Karakterisasi Bakteri Asam Laktat Genus Leuconostoc Dari Pekasam Ale
IDENTIFIKASI DNA BAKTERI MULTIRESISTEN GENUS …repository.ump.ac.id/599/1/COVER_SERVIN...
Transcript of IDENTIFIKASI DNA BAKTERI MULTIRESISTEN GENUS …repository.ump.ac.id/599/1/COVER_SERVIN...
i
IDENTIFIKASI DNA BAKTERI MULTIRESISTEN GENUS
Bacillus (ISOLAT MG 46) DENGAN PCR MENGGUNAKAN
PRIMER UNIVERSAL 16S rRNA
SERVIN TRISNANINGSIH NENOHAI
0908010059
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
PURWOKERTO
2013
i
IDENTIFIKASI DNA BAKTERI MULTIRESISTEN GENUS
Bacillus (ISOLAT MG 46) DENGAN PCR MENGGUNAKAN
PRIMER UNIVERSAL 16S rRNA
SKRIPSI
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
Mencapai Derajat Sarjana S-1
Diajukan Oleh
SERVIN TRISNANINGSIH NENOHAI
0908010059
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
PURWOKERTO
2013
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
ii Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
iii
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
iv
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
v
PRAKATA
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan
rahmat dan berkat-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi
yang berjudul “IDENTIFIKASI DNA BAKTERI MULTIRESISTEN GENUS
Bacillus (ISOLAT MG 46) DENGAN PCR MENGGUNAKAN PRIMER
UNIVERSAL 16S rRNA”. Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk
mencapai gelar Sarjana Farmasi di Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah
Purwokerto.
Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan dan masukan yang
diterima dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis mengucapkan terima kasih
kepada:
1. Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt. selaku Dekan Fakultas Farmasi
Universitas Muhammadiyah Purwokerto serta dosen pembimbing skripsi II
yang telah memberikan bimbingan, saran, dan petunjuk dalam penyusunan
skripsi.
2. Binar Asrining Dhiani, M.Sc., Apt. selaku pembimbing skripsi I yang telah
memberikan bimbingan, saran, dan petunjuk dalam penyusunan skripsi.
3. Seluruh Dosen dan Staf Karyawan Fakultas Farmasi Universitas
Muhammadiyah Purwokerto.
4. Semua pihak yang telah membantu selama penulis melaksanakan penelitian
dan penyusunan skripsi ini hingga selesai yang tidak dapat disebutkan satu
persatu.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan, oleh
karena itu saran dan kritik yang membangun sangat diharapkan demi
penyempurnaannya. Semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi penulis
khususnya dan pembaca umumnya.
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
vi
MOTTO
Many are the plans in a person’s heart,
but it is the LORD’s purpose that prevails.
-Proverbs 19:21-
For nothing is impossible with God
-Luke 1:37-
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
vii
HALAMAN PERSEMBAHAN
Skripsi ini dapat terselesaikan atas berkat dan karunia yang diberikan Tuhan Yesus Kristus. God, You are AMAZING :^)
Kupersembahkan karya sederhana ini kepada orang-orang yang
kukasihi
Terimakasih untuk papa dan mama atas untaian doa yang tiada henti dipanjatkan untuk keberhasilanku. Really grateful for having
mom and dad as my parents, I am really blessed :^)
Untuk adik-adikku Boy dan Yudo terimakasih atas doa dan dukungan kalian ^^
Teman-teman farmasi 2009, It’s really nice to know yall guys :^)
Bolang, Eenk, Okta, ngelab jam berapa? ^^ Mpit Ahjumma, Uci, Wina, Bunda Nur, “remponkpharmacist._.” tersayang: Ophy, Mae,
Agnes, Sakhe Eonni, Habebey, Adri {}
Anak-anak Hasna Kost: Mba Nova, Ela, Dewi, terimakasih atas kebersamaannya :^)
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
viii
INTISARI
SERVIN TRISNANINGSIH NENOHAI. Identifikasi DNA Bakteri Multiresisten
Genus Bacillus (Isolat MG 46) dengan PCR Menggunakan Primer Universal 16S
rRNA.
Di bawah bimbingan BINAR ASRINING DHIANI dan NUNUK ARIES
NURULITA.
Latar Belakang : Resistensi bakteri terhadap antibiotik mengalami peningkatan
termasuk bakteri yang diisolasi dari lingkungan. Perubahan genetika bakteri
merupakan salah satu penyebab masalah resistensi. Identifikasi bakteri dan
mekanisme resistensinya dapat dilakukan pada tingkat molekuler dengan metode
PCR menggunakan primer universal 16S rRNA.
Tujuan Penelitian : Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi DNA bakteri
multiresisten dengan PCR menggunakan primer universal 16S rRNA.
Metode Penelitian : Jenis penelitian ini adalah analisis eksperimental yaitu
identifikasi DNA bakteri multiresisten dengan PCR menggunakan primer
universal 16S rRNA. Produk PCR sekuen gen 16S rRNA kemudian dianalisis
dengan enzim restriksi HindIII. Fragmen DNA hasil restriksi dibandingkan
dengan referensi pada bank data genom bakteri spesies Bacillus.
Hasil : Amplifikasi sekuen gen 16S rRNA isolat bakteri MG 46 dengan PCR
menggunakan primer universal berukuran ~ 1000 bp. Hasil restriksi dengan enzim
HindIII terhadap produk PCR berupa 3 fragmen berukuran ~ 1000 (hasil produk
PCR yang tidak terpotong), ~ 500 dan ~ 300 bp.
Kesimpulan : Penentuan jenis bakteri belum dapat dilakukan karena perlu
analisis lebih lanjut meliputi sekuensing DNA dan penyelarasan BLAST.
Kata Kunci : 16S rRNA, PCR, bakteri multiresisten
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
ix
ABSTRACT
SERVIN TRISNANINGSIH NENOHAI. DNA Identification of Multiresistant
Bacteria in Bacillus Genus (Isolate MG 46) by PCR using 16S rRNA Universal
Primer.
Under supervision of BINAR ASRINING DHIANI and NUNUK ARIES
NURULITA
Introduction : Bacterial resistance to antibiotics were increased in number
including the bacterial isolated from environment. Alteration in bacterial genetics
is one of the causes of resistance problem. Identification of bacteria and it’s
resistance mechanisms can be conducted in molecular level by PCR using 16S
rRNA universal primer.
Object : This research aimed to identify the multiresistant bacterial DNA by PCR
using 16S rRNA universal primer.
Method : Experimental analysis of multiresistant bacterial DNA identification
was conducted by PCR using 16S rRNA universal primer. Gene sequences of 16S
rRNA as PCR product then analyzed by enzyme restriction, HindIII. DNA
fragments of restriction were compared with references of Bacillus species at
bacterial genome data bank.
Result : 16S rRNA gene sequences of bacteria isolate MG 46 amplification by
PCR using universal primer resulted product with size ~ 1000 bp. The restriction
of PCR product by HindIII enzyme produced 3 fragments sized ~ 1000
(unfragmented PCR product), ~ 500, and ~ 300 bp.
Conclusion : Determination of bacteria species has not been able conducted
because it needs further analysis include DNA sequencing and BLAST alignment.
Keyword : 16S rRNA, PCR, multiresistant bacteria
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
x
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL ....................................................................................... i
HALAMAN PERSETUJUAN ........................................................................ ii
HALAMAN PENGESAHAN ......................................................................... iii
PERNYATAAN .............................................................................................. iv
PRAKATA ...................................................................................................... v
MOTTO..... ..................................................................................................... vi
HALAMAN PERSEMBAHAN ..................................................................... vii
INTISARI .. ..................................................................................................... viii
ABSTRACT .................................................................................................... ix
DAFTAR ISI ................................................................................................... x
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xii
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... xiii
BAB I PENDAHULUAN ........................................................................ 1
A. Latar Belakang ...................................................................... 1
B. Perumusan Masalah… ............................................................ 3
C. Tujuan Penelitian .................................................................... 3
D. Manfaat Penelitian .................................................................. 3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ............................................................... 4
A. Resistensi Bakteri ................................................................... 4
B. Bakteri .................................................................................... 5
C. Identifikasi Bakteri ................................................................. 8
D. 16S ribosomal RNA ............................................................... 10
BAB III METODE PENELITIAN .............................................................. 12
A. Jenis dan Rancangan Penelitian .............................................. 12
B. Variabel Penelitian .................................................................. 12
C. Definisi Variabel Operasional ................................................. 12
D. Alat dan Bahan ........................................................................ 13
E. Cara Penelitian ........................................................................ 13
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ..................................................... 18
A. Uji Resistensi ............................................................................ 18
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
xi
B. Isolasi DNA Bakteri ................................................................. 20
C. Reaksi PCR ............................................................................... 22
D. Analisis Restriksi ...................................................................... 23
E. Penentuan Jenis Bakteri ............................................................ 25
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ..................................................... 27
A. Kesimpulan ............................................................................. 27
B. Saran ........................................................................................ 27
DAFTAR PUSTAKA
LAMPIRAN
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
xii
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Hasil uji resistensi terhadap antibiotik pada isolat bakteri MG 46... 18
Gambar 2. Hasil isolasi DNA isolat bakteri MG 46 pada agarosa gel
elektroforesis 0.8% ........................................................................ 21
Gambar 3. Hasil amplifikasi PCR 16S rRNA isolat bakteri MG 46 pada agarosa
gel elektroforesis 0.8% ................................................................. 22
Gambar 4. Hasil pemotongan DNA produk PCR 16S rRNA isolat bakteri MG
46 dengan enzim HindIII pada agarosa gel elektroforesis 0.8% .. 24
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013
xiii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Sekuen Gen 16S rRNA Bakteri Pembanding............................ 32
Lampiran 2. Sekuen Gen 16S rRNA Bakteri Pembanding yang dikenali oleh
Enzim Restriksi HindIII (5’-AAGCTT-3’) ............................... 37
Lampiran 1. Surat Ijin Penetian .................................................................... 42
Lampiran 2. Gambar Proses Penelitian ......................................................... 43
Identifikasi Dna Bakteri..., Servin Trisnaningsih Nenohai, Farmasi UMP, 2013