Isolasi DNA
-
Upload
alif-priyanka-adhy-putra -
Category
Documents
-
view
65 -
download
1
description
Transcript of Isolasi DNA
Teknik Isolasi DNA
Dapatkah Kita Melihat DNA ?• ukuran DNA terlalu
kecil untuk diihat oleh mata
• Bahkan dengan menggunakan miskroskop terbaik pun, yang dapat kita lihat hanya kromosom
Dapatkah Kita Melihat DNA ?• Meskipun demikian,
banyak sekali jumlah DNA di dalam sel tubuh manusia. Bila DNA dari suatu sel dibentangkan, panjangnya sekitar 2 meter
• Bila seluruh DNA di dalam tubuh dibentangkan, panjangnya 9 juta km (jarak dari bumi ke bulan pulang pergi 13 kali)
Bahan (Material)1. Kita harus menyiapkan bahan yang mengandung
DNA
3. Kita akan mengisolasi DNA dari kacang hijau (kenapa? karena murah)
2. Karena DNA adalah "blueprint" kehidupan, maka semua makhluk hidup mempunyai DNA
Bahan1. kacang hijau2. garam3. deterjen / sabun cair4. isopropil alkohol5. pelunak daging6. tabung reaksi7. batang pengaduk
Safety First !
1. Jangan makan atau minum2. Tetap di tempat duduk3. Gunakan googles4. Hati-hati dengan bahan yang digunakan
Tahap 1• Blender kacang hijau
untuk memisahkan sel dari komponen lainnya
• Blender dengan air dan sedikit garam sampai diperoleh bentuk seperti sup
Filtrasi
Untuk memisahkancairan berisi sel dari residu kacang hijau
Tahap 2• Tambahkan Deterjen/
sabun cair
• Masukkan sup kacang hijau ke dalam tabung reaksi dan tambahkan deterjen
• Diaduk
Apa fungsi deterjen ?• Setiap sel dilindungi oleh membran sel• DNA berada di dalam nukleus dari sel, yang
juga dilindungi oleh membran
• Membran sel tersebut harus dipecahkan supaya DNA bisa dikeluarkan dari sel
Apa fungsi deterjen ?
Deterjen
Membran Sel
• Deterjen memecahkan membran sel yang melindungi sel
• Bagaimana? deterjen menempel pada lipid (lemak) dan protein pada membran sel
Apa fungsi deterjen ?
Apa fungsi deterjen ?• Membran di sekitar
sel dan nukleus sudah dipecahkan
• Yang tersisa adalah : Protein, Karbohidrat, DNA
Tahap 3Tambahkan pengempuk daging (enzim) ke dalam campuran
• Pelunak daging adalah suatu enzim
• Enzim adalah protein yang mengkatalis reaksi agar lebih cepat membentuk produk
• Enzim pada pelunak daging mempercepat reaksi pemotongan molekul protein
• DNA di dalam nukleus dikelilingi oleh protein
• Enzim memotong protein dari DNA
Tahap 4• Perlahan tambahkan alkohol• Miringkan tabung reaksi dan perlahan masukkan
satu lapisan alkohol di atas campuran sup kacang hijau
• DNA akan mengapung di lapisan alkohol• Semua residu dan protein dari sel kacang akan
ada di dasar, di lapisan air
DNA adalah molekulpanjang yang berikatansatu sama lain
DNA Sequencing
Protein Purification
1. Ammonium Sulfate Precipitation
2. Column Chromatography
Flow-through Eluate
3. Ion-Exchange Chromatography
Ion exchange chromatography
DEAE celluloseanion exchanger
CH2-CH2 -NH+(CH2CH2)-
--
-
Negatively charged (acidic) protein or enzyme
CM cellulosecation exchanger
CH2-COO-
CH2-COO-
+++
+
Positively charged (basic) protein or enzyme
CH2-CH2 -NH+(CH2CH2)
Ion exchange chromatography
CM cellulosecation exchanger
CH2-COO-
CH2-COO-
+++
+
Positively charged protein or enzyme bind to the column
For protein binding, the pH is fixed (usually near neutral) under low salt conditions. Example cation exchange column…
---
--
--
-
Negatively charged proteins pass through the column
Ion exchange chromatography
CM cellulosecation exchanger
CH2-COO-
CH2-COO-
+++
+
To elute our protein of interest, add increasingly higher amount of salt (increase the ionic strength). Na+ will interact with the cation resin and Cl- will interact with our positively charged protein to elute off the column.
CM cellulosecation exchanger
CH2-COO-
CH2-COO-+
++
+
Na+
Na+Cl-
Na+2
Cl-
Cl-
Cl-
Na+2
+ Increasing [NaCl] of the elution buffer
4. Affinity Chromatography
5. Gel Filtration Chromatography
Using SDS-PAGE to Assess Purity