JURNAL FARMASI UDAYANA · Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, ......

VOLUME VII, NOMOR 1, AGUSTUS 2018

JURNAL FARMASI UDAYANA

VOLUME VII

NOMOR 1

HALAMAN 1-39

EDISI AGUSTUS 2018

PENERBIT PROGRAM STUDI FARMASI FMIPA UNIVERSITAS UDAYANA

BUKIT JIMBARAN - BALI

INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1

i

JURNAL FARMASI UDAYANA INFORMASI BAGI PENULIS

DAFTAR ISI

Deskripsi

Pembaca

Editor

Petunjuk Penulisan

DESKRIPSI

Jurnal Farmasi Udayana merupakan jurnal elektronik yang dikelola oleh PS

Farmasi FMIPA Udayana. Jurnal ini yang merupakan media publikasi penelitian

dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif, kreatif,

original dan didasarkan pada scientific. Artikel yang dimuat dalam jurnal ini

meliputi penemuan obat, sistem penghantaran obat serta pengembangan obat.

Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, farmakologi,

farmakokinetika, farmakodinamika, analisis farmasi, sistem penghantaran obat,

teknologi farmasi, bioteknolofi farmasi, obat herbal dan komponen aktif tanaman

serta evaluasi klinik obat.

PEMBACA

Ilmuwan di bidang kimia medisinal, farmasetika dan biofarmasetika, farmakologi,

kimia analisis, farmakologi klinik, mikrobiologi, bioteknologi, kimia dan statistika

Pengarah : Drs. Ida Bagus Made Suaskara, M.Si

Penanggung jawab : Drs. I Made Satriya Wibawa, M.Si

Anak Agung Bawa Putra, S.Si., M.Si

Drs. I Wayan Santiyasa, M.Si

Dewa Ayu Swastini, S.Farm., M.Farm., Apt

Chief in Editor : Cokorda Istri Sri Arisanti, S.Farm., M.Si., Apt

Editor Board : Ni Kadek Warditiani, S.Farm., M.Sc., Apt

A A Gede Rai Yadnya Putra S.Farm., M.Si., Apt

Putu Sanna Yustiantara, S.Farm., M.Si., Apt

Made Ary Sarasmita, S.Farm., M.Farm.Klin., Apt

Reviewer Mitra Bestari : Prof. Dr. I Ketut Adnyana Apt (ITB)

Muhammad Aswad, PhD, Apt (UNHAS)

I G N Jemmy Anton P., S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)

Ni Putu Eka Leliqia S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)

Dr.rer.nat I Md Agus Gelgel W. M.Si., Apt (UNUD)

Ketut Widyani Astuti S.Farm., M.Biomed., Apt (UNUD)

EMAIL

[email protected]

mailto:[email protected]


ii

PETUNJUK PENULISAN

PENDAHULUAN

Naskah yang diajukan ke jurnal harus memenuhi persyaratan sebagai berikut: (1)

topik artikel akan melewati proses review terlebih dahulu oleh editor, dan (2)

artikel belum dipublikasikan atau akan dipublikasikan seluruhnya atau sebagian di

jurnal lain atau media publikasi yang lain.

Tipe artikel

Artikel hasil penelitian

Review article

Naskah review article harus memuat: judul, abstrak dan kata kunci (3-6 kata),

pendahuluan, pembahasan khusus oleh penulis, kesimpulan, ucapan terima kasih,

daftar pustaka, gambar dan tabel. Tiap pokok bahasan dari pendahuluan sampai

kesimpulan harus diberi nomor. Sub pokok bahasan juga harus dinomori dengan

1.1., 1.2., 1.3., dan seterusnya. Setiap halaman harus diberi nomor dan judul harus

diberi halaman 1.

FAKTOR YANG HARUS DIPERHATIKAN

Conflict of interest

Semua penulis wajib menghindari terjadinya Conflict of interest yang meliputi

pembiayaan atau hubungan dengan orang lain atau badan paling lama tiga tahun

sebelum pengajuan artikel ke jurnal yang dapat mempengaruhi secara langsung

maupun tidak langsung penelitian yang bersangkutan

Contoh hal yang potensial menyebabkan Conflict of interest antara lain pekerja,

konsultan, kepemilikan bahan, honor, pengajuan registrasi/paten, hibah atau

sumber dana yang lain.

Verifikasi Artikel

Artikel yang diajukan ke Jurnal Farmasi Udayana belum pernah dipublikasikan

sebelumnya (kecuali dalam bentuk abstrak atau sebagai bagian dari skripsi), tidak

dalam posisi akan diterbitkan pada jurnal lain, artikel telah mendapat persetujuan

semua penulis yang tercantum di dalam artikel yang bersangkutan dan secara

eksplisit telah mendapat persetujuan dari tempat dimana penulis melakukan

penelitian dan jika diterima, artikel tidak dipublikasikan di tempat lain dalam

bentuk yang sama dalam bahasa Indonesia atau bahasa lainnya untuk menghindari

plagiarisme

Konstribusi

Semua penulis harus berpartisipasi di dalam penelitian dan atau penyipan naskah,

sehingga fungsi dari masing-masing penulis harus didefinisikan.


iii

Kepemilikan artikel

Semua penulis harus memiliki peran penting pada setiap tahap pengajuan artikel

yang meliputi: (1) konsep dan desain penelitian, pengolahan data atau

menganalisis atau menginterpretasi data, (2) memperbaiki naskah, (3) menyetujui

draf akhir yang akan dipublikasikan

Perubahan penulis

Pada jurnal ini dimungkingkan untuk menambahkan, pengurangi, mengubah

urutan penulis untuk naskah yang diterima. Hal-hal yang perlu dilakukan antara

lain: membuat permintaan untuk dapat menambahkan, mengurangi atau

mengubah urutan penulis kepada pengelola jurnal yang diajukan oleh

corresponding author yang dicantumkan di dalam naskah yang diajukan dan

meliputi: (a) alasan mengapa nama penulis harus ditambahkan, dikurangi atau

diubah susunannya (b) konfirmasi tertulis (e-mail, fax, surat) dari semua penulis

yang menyatakan persetujuan dengan perubahan tersebut di atas

Bahasa

Penulisan menggunakan bahasa Indonesia sesuai ejaan yang disempurnakan.

PERSIAPAN

Penggunaan program miscrosoft word. File dibuat dalam format asli

menggunakan program miscrosoft word. Teks harus dibuat dalam format satu

kolom, huruf font Times new roman 11, 1 spasi, ditulis dalam kertas ukuran A4.

Struktur Artikel

Sub pokok bahasan-penomoran

Artikel dibagi menjadi pokok bahasan dengan penomoran yang jelas. Sub pokok

bahasan harus diberi nomor 1.1 (kemudian 1.1.1, 1.1.2,...), 1.2 dan seterusnya.

Abstrak tidak dimasukkan dalam sistem penomoran.

Pendahuluan

Nyatakan tujuan dan landasan penelitian, hindari tinjauan pustaka yang terperinci

atau kesimpulan dari hasil penelitian

Bahan dan metode

Ungkapkan bahan dan metode secara terperinci untuk kemungkinan keterulangan

penelitian. Metode yang umum digunakan cukup menunjukkan sumber pustaka,

hanya modifikasi yang relevan yang harus dideskripsikan

Hasil

Pengungkapan hasil harus jelas dan ringkas

Pembahasan

Bagian ini harus merupakan kajian mendalam dari hasil penelitian, jangan

mengulang pengungkapan hasil. Hindari kutipan dan pembahasan yang

berlebihan dari penelitian sebelumnya


iv

Kesimpulan

Kesimpulan utama dari penelitian sebaiknya ditampilkan dalam kalimat yang

singkat dan jelas, yang dapat menjadi bagian tersendiri di dalam pokok bahasan

kesimpulan atau menjadi bagian dari pembahasan atau hasil

Appendik

Jika apendik lebih dari satu maka harus dibuat sebagai A, B dan seterusnya.

Persamaan matematika harus diberi nomor terpisah: Pers. (A.1), Pers. (A.2) dan

seterusnya. Hal yang sama juga berlaku untuk tabel dan gambar: Tabel A.1;

Gambar. A.1

Informasi penting dalam struktur artikel

Judul

Ringkas, jelas dan informatif. Jika dimungkinkan hindari pencantuman persamaan

matematika dan singkatan

Nama penulis dan institusi

Ungkapkan institusi tempat bekerja (tempat dimana penelitian dilakukan) di

bawah nama penulis. Tunjukkan institusi penulis dengan supercript di belakang

nama penulis dan didepan nama institusi. Tuliskan alamat lengkap termasuk kode

pos dan nama kota, jika perlu disertakan alamat email masing-masing penulis

Alamat korespondensi

Tunjukkan dengan jelas siapa yang bertanggung jawab terhadap korespondensi

semua tahap dari pengajuan, revisi, publikasi maupun sampai pasca publikasi.

Cantumkan nomor telepon disamping alamat email, kode pos. Kontak terperinci

harus tetap diperbaharui oleh korespondensi penulis

Alamat penulis

Jika alamat penulis berbeda dibandingkan dengan tempat penelitian semula, maka

alamat terbaru atau tetap penulis sebagai catatan kaki dari nama penulis. Alamat

dimana penelitian semula dilakukan oleh penulis tetap digunakan sebagai alamat

utama. Penulisan catatan kaki untuk alamat terbaru maupun alamat tetap

menggunakan supercrip dengan penomoran Arabic

Abstrak

Dibutuhkan abstrak yang jelas, ringkas dan sesuai fakta penelitian. Abstrak harus

menunjukan tujuan penelitian secara tegas, hasil yang penting dan kesimpulan

umum. Untuk memenuhi persyaratan abstrak ini, disarankan untuk tidak

menyertakan tinjauan pustaka, tetapi jika sangat diperlukan wajib mengutip nama

penulis dan tahun. Disamping itu dihindari pencantuman singkatan yang tidak

umum tetapi jika sangat diperlukan maka harus dijelaskan pada awal abstrak itu

sendiri


v

Gambar

Gambar harus dibuat untuk menyimpulkan isi dari artikel secara jelas untuk dapat

menarik perhatian pembaca yang berasal dari berbagai bidang yang berhubungan

dengan farmasi. Gambar harus dibuat dalam bagian terpisah dari artikel. Ukuran

gambar: sediakan gambar dengan minimal setara 531x1328 pixel atau lebih, tetapi

dapat tetap terbaca pada layar 200x500 pixel (pada 91 dpi yang sama dengan 5

x13 cm). Program yang digunakan dapat berupa pdfatau MS Word

Kata kunci

Kata kunci maksimal 6 kata diletakkan langsung di bawah abstrak, hindari

penggunaan frase dan penghubung (dan, dari dan sebagainya)

Singkatan

Deskripsikan singkatan yang tidak umum sebagai catatan kaki pada halaman

pertama artikel. Singkatan yang menjadi keharusan untuk diungkapkan pada

abstrak diwajibkan didefinisikan pada bagian sebelum singkatan tersebut ditulis.

Penulisan singkatan harus konsisten pada seluruh artikel.

Ucapan terima kasih

Cantumkan ucapan terima kasih pada bagian terpisah di bagian akhir artikel

sebelum daftar pustaka, hindari penyertaan ucapan terima kasih pada judul,

sebagai catatan kaki judul atau bagian artikel lainnya. Buatlah rincian orang yang

berkontribusi di dalam penelitian (penerjemah, pengetik atau pembaca dan lain

sebagainya)

Unit

Gunakan satuan internasional (SI). Jika satuan diungkapkan dalam unit yang

berbeda, sebaikknya diungkapkan kesetaraan dengan SI

Tabel

Penomoran tabel diurut berdasarkan urutan munculnya di dalam artikel. Tabel

dibuat dengan tiga garis horisontal, hindari penggunaan garis vertikal dan data

yang diungkapkan di dalam tabel tidak diungkapkan berulang pada bagian lain

dari artikel

Daftar pustaka

Pastikan daftar pustaka tercantum di dalam artikel. Hasil yang belum

dipublikasikan dan personal communication tidak direkomendasikan dimasukkan

di dalam daftar pustaka. Pustaka yang ditandai dengan In Press menunjukan

bahwa artikel tersebut telah disetujui untuk dipublikasikan dan dapat digunakan

sebagai sumber pustaka. Penulisan pustaka mengikuti aturan penulisan pustakan

jurnal ini.

Aturan penulisan pustaka

Daftar pustaka harus diurut berdasarkan alfabetis dan kronologi. Jika terdapat

lebih dari satu sumber yang berasal dari penulis yang sama pada tahun yang sama,

maka harus ditambahkan a, b, c dan seterusnya di belakang tahun terbit.

Penulisan buku


vi

Penulis, A.A., Penulis, B.B., & Penulis, C.C. (tahun terbit). judul buku: sub judul.

(Edisi [jika bukan edisi pertama}). tempat terbit: penerbit

Contoh:

Buku dengan satu penulis

Nama penulis (tanpa singkatan). (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit

Reynords Hadi. (2000). Black pioners. Ringwood,Vic: Penguin

Buku dengan banyak penulis

Dua-enam penulis

Dua penulis: kedua penulis. (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit

Gilbert, R., & Gilbert, P. (1998). Maculinity goes to school. St. Leonards,

N.S.W.: Allen & Unwin

Lebih dari 6 penulis

Setelah nama dan singkatan nama penulis ke-enam gunakan dkk

Buku yang memiliki editor

Broinowski, A. (Ed.) (1990). ASEAN into 1990s. London: Macmillan

Nugent, S.L., Shore, C. (Eds.). (1997). Anthropologyband cultural study. London:

Pluto Press

Buku yang memiliki penulis dan editor

Valery, P. (1957). Oeuvres (J. Hytier, Ed). Paris: Gallimard

Bab yang terdapat di dalam buku

Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul bab:sub judul. editor. judul

buku. (hal. x-y). tempat terbit: penerbit

Artikel jurnal

Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul artikel. singkatan jurnal,

volume (issue), halaman

Skipsi/Tesis/Disertasi

Nama penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul. skrispi/tesis/disertasi.

Universitas, kota

Sumber penulisan singkatan jurnal

Index Medicus journal abbreviations: http//www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html

List of titlle word abbreviations: http//www.issn.org/2-22661-LTWA-online.php

CAS (Chemical Abstract Service): http//www.cas.org/sent.html

Submission checklist

Daftar isian di bawah ini dapat digunakan untuk memudahkan pemeriksaan akhir

sebelum artikel dikaji oleh editor.

Satu orang penulis ditunjuk sebagai corresponding author:

alamat email

kode pos

nomor telepon atau fax

Semua file yang dibutuhkan telah diupload


vii

Kata kunci

Gambar

Tabel (termasuk judul, deskrispi, catatan kaki)

Hal selanjutnya yang harus diperhatikan

Gunakan penomoran baris (tiap 5 baris) untuk memudahkan pengkajian

naskah

Naskah telah dicek tata bahasa dan pengucapannya

Pustaka telah ditulis sesuao format di dalam jurnal ini

Semua pustaka yang ditulis di dalam daftar pustaka disinggung di dalam

teks

Izin telah didapat dari untuk materi yang memiliki hak cipta yang berasal

dari sumber lain (termasuk web)

SETELAH ARTIKEL DITERIMA

Perbaikan

Naskah yang telah dikoreksi akan dikirimkan kembali dalam bentuk pdf kepada

corresponding author (melalui alamat email) sehingga penulis dapat mengunduh

untuk keperluan pribadi. Gunakan perbaikan ini untuk mengecek urutan

penulisan, mengedit, menyempurnakan dan memperbaiki tulisan, tabel dan

gambar. Pengiriman naskah yang telah diperbaiki menyertakan koreksi pertama

dari editor ini. Perubahan signifikan dari artikel yang disetujui untuk

dipublikasikan dalam jurnal ini harus mendapat persetujuan dari penerbit. Kami

akan berusaha untuk mempublikasikan artikel anda akurat dan cepat sehingga

diharapkan kami menerima hasil koreksi anda paling lambat 5 hari kerja. Sangat

penting koreksi artikel dilakukan dalam satu kali komunikasi sehingga cermati

hal-hal yang harus dikoreksi sebelum dikirimkan kembali ke editor jurnal.

Naskah yang dipublikasikan

Artikel akan diberikan kepada corresponding author dalam bentuk pdf melalui

email. Penulis akan menerima artikel sesuai format yang terbit di dalam jurnal

dan disertai dengan cover jurnal.


viii

DAFTAR ISI

hal

Halaman Judul …………………………………………………………………………...........

Petunjuk Penulisan ..............................................................................................................

Daftar Isi ………………………………………………………………………….....………........

i

ii

viii

1 Potensi Brazilein dari Kayu Secang (Caesalpinia sappan L.) Sebagai Agen Depigmentasi

Kulit Secara In Silico ...............................................................................................................

1

2 Pengembangan Kuisioner Kepuasan Pasien Untuk Pelayanan Farmasi Klinik ....................... 7

3 Penetapan Kadar Metanol Hasil Destilasi Penguap Vakum Putar Ekstrak Metanol Daun Ubi

Ungu Menggunakan Raman Spektrofotometer ........................................................................

13

4 Pengaruh Jenis dan Rasio Maltodekstrin DE 10 dan Gum Arab Terhadap Sifat Fisik, Kimia,

dan Stabilitas Mikroenkapsulasi Antosianin Ekstrak Etanol Umbi Ubi Jalar Ungu (Ipomoea

batatas L.) ...............................................................................................................................

19

5 Molecular Docking Sianidin dan Peonidin Sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis

Secara In Silico ........................................................................................................................

28

6 Desain Primer untuk Amplifikasi Regio Promoter Gen inhA Isolat P016 Multidrug

Resistance Mycobacterium tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reaction ...........

34

Susanti dkk.

Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33

28

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

Molecular Docking Sianidin dan Peonidin Sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis Secara In Silico

Susanti, N. M. P.1*, D. P. D. Saputra1, P. L. Hendrayati1, I. P. D. N. Parahyangan1, I. A. D. G. Swandari1

1Program Studi Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana, Bukit Jimbaran,

Badung, 80361 *Penulis korespondensi:: [email protected] Received June 27, 2018; Accepted July 5, 2018

ABSTRAK Aterosklerosis merupakan penyakit inflamasi kronis yang diawali oleh disfungsi endotel

sehingga terjadi pertumbuhan plak pada dinding dalam arteri. Disfungsi endotel menyebabkan endotel mengaktifkan NF-ĸB sehingga terjadi proses transkripsi gen proinflamasi yang mendukung pertumbuhan plak aterosklerosis. Antosianin ubi jalar ungu merupakan senyawa yang diketahui memiliki aktivitas menghambat proses inflamasi. Antosianin mayor yang terdapat dalam ubi jalar ungu adalah sianidin dan peonidin. Dilakukan uji aktivitas sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis berdasarkan interaksinya pada protein NF-ĸB menggunakan metode molecular docking secara in silico. Tahapan penelitian yang dilakukan adalah penyiapan database struktur protein NF-ĸB, preparasi protein menggunakan aplikasi Chimera1.10.1, preparasi dan optimasi struktur 3D sianidin dan peonidin menggunakan aplikasi HyperChem8, serta validasi metode molecular docking dan docking sianidin dan peonidin pada protein NF-ĸB menggunakan aplikasi Autodock4.2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sianidin dan peonidin memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB. Energi ikatan antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berturut-turut sebesar -7,92 kkal/mol dan -7,86 kkal/mol yang sama-sama membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino LEU472 pada binding site yang sama dengan native ligand. Sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dengan protein NF-ĸB sehingga mempu mencegah proses inflamasi dalam pembentukan plak aterosklerosis. Kata Kunci : Antiaterosklerosis, sianidin, peonidin, molecular docking, in silico

ABSTRACT Atherosclerosis is a chronic inflammatory disease that begins with endothelial dysfunction

resulting in plaque growth in the inner walls of the arteries. Endothelial dysfunction causes endothelial activates NF-ĸB resulting in a transcription of proinflammatory gene supporting the growth of atherosclerotic plaque. The purple sweet potato anthocyanin is a compound known to have activity inhibiting the inflammatory process. The major anthocyanins contained in purple sweetpotato are cyanidine and peonidine. The cyanidine and peonidin activity test was performed as antiinflammatory at atherosclerosis based on their interaction on NF-ĸB protein using molecular docking method in silico. The stages of this research are preparation of protein structure database of NF-ĸB, protein preparation using Chimera1.10.1 application, preparation and optimization of cyanidin and peonidin 3D structure using HyperChem8 application, and validation of molecular docking and docking method of cyanidin and peonidin on NF-ĸB protein using application Autodock4.2. The results showed that cyanidine and peonidine had affinity and formed a hydrogen bond with the NF-ĸB protein. The bond energy between cyanidine and peonidine with the NF-ĸB protein is -7.92 kcal/mol and -7.86 kcal/mol which together form the hydrogen bond with the LEU472 amino acid on the binding site equal to the native ligand. Cyanidin and peonidine have the potential of activity as antiatherosklerosis because it has an affinity with the NF-ĸB protein so that it prevents the inflammatory process in the formation of atherosclerotic plaque. Keywords: Antiaterosklerosis, cyanidine, peonidine, molecular docking, in silico

mailto:[email protected]

Susanti dkk.


29

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

1. PENDAHULUAN Penyakit kardiovaskular merupakan

penyakit akibat gangguan fungsi jantung dan pembuluh darah yang menyebabkan 31% atau sekitar 17,5 juta jiwa dari jumlah kematian dunia pada tahun 2012. Dari jumlah kematian tersebut, 7,4 juta disebabkan oleh penyakit jantung koroner (PJK) dan 6,7 juta oleh stroke (Kemenkes RI, 2017). PJK terjadi akibat penyempitan arteri koroner sehingga tidak ada aliran darah ke otot jantung. Hal yang mendasari terjadinya PJK adalah aterosklerosis yang merupakan inflamasi kronis pada dinding dalam arteri sehingga terjadi penebalan dan penurunan elastisitas (Srividya, 2017).

Hiperkolesterolemia kronik merupakan salah satu hal utama penyebab disfungsi endotel. Hiperkolesterolemia kronik akan menyebabkan terjadinya penimbunan LDL di daerah intima. Adanya radikal bebas akan menyebabkan teroksidasinya LDL yang disebut ox-LDL yang mampu mengaktifkan sel endotel sehingga menghasilkan sitokin proinflamasi dan molekul adhesi yang merangsang infiltrasi monosit dan limfosit T ke daerah intima. (Lintong, 2009; Hansson, 2005). Sitokin akan memicu diferensiasi monosit menjadi makrofag yang akan memfagositosis ox-LDL sehingga membentuk sel busa yang berkontribusi dalam terjadinya plak aterosklerosis (Ingersoll et al., 2011; Francis and Pierce, 2011). Selain itu, sitokin proinflamasi mampu menyebabkan fosforilasi IĸB sehingga NF-ĸB terlepas dari kompleks NF-ĸB-IĸB menuju nukleus untuk mendukung proses transkripsi gen proinflamasi (Ayukarningsih, 2014). Berdasarkan mekanisme terbentuknya plak tersebut, maka dilakukan penelitian guna pengembangan obat aterosklerosis salah satunya melalui mekanisme pencegahan pembentukan plak dengan penghambatan proses terjadinya infllamasi.

Antosianin merupakan senyawa yang diketahui memiliki aktivtas farmakologi sebagai antiinflamasi serta memiliki aktivitas dalam proteksi penyakit kardiovaskular. Dalam usus halus, antosianin akan dihidrolisis menjadi bentuk aglikon (antosianidin) yang lebih hidrofobik. Bentuk ini akan lebih mudah diabsorpsi secara difusi pasif dan

bioavailabilitasnya akan lebih baik dibandingkan dengan antosianin sehingga potensi efek yang dihasilkan juga semakin besar (Pojer et al., 2013; Speciale et al., 2014).

Beberapa penelitian mengenai aktivitas antiinflamasi antosianin dari ubi jalar ungu dalam menghambat proses inflamasi telah dilaporkan, dimana antosianin mayor yang terdapat dalam ubi ungu adalah sianidin dan peonidin (Lim et al., 2013). Maka dari itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui aktivitas sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis berdasarkan interaksinya pada protein NF-ĸB menggunakan metode molecular docking secara in silico. Dengan metode ini dapat diketahui afinitas ikatan ligand uji serta interaksi yang terjadi sehingga dapat diprediksi potensi sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis.

2. BAHAN DAN METODE 2.1. Bahan

Bahan yang digunakan adalah protein NF-ĸB (pdb id: 4IDV) yang diunduh dari https://www.rcsb.org/ pdb/home/home.do dan struktur tiga dimensi sianidin dan peonidin dibuat dan dipreparasi menggunakan program HyperChem 8.

2.2. Alat Seperangkat komputer dengan

spesifikasi Windows 7 64 bit dan program Autodock 4.2 pada OS Windows, Chimera 1.10.1, dan HyperChem 8.

2.3. Metode Penelitian 2.3.1. Preparasi Protein NF-ĸB

Preparasi protein NF-ĸB diawali dengan memilih protein dalam bentuk aktif yang berikatan dengan native ligand. Selanjutnya protein NF-ĸB dan native ligand dipisahkan dengan program Chimera 1.10.1 untuk menyediakan ruang (pocket/cavity) sehingga diketahui bentuk pocket dan koordinat pocket sebagai bahan docking.

2.3.2. Validasi Metode Molecular Docking Validasi metode molecular docking

dilakukan dengan men-docking-kan kembali native ligand pada protein target yang sudah dihilangkan native ligand-nya menggunakan

https://www.rcsb.org/%20pdb/home/home.do

Susanti dkk.


30

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

program Autodock 4.2. Metode dikatakan valid apabila nilai RMSD yang diperoleh ≤ 3Å sehingga dapat dilakukan docking senyawa uji dengan protein target (Jain and Nicholls., 2008). Untuk memperoleh metode yang valid, maka dilakukan pengaturan pada grid box sehingga diperoleh nilai RMSD ≤ 3Å.

2.3.3. Optimasi Struktur 3D Sianidin dan Peonidin Struktur tiga dimensi senyawa uji

sianidin dan peonidin dibuat dan dioptimasi menggunakan program HyperChem 8. Optimasi struktur dilakukan pada struktur tiga dimensi sianidin dan peonidin dengan metode komputasi semi-empiris AM1 dan dilakukan kalkulasi dengan single point serta optimasi geometri.

2.3.4. Docking Sianidin dan Peonidin pada Protein NF-ĸB Senyawa uji sianidin dan peonidin yang

telah dioptimasi di-docking-kan dengan protein NF-ĸB yang telah dihilangkan native ligand-nya menggunakan program Autodock 4.2 dengan grid box hasil validasi. Hasil analisis akan menunjukkan senyawa dengan konformasi dan energi ikatan terendah untuk berikatan dengan protein target.

2.3.5. Analisis Data Analisis data dilakukan berdasarkan hasil

energi ikatan yang dihasilkan dari hasil molecular docking. Nilai energi ikatan menunjukkan kekuatan ikatan antara senyawa uji dengan reseptor. Semakin rendah energi ikatan, maka semakin kuat ikatan antara senyawa dengan reseptor. Interaksi yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB dapat dilihat dari jenis ikatan yang terbentuk antara sianidin dan peonidin dengan protein target

3. HASIL 3.1. Preparasi Protein NF-ĸB

Protein NF-ĸB memiliki 4 rantai, yaitu A, B, C, dan D. Native ligand inhibitor dari protein NF-ĸB, yaitu 4-{3-[2- amino-5-(2-methoxyethoxy) pyrimidin-4- yl]-1H- indol-5-yl}-2- methylbut-3-yn-2-ol (13V) terletak pada semua rantai protein NF-ĸB dan preparasi protein NF-ĸB pada penelitian ini menggunakan rantai A. Struktur protein NF-ĸB dan native ligand

yang sudah terpisah dapat dilihat pada gambar 1.

3.2 Validasi Metode

Validasi metode molecular docking dilakukan dengan men-docking-kan kembali protein NF-ĸB tanpa ligand dengan native ligand yang telah dipisahkan sebelumnya menggunakan program Autodock 4.2. Hasil dan visualisasi interaksi validasi metode molecular docking dapat dilihat pada tabel 1 dan gambar 2.

Gambar 1. Struktur Protein NF-ĸB (A) dan

native ligand (B) yang telah terpisah dari proteinnya.

Tabel 1. Hasil Validasi Metode Molecular

Docking

Ligan Energi Ikatan

(Kkal/mol)

RMSD (Å)

Ikatan Hidrogen

Gugus

Native Ligand

-9,84 1,80 PHE535 HN1-

O1

Gambar 2. Visualisasi Interaksi antara Native

Ligand dengan Protein NF-ĸB. Interaksi berupa ikatan hidrogen ditandai dengan deretan bola berwarna hijau. Native ligand

digambarkan dengan struktur berwarna ungu. Kompleks protein digambarkan berupa

struktur di sekitar native ligand.

A B

Susanti dkk.


31

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

3.3 Optimasi Struktur 3D Sianidin dan Peonidin Struktur 3D sianidin dan peonidin

digambar dan dioptimasi menggunakan program HyperChem 8. Hasil dari optimasi struktur sianidin dan peonidin ditunjukkan pada gambar 3.

3.4 Dockinng Sianidin dan Peonidin

pada Protein NF-ĸB Docking sianidin dan peonidin dilakukan menggunakan program Autodock 4.2 dengan pengaturan koordinat tempat interaksi yang sama dengan koordinat tempat interaksi native ligand pada protein NF-ĸB. Hasil yang diperoleh dari proses docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berupa energi ikatan dan ikatan hidrogen yang terbentuk. Hasil dan visualisasi interaksi docking yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB dapat dilihat pada tabel 2 dan gambar 4. 4. PEMBAHASAN

Preparasi protein NF-ĸB dilakukan dengan memisahkan protein dengan native ligand sehingga tersedia ruang (pocket/cavity) yang nantinya digunakan saat proses docking sianidin dan peonidin pada protein tersebut. Preparasi protein NF-ĸB menggunakan rantai A yang mengandung native ligand inhibitor 4-{3-[2-amino-5-(2-methoxyethoxy) pyrimidin-4-yl]-1H-indol-5-yl}-2-methylbut-3-yn-2-ol (13V). Hasil dari proses preparasi protein ini adalah struktur protein tanpa native ligand dan native ligand yang disimpan dalam bentuk file pdb.

Validasi metode molecular docking dilakukan dengan men-docking-kan kembali protein NF-ĸB tanpa ligand dengan native ligand yang telah dipisahkan sebelumnya menggunakan program Autodock 4.2. Parameter validasi metode yang digunakan adalah nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) yang merupakan pengukuran dua pose dengan membandingkan posisi atom antara struktur eksperimental dengan struktur yang di-docking-kan pada protein (Lestari, 2015). Metode dikatakan valid apabila diperoleh nilai RMSD ≤ 3 Å, sehingga dari hasil validasi yang didapatkan menunjukkan bahwa metode yang

Gambar 3. Struktur 3D Sianidin dan Peonidin dengan Kalkulasi Single Point (A) dan Optimasi

Geometri (B). Gugus yang mengalami pergeseran geometri ditunjukkan oleh

lingkaran berwarna merah.

Tabel 2. Hasil Docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB

Ligan Energi Ikatan

(Kkal/mol)

Ikatan Hidrogen

Gugus

Sianidin -7,92 LEU472 HN-O3

Peonidin -7,86 LEU472 HN-O3

digunakan telah valid (Jain and Nicholls., 2008). Semakin kecil nilai RMSD yang diperoleh menunjukkan bahwa pose ligand yang diprediksi semakin baik karena semakin mendekati konformasi native ligand (Agistia dkk., 2013).Optimasi struktur 3D sianidin dan peonidin diawali dengan menggambar struktur sianidin dan peonidin, kemudian dilanjutkan dengan kalkulasi single point untuk mengetahui energi awal dari struktur 3D sianidin dan peonidin. Energi yang diperoleh saat dilakukan kalkulasi single point sianidin sebesar -3611,698392 kkal/mol dan peonidin sebesar -3857,658802 kkal/mol. Selanjutnya dilakukan optimasi geometri yang bertujuan untuk meminimalisasi energi agar diperoleh struktur sianidin dan peonidin yang paling stabil ditandai dengan penurunan nilai energi total

Peonidin

Sianidin

Susanti dkk.


32

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

struktur 3D sianidin dan peonidin secara berturut-turut menjadi -3653,787721 kkal/mol dan -3920,027926 kkal/mol (Fitriasari, 2008). Docking sianidin dan peonidin pada active site dari protein NF-ĸB dilakukan menggunakan program Autodock 4.2 dengan pengaturan koordinat tempat interaksi yang sama dengan koordinat tempat interaksi native ligand pada protein tersebut. Hasil yang diperoleh dari proses docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berupa data energi ikatan dan ikatan hidrogen pada 10 konformasi terbaik. Energi ikatan menunjukkan afinitas antara sianidin dan peonidin dengan protein tersebut, semakin kecil energi ikatan yang diperoleh maka semakin stabil ikatan yang terbentuk (Laksmiani et al., 2016). Energi ikatan antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berturut-turut sebesar -7,92 kkal/mol dan -7,86 kkal/mol yang sama-sama membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino LEU472.

Berdasarkan nilai energi ikatan yang diperoleh menunjukkan bahwa senyawa sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB. Ikatan yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB mampu menghambat transkripsi gen proinflamasi dan migrasi otot polos sehingga terbentuknya plak aterosklerosis pada dinding pembuluh darah dapat dihambat.

5. KESIMPULAN

Sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB sehingga mempu mencegah proses inflamasi dalam pembentukan plak aterosklerosis secara in silico.

6. UCAPAN TERIMAKASIH

Penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah membantu penelitian ini.

Gambar 4. Visualisasi Interaksi antara protein NF-ĸB dengan sianidin (A) dan peonidin (B).

Interaksi berupa ikatan hidrogen ditandai dengan deretan bola berwarna hijau. Sianidin dan peonidin digambarkan dengan struktur

berwarna ungu. Kompleks protein digambarkan berupa struktur di sekitar sianidin

dan peonidin.

DAFTAR PUSTAKA Agistia, D. D., H. Purnomo, M. Tegar, A. E.

Nugroho. 2013. Interaksi Senyawa Aktif dari Aegle marmelos Correa sebagai Anti Inflamasi dengan Reseptor COX-1 dan COX-2. Traditional Medicine Journal. Vol.18:80-87

Ayukarningsih, Y. 2014. Efek α-Mangostin terhadap Aktivitas NF-ĸB, dan Kaspase-3 Enterosit pada Bayi Tikus Model Enterokolitis Nekrotikans. International Journal of Agriculture System. Vol.4:162-168

Fitriasari, A., N. K. Wijayanti, N. Ismiyati, D. Dewi. W. Kundarto, B. S. A. Sudarmanto, dan E. Meiyanto. 2008. Studi Potensi Kurkumin dan Analognya sebagai Selective Estrogen Receptor Modulator (SERMs): Docking pada Reseptor Estrogen β. Pharmacon. Vol.9:27-32

A

B

Susanti dkk.


33

pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607

Francis, A. A. and G. N. Pierce. 2011. An Integrated Approach dor The Mecanism Responsible for Atherosclerotic Plaque Regression. Experimental and Clinical Cardiology. Vol.16:77-86

Ingersoll, M. A., A. M. Platt, S. Potteaux, and G. J. Randolph. 2011. Monocyte Trafficking in Acute and Chronic Inflammation. Trends in Immunology. Vol.32:470-477

Jain, A. N. and A. Nicholls. 2008. Recommendation for Evaluation of Computational Methods. Journal of Computer-Aided Molecular Design. Vol.22:133-139.

Kemenkes RI. 2017. Penyakit Jantung Penyebab Kematian Tertinggi, Kemenkes Ingatkan Cerdik. Available at http://www.depkes. go.id/pdf.php?id=17073100005 (Diakses pada 25 Juni 2018).

Laksmiani, N. P. L., N. L. P. V. Paramita, and I. M. A. G. Wirasuta. 2016. In Vitro and In Silico Antioxidant Activity of Purified Fractions from Purple Sweet Potato Ethanolic Extract. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences. Vol.8:177-181

Lestari, T. 2015. Studi Interaksi Senyawa Turunan 1,3-Dibenzoiltiourea sebagai

Ribonukleotida Reduktase Inhibitor. Jurnal Farmasi Indonesia. Vol.7:163-169

Lim, S., J. Xu, J. Kim, T. Chen, X. Su. J. Standard, E. Carey, J. Griffin, B. Herndon, B. Katz, J. Tomich, and W. Wang. 2013. Role of Anthocyanin-enriched Purple-fleshed Sweet Potato P40 in Colorectal Cancer Prevention. Molecular Nutrition and Food Research. Vol. 57:1908-1917.

Lintong, P. M. 2009. Perkembangan Konsep Patogenesis Aterosklerosis. Jurnal Biomedik. Vol.1:12-22

Pojer, E., F. Mattizi, D. Johnson, and C. S. Stockley. 2013. The Case for Anthocyanin Consumption to Promote Human Health: A Review. Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety. Vol.12:483-508

Speciale, A., F. Cimino, A. Saija, R. Canali, and F. Virgili. 2014. Bioavailability and Molecular Activities of Anthocyanins as Modulators of Endothelial Function. Genes and Nutrition. Vol.9:1-19

Srividya. 2017. Atherosclerosis-Coronary Heart Disease and The Recent Advancements in The Treatment of Aterosclerosis. Journal of Medical and Health Sciences. Vol. 6:1-9

MOLECULAR DOCKINGSIANIDIN DAN PEONIDINSEBAGAI ANTIINFLAMASIPADA ATEROSKLEROSIS

SECARA IN SILICOby Ni Made Pitri Susanti

Submission date: 27-Jun-2018 01:47PM (UTC+0700)Submission ID: 978875369File name: OJS_REVISI_27_JUNI._2018doc.doc (1.39M)Word count: 2407Character count: 15969

17%SIMILARITY INDEX

14%INTERNET SOURCES

9%PUBLICATIONS

10%STUDENT PAPERS

1 2%

2 1%

3 1%

4 1%

5 1%

6 1%

7

MOLECULAR DOCKING SIANIDIN DAN PEONIDIN SEBAGAIANTIINFLAMASI PADA ATEROSKLEROSIS SECARA IN SILICOORIGINALITY REPORT

PRIMARY SOURCES

www.biowebdb.orgInternet Source

eprints.ums.ac.idInternet Source

Singh, Ashutosh, and Valérie Orsat. "KeyConsiderations in the Selection of Ingredientsand Processing Technologies for FunctionalFoods and Nutraceutical Products",Nutraceutical and Functional Food ProcessingTechnology, 2015.Publicat ion

ilsi.orgInternet Source

Submitted to University of SheffieldStudent Paper

ueaeprints.uea.ac.ukInternet Source

link.springer.com

1%

8 1%

9 1%

10 1%

11 1%

12 1%

13 1%

14 1%

15 <1%

16 <1%

17 <1%

18 <1%

Internet Source

Submitted to Universitas Sebelas MaretStudent Paper

Submitted to Glasgow Caledonian UniversityStudent Paper

Submitted to Padjadjaran UniversityStudent Paper

Submitted to Udayana UniversityStudent Paper

Submitted to Universitas IndonesiaStudent Paper

shura.shu.ac.ukInternet Source

www.polines.ac.idInternet Source

portalgaruda.ilkom.unsri.ac.idInternet Source

www.citeulike.orgInternet Source

ejournal.unud.ac.idInternet Source

docslide.usInternet Source

19 <1%

20 <1%

21 <1%

22 <1%

23 <1%

24 <1%

N P L Laksmiani, K R Reynaldi, M I Widiastari, IP W Nugraha, I M K Suyadnya, R A I KMaharani. "Cytotoxic activity ofandrographolide in colon cancer throughinhibition cox-2 by in silico study", Journal ofPhysics: Conference Series, 2018Publicat ion

Zampieri, D.. "Synthesis, antifungal andantimycobacterial activities of new bis-imidazole derivatives, and prediction of theirbinding to P450"1"4"D"M by molecular dockingand MM/PBSA method", Bioorganic & MedicinalChemistry, 20071201Publicat ion

f f .unair.ac.idInternet Source

www.scribd.comInternet Source

booksreadr.orgInternet Source

Yaya Heryadi, Eka Miranda, Harco LeslieHendric Spits Warnars. "Learning decision rulesfrom incomplete biochemical risk factorindicators to predict cardiovascular risk levelfor adult patients", 2017 IEEE InternationalConference on Cybernetics and Computational

25 <1%

26 <1%

Exclude quotes Of f

Exclude bibliography Of f

Exclude matches Of f

Intelligence (CyberneticsCom), 2017Publicat ion

dokumen.tipsInternet Source

repository.unila.ac.idInternet Source

FINAL GRADE

/0

MOLECULAR DOCKING SIANIDIN DAN PEONIDIN SEBAGAIANTIINFLAMASI PADA ATEROSKLEROSIS SECARA IN SILICOGRADEMARK REPORT

GENERAL COMMENTS

Instructor

PAGE 1

PAGE 2

PAGE 3

PAGE 4

PAGE 5

PAGE 6

PAGE 7

JURNAL FARMASI UDAYANA · Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, ......

Documents

Transcript of JURNAL FARMASI UDAYANA · Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, ......