhan akar lateral, dan menghasilkan hormon

pertumbuhan (Rosenblueth & Martinez-Romero. 2006).

Penelitian endofit V. zizanioides telah dilakukan beberapa tahun terakhir di

Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Pendidikan Biologi. Hasil penelitian menunjukkan

isolat endofit yang diperoleh dari akar, diperoleh 10 isolat berbeda. Warna isolat bervariasi

seperti putih (dominan), kuning dan transparan. Bentuk koloni seperti menyebar, bundar

(dominan), tombol, ikal dan konsentris. Elevasi koloni didominasi elevasi timbul,

sedangkan lainnya datar, dan tombol. Bentuk sel basil (dominan), dan kokus, pewarnaan

didominasi Gram negative, sedangkan Gram positif hanya sedikit.

Kesepuluh isolat menunjukkan hanya 5 yang mampu menghidrolisis pati, 7 isolat

mampu menghidrolisis l ipid, 7 isolat mampu menghidrolisis kasein. Hanya 2 isolat yang

mampu memfermentasi laktosa, 8 isolat yang mampu memfermentasi sukrosa, dan 5 isolat

yang mampu memfermentasi dekstrosa, 8 isolat mampu menghasilkan katalase, dan tidak

ada yang mampu menghasilkan urease. Hasil penapisan menunjukkan semua isolat

mampu menghasilkan antibiotik terbukti dari kemampuannya menghambat pertumbuhan

bakteri Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus, dan Pseudomonas aeruginosa.

Dua isolat terbaik yang mempunyai daya hambat terbesar terhadap ketiga bakteri patogen,

diidentifikasi secara molekuler melalui analisis sekuen gen 16S rRNA. Hasil analisis

menunjukkan isolat tersebut Burkholderia sp. SK080331dan Pseudomonas sp. IBUN S1407

(Permatasari 2011).

Polyketide Synthase (PKSs) merupakan jenis enzim multifungsional yang terlibat

dalam biosintesis senyawa poliketida dalam skala besar (Hopwood dan Sherman, 1990).

Banyak sekali macam-macam poliketida yang disintesis dari bakteri dan fungi serta

memiliki kemampuan antibiotik atau mycotoksik (seperti erythromycin, rifamycin dan

aktinorhodin). Senyawa Poliketida juga bisa disintesis dari tumbuhan, dimana enzim ini

memiliki berbagai macam fungsi termasuk perannya dalam pigmentasi bunga, pertahanan

terhadap organisme pathogen (phytoalexins), respons menerima cahaya tampak dan UV,

dan perannya dalam interaksi antara tumbuhan simbiotik dengan organisme pathogen).

Keragaman atau diversitas aktifitas biologis dari poliketida ini dapat membentuk sejumlah

metabolit sekunder dan protein PKS dapat mensintesisnya, sehingga penting sekali untuk

melakukan penelitian biofarmasi ini . PKSs dan asam lemak/ Fatty acid synthases (FASs)

memiliki protein domain yang mirip dan secara umum jalur biosintesisnya memiliki

beberapa ciri-ciri khusus. Secara struktural dan fungsional. Polyketide synthase (PKSs)

berhubungan erat dengan Fatty acid synthase (FAS's). dimana kedua kelas enzim tersebut

dapat mengkatalisis kondensasi metabolit primer aktif (asetil-CoA dan malonyl CoA)

untuk membentuk polimer P-ketoacyl yang dihubungkan dengan enzim oleh ikatan

thioester (Castoe et al. 2006).

PKSs terbagi ke dalam tiga kelompok besar sub klas enzim, yaitu Polyketide

synthase tipe I , tipe I I , dan tipe I I I . PKSs fungsional paling sederhana terdiri dari

acyltransferase (AT) , Ketosynthase (KS), dan Acyl Carrier Protein (ACP) yang semuanya

berasal dari Polyketide synthase type I yang bertanggung jawab dalam biosintesis

poliketida. Polyketide synthase type I merupakan kelompok enzim kompleks

multifungsional terbesar dengan enzim kompleks tunggal yang bertanggung jawab dalam

biosintesis poliketida (Gambar 2.1). Contoh biosintesis Polyketide synthase type I adalah

erythromycin A dan rapamycin yang disintesis oleh bakteri PKSs tipe 1. Ketosynthase

merupakan superfamily dari enzim Polyketide synthase type I . Perkembangan biologi

molekuler terkini memberikan kemajuan untuk penelitian enzim tersebut. Enzim

Ketosynthase (KS) kurang lebih memiliki ukuran 700 bp (Moffi t dan Neilan, 2003).

Amplifikasi fragmen gen KS diketahui dapat digunakan untuk penyelidikan homologi

hibridisasi yang secara signifikan dapat memfasilitasi kloning biosintesis antibiotik. Selain

itu, analisis filogenetik bakteri berdasarkan fragmen KS dapat menunjukkan evolusi

species bakteri yang mensintesis Ketosynthase tersebut atau hanya evolusi molekuler dari

gen biosintesis antibiotik saja. Filogenetik yang tidak sama menunjukkan bahwa itu

merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik (Metsa"-Ketela et al. 2002).

Gambar 2.1. Contoh Sintesis Poliketida aromatik. Dimana Ketosynthase (KS) Berperan Sebagai Unit Katalitik atau Pemanjangan pada Proses Kondensasi Poliketida (a) Pemanjangan Rantai oleh

Domain Ksp ; (b) Gugus Acetyl Lepas dari ACP Menuju Active Site Cysteine pada Ksa (Hoopwood dan Sherman 1990)

Penelitian yang akan dilaksanakan adalah mengisolasi gen ketosintase dari 10

isolat endofit yang diperoleh dari organ akar menggunakan metode PCR (Moffi t dan

Neilan 2002). Ampl ikon akan disekuen untuk mengetahui urutan nukleotidanya dan akan

dianalisis bioinformatika untuk mengetahui karakteristik dari setiap gen ketosintase.

Melalui tahap ini akan diketahui isolat-isolat yang memiliki gen ini dan dikaitkan dengan

kemampuan biokimia dan fisiologi dari isolat.

Vetiveria zizanioidess L

Analisis Kandungan Senyawa;

GC-MS : fenolik, terpenoid, alkaloid (2010-2011)

Uj i aktivitas senyawa;

Ant i Staphylococcus aureus, anti Streptococcus pyogenes, anti Pseudomonas aeruginosa, (2010-2011)

Bakteri Hidrolit ik;

Filosfer, rhizosfer (2012-

2013)

Karakterisasi Bakteri

Hidrolitik (2013)

Isolasi dan karakterisasi bakteri endofit (morfologi, biokimia, gen ketosintase) (2011-2012)

'rimer spesifik, deteksi metabolit sekunder pada bakteri endofit (2013-2014)

Agen Elisitor; Bioteknologi Sintesis

(2014-2015) Senyawa Obat (2014-2015) Senyawa Obat

(2015)

Gambar 2.2 Roadmap Penelitian (Fitriani, 2010-2015)

I l l M E T O D E P E N E L I T I A N

1. Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian akan dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi , Jurusan Pendidikan

Biologi, FPMIPA UPI. Penelitian ini diajukan untuk 10 bulan pelaksanaan.

2. Isolasi gen Ketosintase

a. Isolasi DNA

D N A dari isolat yang positif menghasilkan antibiotik akan diisolasi merunut

pada Sambrook dan Russel (2001).

b. Amplifikasi gen Ketosintase

Komposisi mix PCR untuk mengamplifikasi D N A adalah buffer enzim (NEB

U .S .A) lOx sebanyak 2,5 pi hingga konsentrasi akhir 2,5 m M , dNTPs (mix)

sebanyak 0,5 pi dengan konsentrasi akhir 0,2 m M tiap dNTP, enzim

Taqpolimerase (NEB U.S.A) dengan konsentrasi akhir 1-2,5 U/pl . (Sambrook

dan Russel, 2001). Amplifikasi Ketosynthase (KS) ini menggunakan pasangan

primer degenerate oligonucleotide,, yaitu D K F (forward) dan DKR (reverse)

serta pasangan primer Heterocyst Glycolipid, yaitu HGLF (forward) dan

HGLR (reverse) dengan konsentrasi masing-masing 0,1 pi . Sebanyak 0,1 pi

DNA bakteri sebagai D N A template dan menambahkan Aqua bidestilata

(ddHbO) steril hingga 25 pi. Tabung PCR dimasukkan ke dalam mesin PCR

(Perkin Elmer Thermal Cycler) yang diprogram untuk melaksanakan beberapa

kondisi. yaitu pre denaturasi awal pada suhu 94°C selama 2 menit, denaturasi

pada suhu 94°C selama 5 detik, annealing pada suhu 55°C untuk pasangan

primer D K F / D K R dan 50°C untuk pasangan primer HGLF/HGLR selama 10

detik, extension pada suhu 72°C selama 1 menit, tahap extension akhir pada

suhu 72°C selama 7 menit dan tahap inkubasi pada suhu 4°C tanpa batas

waktu. Reaksi amplifikasi pada mesin PCR dilakukan selama 30 siklus.

Amplikon dielektroforesisi pada gel agarose 0,8% dalam buffer TAE I X untuk

melihat kualitas hasil amplifikasi (Moffit dan Neilan, 2003).

3. Filogenetik berdasarkan gen Ketosintase

a. Sekuensing Amplikon

Setiap amplikon yang diperoleh akan disekuen di Macrogen (Korea Selatan).

b. Analisis Filogenetik

Alignment Sekuens protein PKS (Polyketide synthase) menggunakan program

PILEUP dari GCG dan tool multiple-sequence alignment dari software Clustal

X (Thompson et al. 1994 dalam Moffit dan Neilan, 2003) dan software

PHYLIP (version 3.5c) untuk menganalisis filogenetik bakteri endofit tersebut.

4. Karakterisasi gen ketosintase

Karakterisasi dilakukan dengan bioinformatika untuk melihat sekuen yang

lestari.

Gambar 3.1. Diagram fishbone dari penelitian yang akan dilakukan

I V H A S I L P E N E L I T I A N Y A N G T E L A H D I C A P A I

A. Hasil Isolasi dan Kuantifikasi DNA

Telah berhasil dilakukan isolasi D N A total genom pada 17 bakteri endofit akar

Vetiveria zizanioides L . dengan menggunakan protokol standar dari kit Fermentas yang

telah mengalami beberapa modifikasi. Selanjutnya dilakukan pengukuran kuantitas atau

konsentrasi D N A dari setiap hasil isolasi DNA bakteri tersebut. Setiap isolat DNA diambil

1 pi kemudian diencerkan hingga lima ratus kali pengenceran. selanjutnya dianalisis

kuantitas dan kemurniannya melalui spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm

dan 280 nm. Hasil spektrofotometer tersebut selanjutnya dihitung untuk menentukan

konsentrasi D N A yang diperoleh.

Konsentrasi D N A yang baik digunakan sebagai template dalam proses amplifikasi

adalah sekitar l p g - l p g (Sambrook & Russel, 2001), maka semua sampel isolat DNA yang

akan diamplifikasi harus diencerkan hingga masing-masing sampel mencapai konsentrasi

yang sama, yaitu pada penelitian ini adalah 100 ng/pl. Konsentrasi D N A dari setiap

sampel disamakan dengan tujuan agar kualitas produk amplifikasi yang dihasilkan bersifat

homogen.

Spektrofotometer dan kuantifikasi hasil isolasi D N A bakteri endofit akar Vetiveria

zizanioides L . dapat dilihat pada Tabel 4.1.

Tabel 4.1 Hasil Spektrofotometer DNA Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides

Sampel Panjang gelombang cahaya

k 260/ k 280 Konsentrasi DNA (ng/pl)

Sampel k260 k280

k 260/ k 280 Konsentrasi DNA (ng/pl)

Isolat A 0.027 0.024 1.27 675 Isolat B 0.026 0.195 1.29 650 Isolat C 0.011 0.009 1.5 275 Isolat D 0.027 0.022 1.25 675 Isolat E 0.026 0.195 1.33 650 Isolat F 0.045 0.034 1.32 1125 Isolat G 0.026 0.022 1.174 650 Isolat H 0.016 0.009 1.778 400 Isolat I 0.020 0.015 1.33 400 Isolat J 0.025 0.020 1.25 625 Isolat K 0.027 0.022 1.22 675 Isolat L 0.022 0.013 1.32 550 Isolat M 0.050 0.040 1.25 1250 Isolat N 0.019 0.017 1.28 475 Isolat O 0.066 0.057 1.29 1650 Isolat P 0.057 0.045 1.27 1425 Isolat Q 0.028 0.021 1.33 700

Dengan menggunakan rumus perhitungan konsentrasi D N A , maka dapat diketahui

bahwa konsentrasi D N A yang diperoleh sekitar 275-1650 ng/pl. Hal ini menunjukkan

bahwa seluruh sampel isolat D N A tersebut memiliki konsentrasi D N A yang cukup banyak

untuk dilakukan proses amplifikasi. Selain itu, telah dihitung juga rasio absorbansi

260/280 nm untuk mengetahui kemurnian DNA. Dari data yang dihasilkan, dapat dilihat

bahwa rentang rasio kemurnian DNA yang didapatkan dari hasil isolasi DNA tersebut

cukup baik, yaitu 1.2-1.7. Berdasarkan Held (2001). kemurnian D N A yang baik itu

memiliki rentang rasio antara 1.2-2, j ika kurang atau lebih dari angka rasio tersebut,

artinya banyak kontaminan seperti adanya protein atau RNA.

B. Hasil Amplifikasi dan Elektroforesis

1. Gen Domain ketosynthase (KS)

Amplifikasi fragmen gen KS diketahui dapat digunakan untuk penyelidikan

homologi hibridisasi yang secara signifikan dapat memfasilitasi kloning biosintesis

antibiotik. Selain itu, analisis filogenetik bakteri berdasarkan fragmen KS dapat

menunjukkan evolusi species bakteri yang mensintesis ketosynthase tersebut atau hanya

evolusi molekuler dari gen biosintesis antibiotik saja. Filogenetik yang tidak sama

menunjukkan bahwa itu merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik (Metsa-

Ketela et al, 2002). Ketosynthase (KS) merupakan salah satu domain PKSs yang berupa

superfamili enzim kompleks biosintesis yang berasosiasi dan biasanya ditemukan pada

fungi, bakteri dan tumbuhan. Perkembangan biologi molekuler terkini memberikan

kemajuan untuk penelitian enzim tersebut. Domain enzim ketosynthase (KS) kurang lebih

memiliki ukuran 700 pb (Moffi t & Neilan, 2002).

Dalam penelitian ini telah berhasil dilakukan amplifikasi gen domain ketosynthase

terhadap 17 isolat bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L . , namun hasilnya

menunjukkan bahwa hanya sebanyak lima dari 17 isolat bakteri saja yang terdeteksi

memiliki gen ketosynthase. Pada proses amplifikasi gen tersebut dipakai dua pasang

primer, yaitu pasangan primer degenerate oligonucleotide (DKF dan DKR) serta pasangan

primer heterocyst glycolipid (HGLF dan HGLR). Perbedaan aplikasi penggunaan kedua

pasangan primer ini adalah tujuan amplifikasi dari gen itu sendiri. Pasangan primer

degenerate oligonucleotide digunakan untuk mendeteksi gen polyketide synthase (PKS)

tipe I , khususnya domain ketosynthase dari suatu organisme. sehingga fungsi utama dari

penggunaan primer ini adalah hanya untuk mengetahui distribusi gen ketosynthase tipe I

pada suatu organisme secara umum. Desain primer ini diambil dari hasil alignment

domain ketosynthase pada klaster gen PKS yang telah diketahui sebelumnya dari sejumlah

bakteri, termasuk Cyanobacteria dan Mycobacteria (Moffit & Neilan, 2002).

Pasangan primer degenerate oligonucleotide digunakan dalam amplifikasi gen

ketosynthase pada 17 isolat D N A bakteri endofit Vetiveria zizanioides L . Produk

amplifikasi pada sejumlah bakteri tersebut menunjukkan bahwa hanya sebanyak tiga

sampel saja yang teramplifikasi. Hal ini dapat menjelaskan bahwa diantara 17 bakteri

endofit akar Vetiveria zizanioides L. yang telah teridentifikasi, hanya tiga jenis bakteri saja

yang terdeteksi memiliki gen ketosynthase. Produk dari proses amplifikasi gen

ketosynthase ini dapat divisualisasikan dengan menggunakan alat elektroforesis. Hasil

elektroforesis D N A isolat bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L. dapat dilihat pada

Gambar 4.1.

M A B C D E F G H I J K L I U 1 N O P Q " 50 bp 50 bp

700 bn *

AOO bp 250 bP «

ioo bp •* 50 bp «

ftc^Mfel-;*—-wniu, <iiit»—~. , * . - . . . . .. . Z^*.

Gambar 4.1 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Degenerate Oligonucleotide Isolat Bakteri Endofit Akar I eliveria zizanioides L .

M 50 bp = D N A Marker 50 pb Gen Roller (Fermentas)

Hasil elektroforesis tersebut menunjukkan bahwa hanya amplikon sampel H , M , dan

O saja yang berhasil teramplifikasi. Hal ini berarti bahwa diantara 17 bakteri endofit akar

Vetiveria zizanioides hanya tiga isolat bakteri saja yang terdeteksi memiliki gen

ketosynthase, yaitu isolat H, M , dan O. Adapun yang terlihat dari basil visualisasi tersebut

adalah bahwa ukuran gen dari masing-masing amplikon rata-rata kecil, yaitu sekitar 400

pb pada isolat H dan 700 pb untuk isolat M dan O. Hal ini berkorelasi dengan penelitian

sebelumnya yang telah dilakukan oleh Moffit & Neilan (2002). bahwa gen ketosynthase

memiliki ukuran sekitar 700 pb. Perbedaan ukuran gen dari ketiga amplikon tersebut

menunjukkan bahwa domain atau tipe ketosynthase yang dimilikinya pun berbeda.

Pasangan primer heterocyst glycolipid (HGLF & HGLR) juga digunakan dalam

amplifikasi gen ketosynthase pada penelitian ini. Berbeda dengan primer degenerate

oligonucleotide, tujuan dari penggunaan pasangan primer ini adalah untuk mengetahui

tingkat diversitas jenis ketosynthase dari setiap organisme, sehingga basil dari amplifikasi

gen dengan menggunakan primer ini dapat menunjukkan keanekaragaman jenis

ketosynthase pada setiap organisme yang dianalisis (Moffi t & Neilan. 2002). Hasil

amplifikasi gen ketosynthase dengan menggunakan primer ini hampir sama dengan produk

PCR dari penggunaan primer degenerate oligonucleotide, bahwa hanya tiga dari 17 isolat

bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides yang berhasil teramplifikasi. Hasil amplikasi gen

ketosynthase dengan menggunakan primer tersebut dapat dilihat dalam visualisasi D N A

melalui elektroforesis pada Gambar 4.2.

M A B C D E F G H 1 J K L M N O P O M SO bp 50 bp

700 bp - * 400 bp 250 bp 100 bp < 50 bp <

Gambar 4.2 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Heterocyst Glycolipid Isolat Bakteri Endofit Akar J etiveria zizunloUie. 1..

M 50 bp = D N A Marker 50 pb Gen liuller (Fermemas)

2. Filogenetik antar Isolat

Gen ketosynthase yang sudah diamplifikasi pada setiap bakteri endofit yang akan

dianalisis harus melewati tahap sequencing terlebib dahulu. Analisis sekuens gen

ketosynthase dilakukan dari satu arah ujung forward dengan menggunakan primer DKF

(Degenerate oligonucleotide) dan HGLF (Heterocyst glycolipid).

Pendeteksian gen PKS tipe I ataupun Ketosynthase tipe I dapat dilakukan dengan

menggunakan primer degenerate oligonucleotide kelika proses amplifikasi (Moffit &

Neilan, 2002). Primer tersebut digunakan untuk memaslikan bakteri yang dianalisis

tersebut memiliki gen ketosynthase tipe I . Dari basil amplifikasi gen ketosynthase pada

bakteri endofit akar Vetiveria. diketahui bahwa diantara 17 bakteri yang telah

diidentifikasi terdapat lima jenis bakteri yang terdeieksi memiliki gen ketosynthase.

Adapun gen ketosynthase yang teramplifikasi menggunakan primer degenerate

oliguncleotide terdapat pada tiga jenis isolat bakteri. yaitu isolat H . isolat M . dan isolat O.

Untuk memastikan adanya gen ketosynthase pada setiap bakteri sang teridentifikasi,

dilakukan studi filogenetik dengan membandingkan setiap bakteri tersebut dengan bakteri

yang sudah jelas memiliki gen ketosynthase dan bakteri yang memiliki gen lain

(hydrolase) sebagai outgroup.

Dari pohon filogenetik yang dihasilkan, dapat dilihat bahwa tiga bakteri yang

terdeteksi memiliki gen ketosynthase oleh primer degenerate oligonucleotide (DK) masuk

ke dalam kelompok bakteri yang telah diketahui jelas memiliki gen ketosynthase tipe I .

Hal ini diperkuat dengan terpisahnya kelompok bakteri yang memiliki gen lain (hydrolase)

sebagai outgroup dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tersebut.

Dalam pohon filogenetik tersebut, dapat dilihat bahw a bakteri Isolat H memiliki cabang

kekerabatan yang dekat dengan bakteri Streptomyces coelicolor yang diketahui

sebelumnya memiliki gen ketosynthase tipe I . Hal tersebut dapat disimpulkan bahwa Isolat

bakteri H memiliki gen ketosynthase yang mirip dengan Streptomyces coelicolor.

Sedangkan dua bakteri lainnya, yaitu isolat bakteri M dan isolat bakteri O terpisah dengan

isolat H , membentuk satu cabang kekerabatan baru yang dekat. Hal tersebut menunjukkan

bahwa kedua bakteri tersebut mengalami evolusi pada gen ketosynthase yang dimilikinya,

namun masih merupakan gen ketosynthase tipe I . Dari basil analisis filogenetik tersebut

menunjukkan bahwa tiga jenis bakteri yang telah terdeteksi sebelumnya memiliki gen

ketosynthase oleh primer degenerate oligonucleotide, dipastikan memiliki gen

ketosynthase khususnya ketosynthase tipe I . Adapun pohon filogenetik untuk kelompok

bakteri endofit yang terdeteksi memiliki gen ketosynthase tipe 1 ditunjukkan pada Gambar

4.3.

2!

76

25

56

55 56

57

9S

55 r

55

95

54

7*2

35

97

— Nocardia testacea

— Streptomyces sp. CNS-177 PL04

• Nocardia lusca

— Streptomyces sp. 112-208

l Streptomyces sp. 18-44

99

991 Streptomyces sp. HVG22

— Nocardia sp. CNS-044 PL04

- Salinispora arenicola

Gordoma sp CNJ-863 PL04

55

Mycobacterium sp. CNJ-859

Fischerella sp. CENA161

— Micromonospora sp. CNJ-878 PLO

Bacillus sp. WPhG3

Berenices ampulliformis

!i3 32 L _

97

• Nostoc sp. FSN E

Pseudovibrio sp. Pv118

Aspergillus ochraceus

Pseudoalteromonas sp. QD1-2

96

— Microcystis aeruginosa NPCD-1

Serinicoccus marinus

• Streptomyces sp. SPB78

95

99

• Pantoeasp. (IS0LA1H)

Streptomyces coelicolor A3 2

• Humicola fuscoatra

lalaromyces flavus

• Acinetobactvr sp. (ISOLA1M)

4 Pseudomonas aeruginosa (IS0LA10)

• Micromonospora sp. 1G62

Salinispora arenicola CNS-205

RhoJoocccus opacus PD630

Type I ketosynthase

• Bacillus cereus 6 9 8 4 2

84

— Listeria monocytogenes 30161

Staphylococcus aureus

- Enterococcus faecalis 18

• Clostridium sp. M62/1

Outgroup (Hydrolase)

6 2

Gambar 4.3 Pohon Filogenetik ketosynthase Tipe I pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Degenerate Oligonucleotide

Adapun proses amplifikasi gen ketosynthase >ang kedua adalah dengan

menggunakan primer heterocyst glycolipid (HGL). Tujuan digunakannya primer tersebut

adalah untuk mengetahui distribusi jenis ketosynthase yang dimi l ik i oleh setiap bakteri

yang diidentifikasi. Hasil amplifikasi yang dilakukan menunjukkan bahwa hanya tiga

bakteri dari 17 isolat saja yang teramplifikasi. yaitu Isolat A, K. dan O. Pohon filogenetik

untuk hasil analisis yang kedua ini ditunjukkan pada Gambar 4.4.

441 Salinispora arenicola

— Nocardia sp. CNS-044 PL04

Streptomyces sp. CNS-177 PL04

Streptomyces sp. HVG22

Micromonospora sp CNJ-878 PLO

78

• Sehnicoccus marinus

• Micmcystis aeruginosa NPCD-1

-Nostocsp. FSNE

Mycobacterium sp. CNJ-859

Pseudoalteromonas sp. QD1-2

Type I ketosynthase

- Aspergillus ochraceus

• Pseudomonas aeiuginosa (Isolat Oj

- • Bacillus sp. (Isolat Kj

• Lysinibacillus sp. (Isolat A)

35 r Streptomyces sp. 630

' Streptomyces sp. D03f

I— Sfropfomyces sp. HVG80

Streptomyces sp. HVGN4

— Micromonospora sp. 1G62

Type II ketosynthase

I Streptomyces sp. 66 J 7

83l Streptomyces sp. 668

0 2

Gambar 4.4 Pohon Filogenetik Diversitas ketosynthase pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Heterocyst Glycolipid Menunjukkan Diversitas dari Domain ketosynthase yang Dimi l ik i Setiap Bakteri

Pohon filogenetik yang ditunjukkan pada Gambar 4.6 menunjukkan bahwa isolat

bakteri O memiliki cabang yang terpisah dengan isolat bakteri A dan K. Isolat bakteri O

termasuk ke dalam kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tipe I sedangkan

bakteri K dan isolat bakteri A termasuk ke dalam kelompok bakteri dengan gen

ketosynthase tipe I I . Perbedaan cabang kekerabatan ini berkorelasi dengan hasil

amplifikasi gen yang telah dilakukan. bahwa gen ketosynthase yang diamplifikasi dari

sampel A dan K menujukkan ukuran gen sekitar 400 pb. sedangkan gen ketosynthase yang

diamplifikasi dari isolat bakteri O berukuran 700 pb.

Berdasarkan Moffi t & Neilan (2002), gen ketosynthase berukuran sekitar 700 pb.

Namun pada penelitian yang telah dilakukan Liu el al. (2012). hasilnya menunjukkan

bahwa gen ketosynthase tipe I I pada umumnya memiliki ukuran yang lebih kecil, yaitu

sekitar 470 pb. Hal tersebut sesuai dengan hasil amplifikasi gen ketosynthase yang

menggunakan primer heterocyst glycolipid dengan pohon filogenetik yang dihasilkan,

bahwa sampel bakteri yang memiliki gen ketosynthase dengan ukuran sekitar 400 pb

termasuk ke dalam golongan ketosynthase tipe I I .

Selain itu, pohon filogenetik tersebut juga menunjukkan bahwa setiap bakteri yang

telah teridentifikasi terpisah dengan kelompok bakteri yang lain. Berdasarkan Metsa-

Keteela et al, (2002), fragmen ketosynthase dapat menunjukkan evolusi species bakteri

yang mensintesis ketosynthase tersebut, sehingga filogenetik yang tidak sama atau terpisah

menunjukkan bahwa itu merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik yang

dimi l ik i oleh setiap bakteri. Hal tersebut memberikan penjelasan bahwa terpisahnya

kelompok bakteri yang teridentifikasi pada pohon filogenetik tersebut menunjukkan

terjadinya evolusi gen masing-masing jenis ketosynthase pada bakteri itu sendiri.

V K E S I M P U L A N

Berdasarkan studi filogenetik, bakteri H, M , dan O merupakan kelompok bakteri

yang kekerabatannya dekat dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tipe

I , sedangkan bakteri A dan bakteri K termasuk ke dalam kelompok bakteri yang

menghasilkan ketosynthase tipe I I . Adanya pemisahan pada cabang kekerabatan bakteri

tersebut menunjukkan bahwa adanya evolusi gen ketosynthase pada bakteri-bakteri itu

sendiri.

V I D A F T A R P U S T A K A

Champagnat, et al (2006). "Essential Oil Composition o f Vetiveria nigritana from Mal i " . [Online]. Tersedia: http://www.bojensen.net/EssentialOilsEng [19 Januari 2011].

Castoe T.A et al. 2006. A novel group of type I polyketide synthases (PKS) in animals and the complex phylogenomics of PKSs, ScieticeDirect. Gene 392 (2007) 47-58.

Fitriani A , Kusnadi, Permatasari Y. Hanifati FN. Potency antibiotic - and diversity endophyte bacteria from Vetiveria zizanioides L. Biodiversitas. Reviewed.

Hopwood, D.A., Sherman. D.H. 1990. Molecular genetics o f polyketides and its comparison to fatty acid biosynthesis. Annu. Rev. Genet. 24. 37-66.

Leupin, R. E. (2001). Vetiveria zizanioides: an approach to obtain essential oil variants via tissue culture. Diss. ETH, No. 14182. [Online]. Tersedia: http://ecollection.ethbib.ethz.ch/eserv/eth:24212/eth-24212-02.pdf [8 Januari 2011].

Liu , Q., L iu , C , Yu, J., Yan,J., & Qi, X . (2012). "Analysis o f the Ketosynthase Genes in Streptomyces and its implicatiions for preventing Reinvestigation o f Polyketides with Bioactivities". Journal of Agricultural Science. 4 (7).

Long, H . H. , Furuya, N . , Kurose, D., Takeshita, M . , & Takanami, Y. (2003). "Isolation o f Endophytic Bacteria from Solanum sp. and Their Antibacterial Activi ty against Plant Pathogenic Bacteria". Journal. Fac. Agr.} Kyushu Univ. 48, (1-2).

Metsa'-Ketela, M . et al. 2002. Molecular Evolution o f Aromatic Polyketides and Comparative Sequence Analysis of Polyketide Ketosynthase and 16S Ribosomal D N A Genes from Various Streptomyces Species. Journal of Applied and Environmental Microbiology, Vol.68, No.9.

Moffitt , M.C. , Neilan, B.A. 2002. Evolutionary Affi l iat ion Within the Superfamily o f Ketosynthases Reflect Complex Pathway Associations. Journal of molecular evolution, 56:446-457. DOI : 10.1007/s00239-002-2415-0.

Permatasari, Y. 2012. Karakterisasi dan identifikasi molekuler bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L . Skripsi. Jurusan Pendidikan Biologi. Universitas Pendidikan Indonesia. Tidak diterbitkan.

Rahmawati, N . (2010). Pemanfaatan Minyak Atsiri Akar Wangi (Vetiveria zizanioides) dari Famili Poaceae Sebagai Senyawa Antimikroba dan Insektisida Alami. [Online]. Tersedia: http://digilib.its.ac.id/public/ITS-Undergraduate-13308-Paper.pdf [20 Januari 2011].

Rosenblueth, M . , & Martinez-Romero, M . (2006). ""Bacterial Endophytes and Their Interactions with Hosts". MPMI. 19, (8), 827 837.

Ryan, R.P., Geermaine, K., Franks, A. . Ryan, D.J., & Dowling. D.N. (2007). "Bacterial endophytes: recent developments and applications". FEMS Microbiol Lett. 278,(2008) 1-9

Sambrook, J., Russel. 2001. Molecular Cloning-A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.

Strobel, G., Daisy, B. 2003. Bioprospecting for Microbial Endophytes and Their Natural Products. Microbiology and Molecular Biology Reviews, p. 491-502.

Tan, R.X., & Zou, W.X. (2001). •"Endophytes: a rich source o f functional metabolites". Natural Product Reports. 18. 448-459.

D A F T A R R I W A Y A T HIDUP

Nama

Tempat/tanggal lahir

Jenis kelamin

Alamat

Instansi

Alamat Instansi

Dr. Any Fitriani, MSi.

Bandung, 2 Februari 1965

Perempuan

Komplek Nata Endah C-44, Kopo Bandung

Prodi Biologi, FPMIPA,

Universitas Pendidikan Indonesia

Jl. Dr. Setiabudhi 229, Bandung 40154

Pendidikan :

Ph.D, Biologi, PS. Biologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.

Magister Sains, Biologi, Program Pascasarjana, Institut Teknologi Bandung (CumLaude).

Sarjana-1, Biologi, FMIPA, Institut Teknologi Bandung.

Workshop, Training, Kursus :

Workshop Bacterial Quorum Sensing, IBS, Universiti Putra Malaysia, Kuala Lumpur

Malaysia (10-11 April 2013)

Research Collaboration, Molecular Genetic Laboratory, National Institute o f Education,

Nanyang Technological University, Singapore (5-11 September 2011)

Research Collaboration, Molecular Genetic Laboratory, National Institute o f Education,

Nanyang Technological University, Singapore (1-11 October 2010)

Polymerase Chain Reaction, Eppendorf Training Center Asia Pacific, Kuala Lumpur,

Malaysia (27-28 June 2010)

Bridging University to High School : in Real Modern Biology, Departemen Biologi,

FMIPA Intitut Pertanian Bogor (16-20 November 2009)

Workshop on Article Writing for International Publication. Fakultas Bioteknologi,

UNIKA A T M A J A Y A , Jakarta (10 November 2008)

Rekayasa Genetik dan Bioteknologi, Departemen Kimia. Universitas Andalas

(23-28 Juli 2001).

Biologi Molekuler,' DIKTI dan Departemen Biologi, IPB (12-20 Februari 1999)

Penelitian:

Tahun T u r i n 1 J U U U 1 oumuer udiia 2013 Karakterisasi gen ketosintase sebagai penanda

antibiotik pada bakteri endofit dari Vetiveria zizanioides L.

Hibah Penelitian Pengembangan Kelompok Diaang rvajian ( D w r i i N j (Ketua)

2013 Pembelajaran berbasis praktikum virtual untuk meningkatkan karakter bangsa pembelajar

Hibah Pasca UPI Tahun \t 71 /A 11/1 / A r\ /~¥ / I A I O I

iveaua (Anggotaj 2012 Pembelajaran berbasis praktikum virtual untuk

meningkatkan karakter bangsa pembelajar Hibah Pasca UPI Tahun Pertama (Anggota)

ZU1 1 Production of red and white variegated leaf of Aglaonema for domestic and export purpose

Hibah Kerjasama Internasional D I K T I Tahun kedua (Anggota)

on i i ZU 1 1 Isolasi dan filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rRNA dari strain elit simbion rhizosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L.

Hioan fundamental D l r v l l , Tahun kedua (Ketua)

on i i ZO 1 1 Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L.

Hibah Bersaing Tahun Ketiga D I K T I (Anggota)

on i n ZU 1 U Production of red and white variegated leaf of Aglaonema for domestic and export purpose

Hibah Kerjasama Internasional DIKTI (Anggota)

on i n ZU 1U Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L.

Hibah Bersaing Tahun Kedua D I K T I (Anggota)

2010 Keragaman mikroba endofit akar pada tumbuhan Akar Wangi (Vetiveria zizanioides (L.) Nash )

Kerjasama Biologi UPI -l M 11 d (is.eiuaj

2010 Isolasi dan filogeni molekuler berdasarkan gen loo rKiNA aan strain eiu simoion rnizosier pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L.

Hibah Fundamental DIKTI (rveiuaj

2010 Identifikasi isolat pendegradasi amilum dan kitin dari filosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. melalui analisis urutan gen 16S rRNA

Mandiri

2009 Filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rrciNA uan strain eiu simoion iiiusier pdua tumbuhan obat Ageratum conyzoides L.

Strategi Nasional Batch 1 nTk"TI lAnoontal L v l i S . 1 1 lAIlg^OlaJ

2009 Optimasi medium dan kandungan alkaloid pada kultur kalus Pasak Bumi (Eutycoma longifolia)

Kerjasama SITH PHK-B ITB-Biologi UPI (Ketua)

2009 Identifikasi isolat bakteri AFE1 dan BLS1 antagonis Fusarium sp. dengan analisis urutan

Mandiri

2009 Aktivitas antibakteri dan karakterisasi senyawa dari tumbuhan Ageratum conyzoides

Hibah Bersaing DIKTI (Ketua)

L. 2008 Aktivitas senyawa antimikrob food borne dari

tumbuhan Rosemary dan manggis secara in vitro

Mandiri

2007 Potensi antagonis bakteri filosfer dan rhizosfer terhadap Fusarium sp.

Mandiri

2005 Penelitian Program Doktor, Analisis gen penyandi protein terikat membran, impX, yang terlibat patogenisitas padaXanthomonas axonopodis pv. glycines.

RCMD, BPPS

2004 Topik Khusus Program Doktor, Kandidat DNA yang terlibat patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv. glycines,

SEAMEO BIOTROP

1999 Studi awal inisiasi kalus Catharanthus roseus (L.) G. Don yang berpotensi organogenesis dan sintesis metabolit sekunder.

Dana Rutin UPI

1997 Penelitian Magister, ITB. Pengaruh elisitor dari Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. terhadap kandungan ajmalisin pada kultur kalus Catharanthus roseus (L.) G. Don.

TMPD D I K T I

1995 Multiplikasi tunas Acacia auriculiformis secara in vitro.

Dana Rutin UPI

1994 Respons eksplan Acacia auriculiformis pada medium Murashige dan Skoog.

Dana Rutin UPI

1991 Multiplikasi beberapa tanaman hias secara in vitro

PAU-Hayati ITB

1989 Kandungan senyawa sterol pada kalus dan multiplikasi tunas Ageratum conyzoides L. Tesis-Sl

PAU-Hayati ITB

1988 Penyerapan P pada Capsicum annuum L. yang diinokulasi Pseudomonas solanacearum E.F. Smith. Laporan Kerja Praktek

B A T A N - Dept Biologi ITB

Pengabdian Kepada Masyarakat

Tahun Judul Sumber dana 2013 Diseminasi teknologi Low External Input and

Sustainable Agriculture (LEISA) terhadap petani di desa Nyampai Kecamatan Lembang Kabupaten Bandung Barat dalam rangka meningkatkan produksi hasil panen cabai organik dan perbaikan kualitas lingkungan

PKM berbasis hasil penelitian, BOPTN

2012 Pola hidup masyarakat dalam konservasi energi, SD Kartika Kecamatan Parompong

LPPM UPI

2011 Sosialisasi bidang energi baru. terbarukan, dan konservasi energi pada guru-guru sekolah

LPPM UPI

dasar di lingkungan dinas pendidikan Jawa Barat

2011 Sosialisasi bidang energi baru, terbarukan, dan konservasi energi pada guru-guru SMA di lingkungan dinas pendidikan Jawa Barat

LPPM UPI

2010 Pelatihan kultur jaringan bagi guru-guru SMA se jawa barat

LPPM UPI

2009 Pelatihan biologi molekuler bagi guru-guru SMA di Bandung

LPPM UPI

Artikel Jurnal / Laporan Penelitian/ Paper :

Fitriani A. , Aryani A., Yusuf H., Permatasari Y. 2013. The Exploration of Ketosynthase gene on endophytic bacteria root of Vetiveria zizanioides L. International Journal of Basic & Applied Sciences IJBAS-IJENS 13(4): 112-119.

Fitriani A. , Hamdiyati Y, Engriyani R. 2012. Aktivitas antifungi ekstrak etanol daun salam (Syzigium polyanthum (Wright) Walp.) terhadap pertumbuhan jamur Candida albicans secara in vitro. Biosfera 29(2) : 71-79.

Fitriani A., Rohman I , Rustaman N . Microbial Literacy Improvement for Prospective Biology Teachers Using Social Media for Socioscientific Issues Discussion. J Microb and Biol Educ. USA. Reviewed.

Fitriani A, Kusnadi, Permatasari Y, Hanifati FN. Potency antibiotics and diversity endophyte bacteria from Vetiveria zizanioides L. Biodiversitas. Reviewed.

Fitriani A., Supriyanti TFM. , Heryanto TE. Penentuan aktivitas amilase kasar termofd Baccillus subtilis isolat Gunung Darajat Garut Jawa Barat. Bionatura. Reviewed.

Sudargo F., Ratnawulan A., Fitriani A. 2012. Penerapan praktikum virtual untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis dan kreatif pada matakuliah struktur hewan. Laporan Penelitian. LPPM. UPI. Tidak dipublikasikan.

Mariani TS. Fitriani A, Wicaksono A, Chia TF. 2011. NMU-induced mutation in Aglaonema by particle bombardment. International Journal of Basic and Applied Sciences. Vol 1 1 (3):59-67.

Mariani TS, Fitriani A, Wicaksono A, Puspita T, Widaningsih, Chia TF. 2010. Micropropagation of Aglaonema using axillary shoot. International Journal of Basic and Applied Sciences. Vol 11 (3).

Fitriani A. Maemunah. 2010. Diversity of endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L . International Seminar on Biotechnology for Enhancement the Tropical Biodiversity. Research and Community Service Institute Research Center of Biotechnology. Universitas Padjadjaran. 18-20 October 2010. Bandung, Indonesia. Paper.

Fitriani A. Kristiyani S. D. 2010. Bacteria Diversity and Bacteria Identification as Elicitor Candidate from Phyllosphere of Medicinal Plant Ageratum conyzoides L. International Seminar on Indonesian Society for Microbiology. Harnesing the power of microbes for better food, agro-industry, health, and environment. 4-7 October 2010, Bogor, Indonesia. Paper.

Fitriani A, Setiadi H. 2010. Screening and Molecular Identifying of Bacteria Antagonistic Against Fusarium sp that Isolated from Rhizosphere of Allium fistulosum L. Proceedings 16th Asian Agriculture Symposium and 1st International Seminar on Agricultural Technology : Sufficiency Agriculture, August 25-27, 2010. Faculty of Agricultural Technology, K M I T L , Bangkok, Thailand.

Bewiska A, Kusnadi, Fitriani A. 2009. Antibacterial activity of mangosteen (Garcinia mangostana L.) extract against growth of Pseudomonas aeruginosa. Biosainstifika 2(1).

Fitriani A, Rosantika S, Pramitha A. 2009. In vitro activity methanol extract of Ageratum conyzoides L . against Streptococcus pyogenes and Pseudomonas aeruginosa. Journal of Agriculture Science and Technology. Submitted.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2009. Characterization of the gene, impX, from Xanthomonas axonopodis pv. glycines employing Bioinformatics analysis. Microbiol Indones. In press.

Fitriani A, Kusnadi, Hernawati. 2009. Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L. Laporan Penelitian Tahun I Hibah Bersaing DIKTI . Tidak dipublikasi.

Diana S, Fitriani A, Kusnadi, Aryani A. 2009. Filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rRNA dari strain elit simbion filosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. (Bandotan). Laporan Penelitian Strategi Nasional Bathch I D I K T I . Tidak dipublikasi.

Fitriani A. Rianasari A. 2009. Penghambatan pertumbuhan Fusarium sp. isolat Kalimantan asal bawang daun oleh Trichoderma spp. secara in vitro. Biosainstifika 1(2): 147-156.

Fitriani A, Suwanto A, Tri Wahyudi A, Tjahjono B. 2008. Characterization of the gene, impX. from Xanthomonas axonopodis pv glycines employing bioinformatics study. International Microbial Biotechnology Conference, Atmajaya Catholic University, Jakarta, 11-12 November 2008. Short Paper.

Fitriani A, Kusnadi, Anisah ES. 2008. Potency antagonism in vitro of AFE1 and BLS1 isolates to growth of Fusarium oxysporum. Proceeding of National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Purwokerto, 22-23 August 2008, Indonesia.

Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi AT. 2008. Cloning and over expression of a gene encoding impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines in Escherichia coli. Proceeding of The 1st International Symposium on Molecular Pathogenesis. School of Pharmacy, Bandung Institute of Technology. Bandung, Indonesia.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2007. Evidence for a Link Between Pathogenicity and the Role of Imp Bacterial Transport Effector Proteins in Soybean Infection by Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Microbiol Indones, 12(2):59-61.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2006. Analysis of A Gene Involved in Pathogenicity of Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Proceeding of National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Surakarta, Indonesia.

Fitriani A, Siregar A H , Esyanti RR. 2000. Ajmalicine content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don callus cultures after elicitor treatment from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. Proceeding of National Symposium and Congress of Biology, Bandung Institute of Technology, Indonesia.

Fitriani A, Siregar A H , Esyanti RR. 1999. The Effect o f Elicitor Derived from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. on Ajmalicine Content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don Callus Cultures. Hayati (6):3:65-69.

Fitriani A. 1998. The Effect of Elicitor Derived from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. on Ajmalicine Content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don Callus Cultures. MSc. Thesis. Bandung Institute of Technology.

Fitriani A. 1989. Sterol compound content in callus culture and apical shoot multiplication of Ageratum conyzoides L. Undergraduate. Bandung Institute of Technology.

Diseminasi :

Fitriani A., Pratiwi D., Hamdiyati Y., Yusuf H, Permatasari Y. 2013. Metabolit sekunder potensial sebagai antibacteri dari akar Vetiveria zizanioides. International Seminar on Mathemathics, Science, and Computer Science Education. Faculty of Mathematics and Science Education UPI. 19 Oktober 2013. Presenter.

Fitriani A., Ihsan F., Hamdiyati Y. 2013. 2-amino-3-quinolinecarbonitrile dan 2,2-dimethyl-endo-3-(2-hydroxy-pentyl)-norbonane sebagai senyawa potensial antibakteri dari endorhhizosper Ageratum conyzoides L. Seminar Nasional Pendidikan dan Penelitian Biologi. Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI. 28 Juni 2013. Presenter.

Fitriani A., Supriyanti TFM. , Heryanto TE. 2012.The determination o f thermophylic amylase activities from Bacillus subtilis isolates Darajat mountain Garut, West Java.. Sudigdo-Gruber Lecture. Departement o f Chemistry. ITB. 10-11 Oktober 2012. Presenter.

Fitriani A. 2012. International Seminar on Advances in Molecular Genetics and Biotechnology for Public Education. Atma Jaya Catholic University of Indonesia, Jakarta, 6 th - 8 th June 2012. Participant.

Utari IB, Fitriani A, Hamdiyanti Y. 2011. Identifikasi bakteri termofilik amilolitik dari mata air panas Gunung Darajat Garut. Seminar Nasional dan Temu Alumni I I I . Inovasi Biologi dan Pembelajaran Biologi untuk Membangun Karakter Bangsa. Bandung, 1-2 Juli 2011. Presenter.

Fitriani A. Maemunah. 2011. Diversity of endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L. 6 t h Asia-Pacific Biotechnology Congress and 40th Annual Convention of te Philippine Society for Microbiology, Inc. (PSM): Microbiology and Biotechnology : Rising to the Challenge of the Times. Manila, May 11-14, 2011. Presenter.

Fitriani A. Maemunah. 2010. Diversity of endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L . International Seminar on Biotechnology for Enhancement the Tropical Biodiversity. Research and Community Service Institute Research Center of Biotechnology. Universitas Padjadjaran. 18-20 October 2010. Bandung, Indonesia. Participant.

Fitriani A. Kristiyani S. D. 2010. Bacteria Diversity and Bacteria Identification as Elicitor Candidate from Phyllosphere of Medicinal Plant Ageratum conyzoides L. International Seminar of Indonesian Society for Microbiology. Harnesing the power of microbes for better food, agro-industry, health, and environment. 4-7 October 2010, Bogor, Indonesia. Presenter..

Fitriani A, Setiadi H. 2010. Screening and Molecular Identifying of Bacteria Antagonistic Against Fusarium sp that Isolated from Rhizosphere of Allium fistulosum L. 16th Asian Agriculture Symposium and l s l International Seminar on Agricultural Technology : Sufficiency Agriculture, August 25-27, 2010. Faculty of Agricultural Technology, K M I T L , Bangkok, Thailand. Presenter.

Fitriani A, Rosantika S, Pramita A. 2009. In vitro activity methanol extract of Ageratum conyzoides L. against Streptococcus pyogenes and Pseudomonas aeruginosa. International Conference and Exhibition on Science and Technology in Biomass Production ( I C E B P ) . School of Life Sciences and Technology, Bandung Institute of Technology. 25-26 November 2009. Presenter.

Setiadi H, Fitriani A. 2009. Identification and characterization of antagonistic bacteria against Fusarium sp employing 16S rRNA gene sequence analysis. International Conference of Indonesia Society for Microbiology ( ICISMI) . Surabaya, 20-21 November 2009. Presenter.

Fitriani A, Hardikasari F, Dwi Hapsakti E. 2009. In vitro activity Ageratum conyzoides L. extract against Candida albicans and Trichophyton mentagrophytes. International Conference of Indonesia Society for Microbiology ( I C I S M I ) . Surabaya, 20-21 November 2009. Presenter.

Fitriani A. 2009. P C R : A mainstay of any biological research. Biology Department. Bogor Agricultural University. 16 November 2009. Participant.

Bewiska A, Fitriani A. 2009. Antibacterial activity of Mangosteen (Garcinia mangostana L.) extract against growth of Pseudomonas aeruginosa. National Symposium of Biology and Biology Education. Department of Biology Education. Indonesia University of Education. Bandung, 15-16 July 2009. Presenter.

Fitriani A, Suwanto A, Tri Wahyudi A, Tjahjono B. 2008. Characterization of the gene, impX, from Xanthomonas axonopodis pv glycines employing bioinformatics study. International Microbial Biotechnology Conference, Atmajaya Catholic University, Jakarta, 11-12 November 2008. Presenter.

Fitriani A, Kusnadi, Anisah ES. 2008. Potency antagonism in vitro of AFE1 and BLS1 isolates to growth of Fusarium oxysporum. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Purwokerto, 22-23 August 2008, Indonesia. The Best Poster on Agriculture.

Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi AT. 2008. Cloning and over expression of a gene encoding impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines in Escherichia coli. The 1st International Symposium on Molecular Pathogenesis. School of Pharmacy, Bandung Institute of Technology. Bandung, Indonesia. Presenter.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2007. Bioinformatics study of impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Banjarmasin, Indonesia. Oral Presentation.

Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi AT. 2007. From Bioinformatics to Bioassay case Soybean Bacterial Pathogen. Submit to website Bioinformatics.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2007. Analysis o f Gene Encoding Transmembrane Protein, impX, on Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Biology and Biology Education for Professionalism. Department of Biology Education, Indonesia University of Education. Presenter.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2007. Analysis of a Gene Encoding Transmembrane Protein, impX, involved in Pathogenicity in Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Ph.D Thesis. Bogor Agricultural University, Bogor.

Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi AT. 2006. Analysis of A Gene Involved in Pathogenicity of Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Surakarta, Indonesia. Presenter.

Pengalaman professional

Pengajar Program Sarjana dan Pascasarjana :

September 1991-Januari 1995. Sekolah Tinggi Seni dan Desain Indonesia. Pengetahuan Lingkungan.

1991-2002. Jurusan Pendidikan Biologi. UPI. Biologi Molekuler, Kultur Jaringan Tumbuhan, Biokimia, Biologi Umum, Pengetahuan Lingkungan, Seminar Biologi, Fisiologi Tumbuhan.

2004-2007. Semester Genap. Program Studi Bioteknologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Rekayasa Genetika.

November 2005. Departemen Biologi. IPB. Prinsip-prinsip Bioteknologi. Bioteknologi Mikroba.

November 2006. Program Pascasarjana, Program Studi Bioteknologi. 1TB. Kapita Selekta Bioteknologi.

Agustus 2007-sekarang. Jurusan Pendidikan Biologi, UPI. Biologi Molekuler, Kultur Jaringan Tumbuhan, Biokimia, Mikrobiologi, Metodologi Penelitian Biologi.

Agustus 2008-sekarang. Sekolah Pasca Sarjana. UPI. Biologi Fungsi.

September 2013-sekarang. Sekolah Pasca Sarjana Universitas Kuningan. Bioteknologi.

Reviewer Jurnal Nasional:

Indonesia Bioscience Journal, Hayati, 2007-sekarang

Reviewer Journal of Biosciencetific. Prodi Biologi, FPMIPA, UPI. 2008-sekarang

Biojati Journal. 2012-sekarang

Program Studi *'

Juli 2007-2011. Ketua Program Studi Biologi. Jurusan Pendidikan Biologi. FPMIPA. UPI.

Mei 2009. Ketua Program Studi Berprestasi Tingkat Fakultas. FPMIPA. UPI.

Juli 2009. Peserta Pemilihan Ketua Program Studi Berprestasi Tingkat Nasional. D I K T I . Jakarta.

Januari 2010. Ranking pertama Ketua Program Studi Tingkat Universitas. UPI.

P R O F E S S I O N A L M E M B E R S H I P

2004 to present. The Indonesian Society for Microbiology.

1998 to present. International Association Plant Tissue Culture and Biotechnology ( I A P T C & B ) .

1996 to present. The Indonesian Society for Biology.

Lain-lain :

2007 - sekarang. Asesor Sertifikasi Guru SMK Jawa Barat. No Induk Asesor : 07128552002

8 April 2008 - 12 Apri l 2008. Instruktur Pelatihan Guru Pelajaran SMP Kepulauan Riau. Batam.

2008-sekarang, PFPG, Guru SMA, Bioteknologi.

Tim penilai Akademisi Berprestasi Tingkat Universitas (Kaprodi Berprestasi), Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010.

Tim penyusun Akreditasi Program Studi Pendidikan 1PA, Sekolah Pasca Sarjana, Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010-sekarang.

Tim penyusun Proposal Hibah Kompetisi Institusi (Tema B) Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010-2013.

Dr. Any Fftriani, MSi. NIP. 196502021991032001

R I W A Y A T HIDUP A N G G O T A P E N E L I T I

Nama

NIP

Pangkat/Jabatan/Golongan

Tempat, tanggal lahir

Jenis Kelamin

Instansi

Alamat Instansi

Alamat Rumah

No. Telp./HP

: Any Aryani, S.Si., M.Si.

:197105302001122001

: Penata Tingkat I / Lektor / I l l / d

: Bandung, 30 Mei 1971

: Perempuan

: Universitas Pendidikan Indonesia

: Jl. Dr. Setiabudi No.229 Bandung 40154

: Jl. Moh. Toha No.62/201B Bandung 40243

: (022) 5209239 / 08122228242

Riwayat Pendidikan :

No. Universitas Kota/Negara Tahun Lulus Jurusan 1. S I : IPB Bogor/Indonesia 1996 Biologi 2. S2: IPB Bogor/Indonesia 2001 Biologi

Riwayat Pekerjaan :

• Feb 2002-sekarang : Dosen Biologi di Jurusan Pendidikan Biologi, FPMIPA UPI

• Okt 1996-Sep 2001 : Asisten dosen/peneliti di Laboratorium Zoologi, Jurusan Biologi, FMIPA IPB

Pelatihan :

• Pelatihan Singkat Teknik Biologi Molekuler: Eksplorasi Sumberdaya Genetik dengan Menggunakan Marka molekuler. Bogor, 12-17 Desember 2005. Kerjasama Pusat Studi I lmu Hayati LPPM IPB dengan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional

• Pelatihan Pemanfaatan Penanda Molekuler untuk Pemuliaan Tanaman. Bogor, 1 -6 Juni 2004. Kerjasama Pusat Penelitian Bioteknologi IPB dengan Wageningen Univesitiet Researchcentrum, The Nederlands.

Pengalaman Penelitian :

No Nama Proyek

Pemberi Dana

Judul Penelitian

Jabatan (Ketua/

Anggota)

Besar Dana (Rp)

Tahun

1 Hibah Fundamental (2 tahun)

D I K T I Isolasi dan Filogeni Molekuler Berdasarkan

Anggota 67.250.000 2010-2011

Gen 16S rRNA dan strain c m Sibion Rhizofer pada Tumbuhan Obat Ageratum conyzoides L .

2 Hibah Kompetisi Program Unggulan

DIPA UPI Meningkatkan Kuaiitas Mutu Mahasiswa Program Studi Biologi Melalui Bioentrepre-neurship

Anggota 20.000.000 2009

3 Hibah Bersaing

DIPA UPI Pengembangan Penanda D N A Spesifik dengan RAPD untuk Menunjang Usaha Seleksi Kuaiitas Burung Berkicau (Familia Columbidae)

Ketua 42.500.000 2009

4 Hibah Kompetitif

Dana Masyarakat (Eks DIKs) Tabungan Universitas TA.2008

Pengembangan Penanda RAPD dalam Analisis Keragaman Genetik untuk Menunjang Usaha Seleksi dan Pelestarian Burung-burung Familia Columbidae

Ketua 15.000.000 2008

5 Hibah Pembinaan

Dana DIPA UPI

Analisis Kemampuan Interpretasi Mahasiswa pada r C l i v a l l l a l a l l

Preparat Histologi Struktur Hewan

Ketua 3.300.000 2007

6 Hibah D I K T I Potensi Tepung Anggota 40.000.000 2007

persuing d i n t Piocir\fT I V U l l l r i s a n g

Sebagai Pakan Alternatif pada Ransum Ternak Unggas

7 Hibah Bersaing (3 Tahun)

D I K T I Pengembangan, Karakterisasi dan Analisis Perbandingan Lokus Mikrosatelit dan ISSR pada Populasi Ikan Gurame yang I? P»CT ctfPTI H Q T I

r v e s i s i c n u a i i

Sensitif Terhadap Aeromonas hydrophila

Anggota 134.000.000 2007-2009

8 Hibah Pekerti D I K T I Pengembangan Penanda D N A Spesifik dengan Metode SCARs untuk Mengidentifi-kasi Gen Ketahanan Terhadap Aeromonas hvArnnhiln iiytAi tun

dalam Program Perbaikan Mutu Genetik Ikan Gurame

Anggota 149.572.500 2004

Publikasi Ilmiah : No. Nama-nama Judul Tulisan Nama Kota Bulan/Tahun

Penulis Seminar/Jurnal 1 Aryani, A., D. Analysis o f The Bandung 25-26

Kusumawaty, R. Genetic International November Nurtikasari & Diversity in Conference and 2009 A . A . Pertiwi Columbidae Exhibition on

Birds with Science and Random Technology in Amplified Biomass

L) f\ 1 \7xn f~\ T*t"\ n 1 7* r o i y m o r p i i i c

Przvri 1 iz*fi r\x\ 1 I U U . U L U U I 1

LV1 N A 9009 FTR

Z Kusumawaty, Application ot 1 ne l — • A 9 1 H 1 1 9 1 / Y

joanQung 1R If, Z J-ZO

T T A Qafrini u., / \ . sainni ,

( X J W 1 )U- inicmdiioridi l N o v e m u e r

xi T 4 O X ; X Q V I T I N . oaoiuan, i . 9 H 1 A t * / Y n o t o l ! i t . i

mierosaienue niaaydi oc J \ . L A N / A r n m e r lur P V n l Nl f" 1 /A n /A n IZtXinDlLlUIl Oil \ www• • i i i i

A r y a n i / A I l d i y M I l g U l O L d C I l v C d l l U

V J C I 1 C U L / 1 f*r*rir\r\tr\cr\r in 1 c u m u i u g y H I

\ / A 9*1 A r M l l T l f /-\ t

v anaDiiixy o i U 1 / - \ 9 H O O P

Diomass Gouramy Production population 2009, ITB [Osphronemus rrr~l llffl m~\} T Q P 1 guuruiiiy L / d c j were lmecieu oy Aerornonus t/l 1 tZT 1**/1 9 1 i l 1 / Z I

nyuroprlliu

3 A m' o n i A 1 1

A r y a n i , A . , L J . OntiinQei Tczrlooi w p U I I l d M I S O l d M v. 7*m incr

o e i i u i i d r \ A a 1 a n n I V l d l d n g

94 9^ tnli Z t - Z J J U l l

Kusumawaty, F T NT A /-] or-I I T 0 T-OTA

J J I N A aan D aran Nasional ZUU9

A A PtPr+iriri Rr A . A . r c m w i oc

/H 1 91 •—c 1 1 111 9*1 A /T A

uan D U I U paua Rirxlrtrri Y Y Han pioiogi A A aan R. Nurtikasari Burung-burung Kongres

Columbidae. Perhimpunan Biologi 1 91 /A /A 9 1 ."4 A 1 A IT 1 \ /

inaonesia A I V , Inriicon FA 1 c\\ r\cxx J U I U o d l l D l U l U g l

TFNT X/foiilono U l i N I V l d U l d l l d

N/fsUiL' TKr^Viim IvicUAlv i m d l u l l l

Nyf Q 1 Q n cr I V T c U d l l g ,

A r y a n i , A . , L / . A T X Q M C 1 C

A l l d l l S l S N z*m 1 n 0 v o c l l l l l i d l

Nyt a 1 anfi I V l d l d l l g 94 9<> T H 1 i Z t - Z J J U l l

n <ir\1iUin Rr R

u . ooiinin oc i x . It P»T*Q n Q t T l Q x l

r v e r d g d l l l d l l NT 0 c 1 r\ n 0 1 i N d M O I l d l

Widjajakusuma Genetik Daerah IT i r\ 1 n rr i V"V /Hon A / x x x i x i [AXI A U-lOOp D I N A Kongres Mitokondria Perhimpunan Ayam Hutan Biologi O l J d U KKjllllUS I n r\ / i n P C I O TL I \ I

inuonesia A I V , \ '/7i*!i/r 1 Vt/7 (WO ^

TiiniQfin Rinlooi T F N I \yfi)nl^nfi KJ 11N I V l d U l d l l d

A A Q 11 Iz Tnrctnim I V l d l l i V l U I d l i l l l l

\A A 1 A 91 rr I V l d l d l l g

K licitm piwot\i I v U S U I I l d W d i y ,

/ A l l d l l S l S O C U l l l l d l R an H11 n rr 10 d l tU 111 liC 1 5 - 1 6 Tub 1 J - 1VJ J U l l

K.. T. Hidayat, Morfometrik Nasional dan 2009 B. Supriatno, A. Ikan Gurame Temu Alumni Sumarna & A . dari Kota Jurusan Aryan i Sukabumi dan Pendidikan

Tasikmalaya Biologi

FPMIPA UPI

6 Safrini, A & A . A r y a n i

Optimasi Suhu Annealing Penanda D N A Mikrosatelit pada Ikan Gurame

Seminar Nasional dan

A 1 *

Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI

Bandung 15-16 Juli 2009

7 A r y a n i , A. , T. Hidayat & D. Kusumawaty

Kajian Awal Analisis Amplifikasi D N A Gurame (Usphronemus gouramy Lac.) dengan Menggunakan Primer ISSR

Biosainstifika 1:179-187

Bandung Mei 2009

A r y a n i , A. , T. Hidayat & D. Kusumawaty

Kajian Awal Analisis Amplifikasi D N A Gurame (Uspnronemus gouramy Lac.) dengan Menggunakan Primer ISSR

Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M

Yogyakarta 26 Juli 2008

8 Kusumawaty, D., D. Rochintaniawati, D. Holipah, M.R. Moeis, A . Pancoro & A. A r y a n i

Keberhasilan Penanda RAPD dalam Membedakan Populasi Gurame (Osphronemus gouramy Lac.) yang Sensitit dan Resisten terhadap Aeromonas hydrophila

Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M

Yogyakarta 26 Juli 2008

9 Kusumawaty, D. , G. Eka, T. Hidayat, M . M . Margrita, A. Pancoro & A . A r y a n i

Berbagai Tipe Mikrosatelit yang Ditemukan pada Genom Gurame (Osphronemus gouramy Lac.)

Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M

Yogyakarta 26 Juli 2008

10 Hernawati & A . A r y a n i

Kajian Sifat Fisik dan Kimia Tepung Kul i t Pisang Hasil Pengeringan Oven dan Jemur

Biosainstifika 1:1-12

Bandung November 2008

11 Kusumawaty, D., E. Lia, A . Aryan i , & A . Rahmat.

Analisis Keanekaragaman Genetik Ikan Gurame (Osphronemus gouramy Lac.) Varietas Blusafir dengan Menggunakan Metode RAPD

Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI

Bandung 25-26 Mei 2007

12 Kusumawaty, D., D. Holipah, A . A r y a n i , D. Rochintaniawati & A. Rahmat

Analisis Variasi Genetik Osphronemus gouramy Lac. yang Terinfeksi oleh Bakteri Aeromonas hydrophila dengan Penanda RAPD

Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI

Bandung 25-26 Mei 2007

13 Kusumawaty, D., G. Eka, T. Hidayat, Kusdianti & A. A r y a n i

Characterization of Partially Genom Library of Gouramy (Osphronemus gouramy: Labantidae) Which is Rich of Microsatellite loci: Preliminary

Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI

Bandung 25-26 Mei 2007

study

14 Aryani, A., Jenis-jenis dan Seminar Bandung 25-26 Mei Y . H . Zonasi Nasional dan 2007 Adisendjaja & Makroalga pada Temu Alumni Y. Nuderman Zona Intertidal Jurusan

di Pantai Pendidikan Sancang Garut Biologi Jawa Barat P H X A"TT* A T JTkl

FPMIPA UPI

15 Kusumawaty, Analisis Struktur Seminar Jakarta 18-20 Mei D., E. Lia, M . M . Genetik Populasi Nasional 2006 Margrita & A. Ikan Gurame Pemaparan Aryani (Osphronemus Hasil Penelitian

gouramy) Dasar Tahun Blusafir dengan 2005, Menggunakan Departemen Metode Random T-X 1 * 1 * 1

Pendidikan Amplified Nasional D I K T I Polymorphic dan Direktoral T~VV T A / T"» A r » T 1 \

D N A (RAPD) Penelitian dan T~X 1 J *

Pengabdian Kepada Masyarakat

1 /A 16

A • A r x

Aryani, A., D . Analisis Genom JET A • C / 1 \ . n Hay at i 5 (1):9- Bogor X A * 1 A D O

Maret 1998 Duryadi, 1 .S. Mitokondna 1 j Prawasti & M . Beberapa Ras Kaomini Ulat Sutera

dengan Random Amplified Polymorphic DNA

Bandung, 10 November 2013

Any Aryani, S.Si., M.Si.

L A P O R A N K E U A N G A N P E N E L I T I A N

1. Honor/Upah

No. Pelaksana Jumlah Jumlah Jumlah Honor/Bulan Biaya Pelaksana Jam/Minggu Bulan ( R P . ) ( R P . )

1 Ketua Tim 1 10 10 80,000 8,000,000 2 Anggota 1 6 10 36,000 3,600,000

Jumlah Biaya 11,600,000

2. Bahan habis pakai

No. Nama Bahan Penggunaan Volume Harga Satuan Jumlah Penggunaan ( R P . ) (Rp.)

1 KH2P04 Medium 250 g 300,000/500g 200,000 2 K2HP04 Medium 250 g 500,000/500g 250,000 3 Agar-agar Medium 250 g 2,000,000/500g 1,000,000 4 ddH20 Medium 1 L 20,000/100 ml 200,000 5 Yeast extract Medium 250 g l,500,000/500g 750,000 6 Tripton Medium 250 g l,000,000/500g 500,000 7 Tris Isolasi DNA 250 g 2,000,000/500g 1,000,000 8 EDTA Isolasi DNA 250 g l,200,000/500g 600,000 9 Lisozyme Isolasi DNA 100 g l,000,000/200g 500,000 10 SDS Isolasi DNA 50 g 1,500,000/1 OOg 500,000 11 Proteinase K Isolasi DNA 50 g 1,000,000/1 OOg 500,000 12 NaCl Isolasi DNA 250 g 300,000/500g 150,000 13 Phenol Isolasi DNA 250 ml l,500,000/500ml 750,000 14 Chloroform Isolasi DNA 250 ml 5O0,OOO/5OOml 250,000 15 Isoamil alkohol Isolasi DNA 250 ml l,000,000/500ml 500,000 16 Isopropanol Isolasi DNA 250 ml l,500,000/500ml 750,000 17 Ethanol Isolasi DNA 250 ml 2,000,000/500ml 1,000,000 18 Taq polimerase PCR 1500U 1,500,000/500U 4,500,000 19 Primer PCR 100 basa 10,000/basa 1,000,000 20 dNTPs PCR 100 uL l,000,000/50uL 2,000,000 21 Agarosa Elektroforesis 100 g 2,800,000/1 OOg 2,800,000 22 Loading dye Elektroforesis 50 ml 1,000,000/100ml 500,000 23 Marker DNA Elektroforesis 50 ug l,000,000/50ug 1,000,000 24 Etidium bromid PewarnaDNA 5 ml 500,000/5ml 500,000 25 RNAse Isolasi DNA 5 mg 1,500,000/5 mg 1,500,000 26 Tabung mikro kultur 1 box 550,000/box 550,000 27 Tips biru Alat ukur vol 1000 bh 400,000/lOOObh 400,000 28 Tips kuning Alat ukur vol 1000 bh 500,000/1000bh 500,000 29 Tips putih Alat ukur vol 1000 bh 500,000/1 OOObh 500.000 30 Sequensing

DNA Urut basa 10 500,000/sampel 2,000,000

Jumlah Biaya 27,400,000

3. Anggaran untuk perjalanan/kirim barang

No Kota/Tempat Tujuan

Jumlah Pelaksana

Volume Biaya Satuan (Rp.)

Jumlah (Rp.)

1 Seoul 2 paket 500,000 1,000,000 Jumlah Biaya 1,000,000

4. Lain-lain (Pemeliharaan, Penggandaan, Pelaporan)

No Uraian Kegiatan Volume Biaya Satuan ( R P . )

Jumlah (Rp.)

1 Pemotretan 1 paket 1,000,000 1,000,000 2 Penggandaan laporan 1 paket 1,000,000 1,000,000 3 Pemeliharaan 1 paket 1,000,000 1,000,000 6 Penelusuran Literatur 1 paket 1,200,000 1,000,000

Jumlah Biaya 4,200,000

Pajak Penghasilan ( 1 5 % ) : Rp. 7.800.000,-

Mengetahui Ketua LPPM

Prof. Dr. Sumarto, MSIE

Bandung, 15 November 2013

Ketua Peneliti,

Dr. Any Fitriani, M.Si .