deteksi rotavirus dan karakterisasi gen protein nonstruktural (nsp4)

DETEKSI ROTAVIRUS DAN KARAKTERISASI GEN PROTEIN

NONSTRUKTURAL (NSP4) ROTAVIRUS SEBAGAI ENTEROTOXIN VIRUS

YANG MENGINDUKSI TERJADINYA INVAGINASI

PADA ANAK

DISERTASI

IQBAL PAHLEVI ADEPUTRA NASUTION

NIM :098102013

PROGRAM STUDI DOKTOR (S3) ILMU KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS SUMATERA UTARA

MEDAN

2015

Universitas Sumatera Utara

DETEKSI ROTAVIRUS DAN KARAKTERISASI GEN NONSTRUKTURAL NSP4 ROTAVIRUS SEBAGAI ENTEROTOKSIN

VIRUS YANG MENGINDUKSI TERJADINYA INVAGINASI PADA ANAK

DISERTASI

Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat Untuk Memperoleh Gelar Doktor Dalam

Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran Universitas Sumatera Utara

Untuk Dipertahankan Di Hadapan Sidang Terbuka

Program Studi Doktor (S-3) Ilmu Kedokteran


Oleh:

IQBAL PAHLEVI ADEPUTRA NASUTION

098102013

PROGRAM STUDI DOKTOR (S3) ILMU KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS SUMATERA UTARA

MEDAN

2015


PROMOTOR

Prof. Dr. Srisupari Yati Soenarto, PhD. SpA-K

Guru Besar Tetap Ilmu Kesehatan Anak.

Fakultas Kedokteran Unoversitas Gajah Mada

Yogyakarta

CO-PROMOTOR

Prof. dr. Farid Nur Mantu, SpB, Sp BA

Guru Besar Tetap Ilmu Bedah Anak

Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin

Makassar

CO-PROMOTOR

Dr. Adang Bachtiar, MD, MPH, DSc

President Indonesian Public Health Association

Chairman, Dept of Health Policy & Adm FPHUI


Judul Disertasi : Deteksi Rotavirus dan Karakterisasi Gen Nonstruktural

NSP4 Rotavirus Sebagai Enterotoksin Virus Yang

Menginduksi Terjadinya Invaginasi Pada Anak

Nama Mahasiswa : Iqbal Pahlevi Adeputra Nasution

NIM : 098102013

Program Studi : Doktor (S3) Ilmu Kedokteran

Prof. dr. Farid Nur Mantu, SpB, SpBA Co-Promotor

Dr. Adang Bachtiar, MD, MPH, DSc Co-Promotor

Lulus Tanggal: 3 Desember 2014


Telah Diuji pada Ujian tertutup

Tanggal 3 Desember 2014

PANITIA PENGUJI DISERTASI

Ketua : Prof. dr. Srisupari Yati Soenarto, PhD, SpA(K)

Anggota : Prof. dr. Farid Nur Mantu, SpB, SpBA

Dr. Adang Bachtiar, MD, MPH, DSc

Dr. dr. Rochadi Sp. B, Sp. BA

Prof. dr. Atan Baas Sinuhaji, Sp. A(K)

Dr. Andi Yasmon, Spi, M. Biomed

Dr. Ir. Erna Mutiara, MKM


Allah akan mengangkat (derajat) orang yang beriman diantara

kamu, dan orang yang diberi Ilmu Pengetahuan

beberapa derajat.

Dan Allah Maha Mengetahui terhadap apa yang kamu kerjakan

(QS Al Mujaadalah (58):11)

Barang siapa menempuh suatu jalan untuk menuntut ilmu maka

Allah akan memudahkan jalan baginya

Jalan menuju surga


(HR. Muslim)

UCAPAN TERIMA KASIH

Asslamu’alaikum Warahmatullahi wabarakatuh

Dengan Mengucapakan puji syukur kehadirat Allah SWT yang telah

melimpahkan rahmat dan karunia-Nya, serta telah memberikan kesempatan kepada

promofendus sehingga mampu menyelesaikan penulisan disertasi ini. Shalawat dan

salam kepada junjungan kita Nabi besar Muhammad SAW beserta keluarga dan

para sahabatnya, yang telah menuntun umat manusia ke era ilmu pengetahuan.

Promofendus menyadari penulisan penelitian ini jauh dari kesempurnaan.

Oleh sebab itu, dengan segala kerendahan hati promofendus mengharapkan

masukan yang berharga dari semua pihak pada masa yang akan datang.

Selesainya penelitian dan penulisan disertasi ini tidak terlepas atas

bimbingan, dukungan, masukan dari semua insan akademis dan do’a dari keluarga.

Untuk itu dalam kesempatan ini, perkenankan promofendus dengan tulus ikhlas

menyampaikan ucapan terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya

kepada yang terhormat:

Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. Drs. Subhilhar MA, PhD dan Rektor

sebelumnya Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu, DTM&H, M. Sc (CTM), Sp. A (K) atas

kesempatan dan fasilitas yang diberikan kepada saya untuk mengikuti dan

menyelesaaikan pendidikan Program Studi Doktor S-3 Ilmu Kedokteran Universitas

Sumatera Utara.

Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara Prof. dr. Gontar A

Siregar, Sp. PD (KGEH) atas kesempatan, fasilitas dan dukungan untuk mengikuti

pendidikan program doktor S-3 Ilmu Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

Demikian pula kepada Pembantu Dekan I prof. dr. Guslihan Dasa Tjipta, Sp. A (K),

Pembantu Dekan II dr. Zaimah Z. Tala, M.S., Sp. GK, Pembantu Dekan III dr.

Muhammad Rusda Harahap, Sp. OG (K) atas dukungan dan motivasinya untuk

menyelesaikan pendidikan Doktor S-3.


Prof. dr. Chairuddin P Lubis, DTM&H, M. SC, Sp. A (K) sebagai ketua

Program Studi Doktor S3 Ilmu Kedokteran dan mantan Rektor Universitas Sumatera

Utara yang menerima saya sehingga mengikuti pendidikan program Studi Doktor S3

Ilmu Kedokteran Universitas Sumatera Utara, serta banyak kebijakan-kebijakan yang

memberikan kelancaran dalam proses belajar mengajar selama mengikuti

pendidikan program Studi Doktor S3. Kepada Prof. Dr. dr. Delfitri Munir, Sp. THT

(KL) selaku sekretaris Program Studi Doktor S-3 Ilmu Kedokteran Universitas

Sumatera Utara yang telah memberikan kemudahan dan masukan untuk kelancaran

proses administrasi Program Studi Doktor S3 Ilmu Kedokteran Universitas Sumatera

Utara. Prof. dr. Harun Rasyid Lubis, Sp. PD-KGH mantan Ketua Program Studi

Doktor S3 dan Prof. drg. Ismet Daniel Nasution mantan sekretaris Program Studi

Doktor S3 yang menerima, memberi saran saat penerimaan untuk mengikuti proses

pendidikan doktor S3.

Prof. dr. Srisupari Yati Soenarto, PhD, SpA(K) yang bersedia menjadi

promotor dan terus memotivasi agar penelitian ini selesai. Prof. dr. Farid Nur Mantu,

SpB, Sp. BA yang bersedia menjadi Ko-Promotor dan memberikan banyak masukan

pada penelitian ini, demikian juga disampaikan kepada Dr. Adang Bachtiar, MD,

MPH, DSc yang bersedia menjadi Ko-Promotor dan memberikan masukan tentang

metodologi penelitian dalam penelitian ini, demikian disampaikan juga kepada Dr.

Sutarman M. Sc yang telah banyak memberikan masukan mengenai Statistik di

dalam penelitian ini.

Dr. dr. Rochadi Sp. B, Sp. BA, Prof. dr. Atan Baas Sinuhaji, Sp. A(K), Dr.

Andi Yasmon, Spi, M. Biomed, dan Dr. Ir. Erna Mutiara, MKM yang meluangkan

waktu, menguji dan memberikan masukan untuk sempurnanya hasil penelitian ini.

Kepada Dr. dr. Yusirwan Yusuf, Sp. B, Sp. BA, MARS, Direktur umum RSUP

H Adam Malik yang telah memberi fasilitas untuk kelancaran pendidikan Doktor S3.

Demikian juga disampaikan kepada dr. Mardianto Sp. PD KEMD, direktur Pelayanan

Medik RSUP H Adam Malik yang terus memberi dukunagn untuk selesainya

pendidikan Doktor S3. Demikian pula disampaikan kepada dr. Lukman Hakim Sp. KK

dan dr. Azwan Hakim Lubis, Sp. A, mantan direktur umum RSUP H Adam Malik

Medan atas pemberian izin daan dorongannya untuk mengikuti pendidikan Studi

Doktor S3 ilmu kedokteran di Universitas Sumatera Utara.


dr. Emir Taris Pasaribu, Sp.B(K), Onk, Ketua Departemen Ilmu Bedah FK

USU dan RSUP H Adam Malik Medan yang telah memberi waktu, kesempatan , dan

masukan bagi saya untuk terus melaksanakan program Studi Doktor S3 ini. dr.

Marshal, Sp. BTKV yang terus memberikan dukungan motivasi kepada saya dalam

menyelesaikan prosam studi Doktor S3 ini. Kepada Prof. dr. Bachtiar Surya,. SP. B-

KBD dan dr. Asmui Yosodihardjo, Sp. B, Sp. BA, yang senantiasa memberikan

dorongan bagi saya untuk menyelesaikan pendidikan Doktor S3 ini. Kepada Seluruh

Staff departeman Ilmu Bedah FK USU RSUP H Adam Malik yang senantiasa

memberikan dukungan dan masukan kepada saya dalam menyelesaikan pendidikan

doktor S3. Terimakasih juga diucapkan kepada seluruh PPDS Ilmu Bedah FK USU,

dr. Fernando dan dr. Ayu Sasmita Daulay, dr. Arfi Kurniawan, Sp. PD yang sudah

banyak membantu dalam pelaksanaan penelitian dan penyusunan tulisan disertasi.

Kepada Direktur Rumah Sakit Malahayati, RS Elisabeth, RS Herna, RS Mitra

Sejati, RS Methodist, dan RS Sari Mutiara yang telah memberikan izin kepada saya

untuk melakukan tindakan operasi dan pengambilan sampel penelitian saya.

Kepada Ketua Laboratorium Terpadu FK USU dr. Tetty Aman Nasution, M.

Med.Sc, dan para analis ibu Mardiah Nasution dan Bapak Indra Wahyudi, yang telah

banyak membantu dalam hal pelaksaanaan penelitian.

Kepada Istri saya tercinta Salwa Sylvia, SH, SpN, dan Anak yang saya

sayangi: Sofia Hilwa Yasmine Nasution, Muhammad Izzan Syafiq Nasution, Safina

Irzaini Iqsya Nasution, Muhammad Sulthan Al-Yafiy Nasution yang selalu

memberikan dorongan dan membantu dalam penyelesaian penelitian disertasi ini.

Kepada yang paling saya hormati Kedua Orang Tua saya dr. H. Hamzah A.

Nasution dan dr. Hj. Wan Zaziath, serta Kedua Mertua saya H. Abdul Muis, SH, MS,

dan Hj. Latifah Azizah, juga kepada saudara-saudara saya dr. Zahreza Maya Sari

Nasution, Sp. KK, Hendrik Limantara, SE, Zahfitri Meutia Sari Nasution SH, MKN,

Dino Iwan Santoso, SE, dr. Ismiqal Rosi A Nasution, dr. Winda Erika, Najwa Muis,

SH-MKN, Reza Fahri, SE, Noni Hilwa Muis, SE, dr. Taqwa Unaira yang selama ini

senantiasa memberikan dorongan dan do’a dalam penyelesaian penelitian S3 ini.


Kepada seluruh staff sekretariat doktor S3 FK USU yang telah membantu

saya dalam pelaksanaan laporan ini, demikian juga disampaikan kepada seluruh

pihak yang telah membantu saya dalam menyelesaikan studi S3 ini.


DAFTAR RIWAYAT HIDUP

A. Identitas

1. Nama : dr. Iqbal Pahlevi Adeputra Nasution, Sp. BA

2. Tempat/Tanggal Lahir : Medan/ 21 Juli 1973

3. Pangkat/golongan : IIIb/ Asisten Ahli

4. NIP : 197307212009121001

5. Jabatan Dosen : Staf Pengajar Departemen Ilmu Bedah FK USU

6. Agama : Islam

7. Alamat Rumah : Komplek Pondok Surya, Blok 6, No 224 i Medan

8. Alamat Kantor : Jln. Bunga Lau No 17, RSUP. H. Adam Malik Medan

9. Telp Rumah/HP : 061-76772121/ 081328272121

10. No. Telp/Fax kantor : 061-8361418/ 061-8361449

11. Nama Bapak : dr. H. Hamzah A. Nasution

12. Nama Ibu : dr. Hj. Wan Zaziath

13. Nama Istri : Salwa Sylvia, SH, SpN

14. Nama Anak I : Sofia Hilwa Yasmine Nasution

15. Nama Anak II : Muhammad Izzan Syafiq Nasution


16. Nama Anak III : Safina Irzaini Iqsya Nasution

17. Nama Anak IV : Muhammad Sulthan Al-Yafiy Nasution

18. Email : [email protected]

B. Riwayat Pendidikan

1. SD Bhayangkari Medan

: Lulus 1985

2. SMP Negeri 1 Medan

: Lulus 1988

3. SMA Negeri 1 Medan

: Lulus 1991

4. FK UISU Dokter Umum

(S-1) : Lulus 2000

5. Pendidikan Bedah

Dasar Fk USU : Lulus 2005

6. Pendidikan Spesialis

Bedah Anak FK UGM : Lulus 2008

C. Riwayat Pekerjaan

1. Dokter Umum Kawasan Industri Medan

tahun 1999-2001

2. Staf Departemen Ilmu Bedah Anak FK USU :

2008- sekarang

D. Organisasi


mailto:[email protected]

1. Anggota Ikatan Dokter Indonesia (IDI)

Cabang Medan

2. Anggota Persatuan Bedah Anak Indonesia

(PERBANI)

3. Anggota Perhimpunan Bedah Endo

Laparaskopik Indonesia

E. Pembicara/Poster

- Pembicara PIT XV IKABI Tahun 2005 di

Jakarta

- Pembicara MABI XVI tahun 2006 di Makasar

- Pembicara PIB XVI PERBANI tahun 2007 di

Makasar

- Pembicara The 44th Annual Meeting of The

Japanese Association of Pediatric Surgeon Tahun 2007 di Tokyo-Japan

- Pembicara PIT XVII IKABI Tahun 2007 di

Yogyakarta

- Pembicara MABI XVII Tahun 2008 di

Palembang

- Pembicara Pelatihan Keterampilan Dasar

Bedah Untuk Dokter Umum Tahun 2010 Medan

- Pembicara The 39th Biennial World Congress

of The International College Surgeon Tahun 2014 di Bali


F. Pendidikann Tambahan (Simposium, Kursus,

Workshop, Training, Lokakarya, Seminar)

- Kursus Pra Bedah Tahun 2002 Laboratorium

Anatomi, Patologi Anatomi dan Mikrobiologi FK USU

- Kursus BSS tahun 2003 FK UGM

- OSCA tahun 2004 RS Otorita Batam

- DSTC tahun 2005, di Rumah Sakit

Muhammad Husein Palembang

- ATLS tahun 2005 RSUP Haji Adam Malik

Medan

- Hirschprung Round Table Tahun 2006 di

Makasar

- I’ASEAN Congress of Pediatric Surgery

Tahun 2006 Johor Bahru-Malaysia

- Malam Klinik Bedah Anaak Tahun 2006

Bandung

- Seminar Deteksi Dini Hingga Penanganan

Mutakhir Kasus-kasus Keganasan Bedah Anak Tahun 2007 Yogyakarta

- Laparaskopi Dasar Tahun 2007 Bali

Trainning Centre

- Laparaskopi Lanjut Tahun 2007 RSUP Haji

Adam Malik Medan

- ISOCA Tahun 2008 Jakarta

- MABI XVII Tahun 2008 Palembang


- 21st AAPS Congress 2008 Asian Association

of Pediatric Surgeons Tahun 2008, Bangkok Thailand

- Pertemuan Ilmiah Tahunan Ikatan Ahli

Bedah Indonesia XVII 2009 tahun 2009, Surabaya

- 4th International Surgical Seminar Tahun

2009 Kuala Lumpur, Malaysia

- Kursus Peri-Operative Critical Care tahun

2009 RSUP Dr. Sardjito, Yogyakarta

- Pelatihan Penelaah Etik Pada Penelitian

Kesehatan Dosen Pembimbing Karya Tulis Ilmiah Tahun 2010 Medan

- Pelatihan Item Development OSCE Tahun

2010, FK USU Medan

- Life Surgery Current Update on

Comprehensive Management of Pediatric and Neonatal Cases Tahun 2010

Bali

- Muktamar Ahli Bedah Indonesia (MABI XVIII)

Surgical Problem and Management in Geriatric Patients Tahun 2010

Manado Sulawesi Utara

- Pelatihan Penguji OSCE Tahun 2010 FK

USU Medan

- Pelatihan Stimulated Paatients Tahun 2010

FK USU Medan

- 22nd Biennial Congress of The Asian

Association of Paediatric Surgeons Tahun 2010 University of Malaya


- Workshop Nasional Penguji & Pelatih SP

OSCE UKDI Tahun 2011 Hotel Aryaduta Medan

- Symposium Transformation of Surgical

Technology Tahun 2011 Jakarta

- Lokakarya Nasional Penulisan Sial OSCE Uji

Kompetensi Dokter Indonesia Gelombang I Tahun 2012 tahun 2012

Yogyakarta

- Pelatih SP OSCE-Uji Kompetensi Dokter

Indonesia Tahun 2012 Medan

- Pelatihan Regional Pengembangan Soal

OSCE Kedokteran Gelombang 2 Tahun 2011 Yogyakarta

- Penanganan Terkini Pembedahan Bayi dan

Anak Tahun 2012 Banjarmasin

- USG Focused Abdominal Sonography for

Trauma (FAST) Tahun 2012 Jakarta

- MABI XIX Tahun 2012 Bali

- Kuliah Instruksional Bedah Anak Nasional I

Basic Knowledge in Pediatric Surgery RSUPN Ciptomangunkusomo

Jakarta

- Workshop Penguji OSCE Nasional Tahun

2013 FK USU Medan

- Simposium Pediatric Colorectal Update

Tahun 2013 Banda Aceh

- Pelatihan Penguatan Kompetensi Dosen

Penasehat Akademik (PA) dan Penilaian Hasil Belajar Angkatan II Tahun


2014 unit Pelayanan dan Pengembangan Pendidikan Universitas Sumatera

Utara Medan

- Pelatihan Pembekalan Dosen Muda dalam

Pembelajaran Tahun 2014 Unit pelayanan dan Pengembangan Pendidikan

Universitas Sumatera Utara Medan

- Lokakarya Menyiapkan Naskah untuk

Publikasi di Jurnal Nasional Terakreditasi/ Jurnal Internasional Bereputasi

Tahun 2014 FK USU

- The 39th Biennial World Congress of The

International College Surgeon Tahun 2014 Bali


PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS

Sebagai sivitas akademik Universitas Sumatera Utara, saya yang bertanda tangan di

bawah ini: Nama : IQBAL PAHLEVI ADEPUTRA NASUTION NIM : 098102013 Program Studi : Ilmu Kedokteran Jenis Karya : Disertasi Demi pengembangan Ilmu Pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada

Universitas Sumatera utara Hak Bebas Royalti Non-Eksklusif (Non-Exclusive Royalty Free Right) atas disertasi saya yang berjudul:

Deteksi Rotavirus dan Karakterisasi Gen Nonstruktural NSP4 Rotavirus

Sebagai Enterotoksin Virus Yang Menginduksi erjadinya Invaginasi Pada Anak

beserta perangkat yang ada (jika diperlukan), dengan Hak Bebas Royalti Non-Eksklusif ini Universitas Sumatera Utara berhak menyimpan, mengalih media/formatkan, mengelola dalam bentuk database, merawat dan mempublikasikan disertasi saya tanpa meminta izin dari saya sebagai penulis dan sebagai pemilik hak cipta.

Demikian pernyataan ini saya perbuat dengan sebenarnya Dibuat di Medan Pada tanggal 3 Desember 2014 Yang menyatakan

(Iqbal Pahlevi Adeputra Nasution)


LEMBAR PERNYATAAN ORISINALITAS

DETEKSI ROTAVIRUS DAN KARAKTERISASI GEN NONSTRUKTURAL NSP4 ROTAVIRUSSEBAGAI ENTEROTOXIN VIRUS YANG MENGINDUKSI

TERJADINYAINVAGINASI PADA ANAK

Dengan ini penulis menyatakan bahwa penulisan ujian tertutup ini disusun

sebagai syarat untuk memperoleh gelar Doktor pada Program Studi Doktor (S3) Ilmu

Kedokteran Universitas Sumatera Utara adalah benar merupakan hasil karya penulis

sendiri.

Adapun pengutipan-pengutipan yang penulis lakukan pada bagian-bagian

tertentu dari hasil karya orang lain dalam penulisan disertasi ini, telah penulis

cantumkan sumbernya secara jelas, sesuai norma, kaidah, dan etika penulisan

ilmiah.

Apabila dikemudian hari ternyata ditemukan seluruh atau sebagian disertasi

ini bukan hasil karya penulis sendiri atau adanya plagiat dalam bagian-bagian

tertentu, penulis bersedia menerima sanksi akademik dan sanksi-sanksi lainnya

sesuai dengan peraturan perundangan yang berlaku.

Medan, 03 Desember 2014

Penulis,

Iqbal Pahlevi Adeputra Nasution


RINGKASAN

Invaginasi yang terjadi pada bayi prematur, sering menimbulkan salah

diagnosa dengan Necrotizing Entero Colitis (NEC), sehingga menyebabkan salah

atau tertundanya didalam penanganan intervensi bedah (Jeffrey,2003). Invaginasi

adalah suatu keadaan dimana segmen usus masuk ke dalam segmen lainnya, yang

pada umumnya berakibat dengan terjadinya obstruksi ataupun strangulasi.

Invaginasi sering disebut juga sebagai intussusepsi. Umumnya bagian yang proximal

(intussuseptum) masuk ke bagian distal (intususepien) (Syamsuhidayat, 2005).

Rotavirus adalah virus berukuran sedang dengan genom RNA untai ganda

bersegmen. Rotavirus merupakan penyebab salah satu gastroenteritis pada anak

kecil yang terpenting di seluruh dunia. Khasnya sampai 50% kasus gastroenteritis

akut pada anak yang dirawat di seluruh dunia disebabkan rotavirus.

NSP4, dikodekan oleh gen segmen 10, merupakan protein dengan 175 asam

amino, multifungsi dan banyak fungsi NSP4 telah dipetakan ke domain yang

berbeda dalam protein (Gambar 17). NSP4 sangat penting untuk replikasi,

transkripsi, dan morfogenesis rotavirus namun bagaimana NSP4 kontribusi untuk

proses tersebut masih kurang dipahami. Kemampuan NSP4 berinteraksi secara

berbeda dengan beberapa protein virus dan seluler protein, termasuk calnexin,

laminin-3, fibronektin, caveolin, domain integrin, dan tubulin (Hu et al, 2013). NSP4

disintesis sebagai glikoprotein transmembran retikulum endoplasma (RE) dan terdiri

dari tiga domain hidrofobik (H1-H3) dengan dua situs glikosilasi mannose N-linked

berorientasi ke sisi luminal RE di H1 domain, domain transmembran H2 dan

berfungsi sebagai urutan sinyal untuk tidak memecah, domain viroporin dibentuk


oleh sekelompok residu bermuatan positif dan amphipathic α-helix (H3) diikuti oleh

domain sitoplasmik yang mengandung daerah melingkar-coil dan C-terminus. Relatif

sedikit yang diketahui tentang N-terminus, mungkin karena bersifat hidrofobik (Groft

et al, 2002).

Penularan rotavirus adalah melalui feses yang mengering dan disebarkan

melalui udara. Rotavirus menginfeksi sel pada vili usus halus. Virus ini bermultiplikasi

didalam sitoplasma enterosit dan merusak mekanisme transport. Salah satu protein

yang dikode rotavirus yaitu NSP4 yang merupakan suatu enterotoksin virus dan

merangsang sekresi dengan memicu suatu sinyal jalan pintas trasnduksi. Sel yang

rusak dapat pecah kedalam lumen usus dan melepaskan banyak virus yang terlihat

di feces (Jawetz, 2005; Mulcahy, 1982). Ekskresi virus biasanya berakhir 2-12 hari

dengan kata lain pasien sehat, tetapi bisa berkepanjangan pada pasien dengan

nutrisi buruk (Jawetz, 2005).

Pengobatan gastroenteritis adalah pengobatan suportif untuk mengoreksi

kehilangan cairan dan elektrolit yang dapat menyebabkan dehidrasi, asidosis, syok

dan kematian. Penatalaksanaan terdiri dari penggantian cairan, pengembalian

keseimbangan elektrolit baik secara intravena maupun oral, bila memungkinkan.

Berdasarkan cara penularan melalui rute oral fekal pengolahan limbah cair dan

sanitasi merupakan tindakan pengendalian yang penting. Pembuatan vaksin yang

aman dan efektif sangat diharapkan untuk mengurangi penyakit yang ditimbulkan

oleh rotavirus (Tanod, 2011).

Rancangan penelitian ini adalah observasional dengan jenis penelitian

analitik yang akan menilai hubungan antara Rotavirus dengan terjadinya invaginasi


pada anak. Pendekatan yang digunakan pada rancangan penelitian ini adalah Cross

Sectional Study.

Penelitian ini merupakan penelitian crosssectional atau studi potong lintang,

yang dilakukan pada pasien anak dengan suspek invaginasi dibandingkan pasien

anak dengan diare. Penelitian ini merupakan penelitian crosssectional atau studi

potong lintang, yang dilakukan pada pasien anak dengan suspek invaginasi

dibandingkan pasien anak dengan diare. Penelitian crossectional sering disebut juga

dengan penelitian transversal karena variabel bebas (faktor risiko) dan variabel

tergantung (efek) diobservasi hanya sekali pada saat yang sama. Variabel bebas

adalah rotavirus, Variabel tergantung adalah invaginasi. Parameter yang diukur

adalah jenis kelamin, usia, status gizi, suku.

Penelitian dilakukan sejak Oktober 2013 hingga Maret 2014 dengan tempat

penelitian Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

Laboratorium Sequencing Division, Macrogen Inc World Meridian Venture Centre

10F Seoul, Republic of Korea.

Penelitian ini diikuti oleh 55 pasien anak yang telah memenuhi kriteria inklusi

yaitu pasien dengan usia 1 bulan – 3 tahun, anak yang secara klinis dinilai sebagai

suspek invaginasi dan anak dengan diare. Karakteristik responden yang dilihat yaitu

jenis kelamin, usia responden, nilai status gizi yang meliputi status gizi baik, status

gizi kurang dan status gizi lebih, karakteristik yang lain yaitu suku. Pada responden

dilihat juga mengenai riwayat diare dan jenis invaginasi.

Adapun hasil penelitian Jumlah anak laki-laki sebanyak 38 orang (69,1%)

sedangkan anak perempuan 17 orang (30,9%). Kebanyakan pasien anak dengan


gizi baik sebanyak 28 orang (50,9%) dan sukku terbanyak adalah suku Batak

sebanyak 22 orang (40%), usia responden rerata pada usia 6.6 bulan.

Dari hasil analisis menggunakan uji chi square ditemukan hubungan yang

signifikan antara status gizi dengan terjadinya invaginasi pada pasien anak

(p=0,034). Nilai OR yang diperoleh adalah 1,542 (95% IK 1,074 – 2,214) yang

menunjukkan bahwa anak-anak dengan gizi lebih berisiko akan mengalami

invaginasi 1,542 kali dibandingkan anak-anak dengan status gizi kurang dan baik.

Sebanyak 83,3% anak gizi lebih mengalami invaginasi sedangkan pada anak-anak

dengan status gizi baik dan kurang hanya 54,1% yang mengalami invaginasi. Hasil

analisis chi square menunjukkan bahwa tidak ditemukan hubungan antara jenis

kelamin dan suku terhadap terjadinya invaginasi (p>0,05).

Dari hasil analisis menggunakan uji Fisher’s exact ditemukan hubungan yang

signifikan antara suku dengan terjadinya invaginasi pada pasien anak (p=0,049).

Nilai OR yang diperoleh adalah 1,357 (95% IK 1,037 – 1,776) yang menunjukkan

bahwa anak-anak dengan suku Batak berisiko akan mengalami invaginasi tipe ileum

1,357 kali dibandingkan anak-anak yang tidak bersuku Batak. Seluruh anak bersuku

Batak memiliki invaginasi tipe ileum sementara anak yang tidak bersuku Batak

memiliki invaginasi tipe ileum sebanyak 73,7%.Hasil analisis Fisher’s exact

menunjukkan bahwa tidak ditemukan hubungan antara jenis kelamin dan status gizi

terhadap tipe invaginasi (p>0,05).

Dengan menggunakan uji T independent diketahui terdapat hubungan yang

signifikan antara kadar neutrofil dan terjadinya invaginasi (p=0,0001). Rerata kadar

neutrofil pada anak dengan invaginasi jauh lebih tinggi (79,03) dibanding anak-anak

dengan diare/tanpa invaginasi (56,55). Rerata anak dengan invaginasi dan tanpa


invaginasi tidak jauh berbeda (p=0,752) dimana pada anak dengan invaginasi reata

usia adalah 6,74 bulan dan tanpa invaginasi adalah 6,36 bulan.

Dengan menggunakan uji Fisher’s exact tidak ditemukan hubungan yang

signifikan antara keberadaan rotavirus dalam feses terhadap tipe invaginasi

(p=0,640). Sebanyak 82,1% anak dengan rotavirus mengalami invaginasi tipe ileum

sedangkan pada anak yang tidak ditemukan rotavirus kejadian inaginasi tipe ileum

terjadi pada 91,7% anak.


SUMMARY

Intususeption occurs in premature infants, often leading to misdiagnosis with

Necrotizing Entero Colitis (NEC), this caused delay in the handling of surgical

intervention (Jeffrey, 2003). Intussuception is a condition in which intestinal segments

are into the other segments, which generally result in the obstruction or strangulation.

Generally the proximal part (intussuseptum) into the distal portion (intususepien)

(Syamsuhidayat, 2005).

Rotavirus is a medium size virus with segmented double-stranded RNA

genome. Rotavirus is one of the most important causes of gastroenteritis in young

children in the whole world. Typically, up to 50% of acute gastroenteritis in children

treated worldwide are due to rotavirus.

NSP4 encoded by the segment 10 gene is a protein with 175 amino acids. It

is multifunctional and has many functions mapped to different domains in the protein.

NSP4 is essential for the replication, transcription, and morphogenesis of rotavirus

but how NSP4 contribute to the process is still poorly understood. NSP4 has the

ability to interact differently with some viral proteins and cellular proteins, including

calnexin, laminin-3, fibronectin, Caveolin, integrin domains, and tubulin (Hu et al,

2013). NSP4 is synthesized as a endoplasmic reticulum (ER) transmembrane

glycoprotein and consisted of three hydrophobic (H1-H3) domains of with two sites of

N-linked glycosylation mannose oriented to the luminal side of the ER in the domain

H1, H2 and the transmembrane domain serves as a signal sequence to not break

down, viroporin domain formed by a group of positively charged residues and

amphipathic α-helix (H3) followed by a cytoplasmic domain containing coiled-coil


region and the C-terminus. Relatively little is known about the N-terminus, perhaps

because of its hydrophobia (Groft et al, 2002).

Transmission of rotavirus is through dried feces and spread through the air.

Rotavirus infects cells in the small intestine villi. The virus multiplies in the cytoplasm

of enterocytes and damages the transport mechanism. One of the proteins encoding

rotavirus is NSP4 which is a viral enterotoxin which stimulates secretion by triggering

a signal shortcut trasnduction. Damaged cells may ruptured into the lumen of the

intestine and release a lot of viruses seen in the stool (Jawetz, 2005; Mulcahy, 1982).

Virus excretion usually ends in 2-12 days in a healthy patient, but may be prolonged

in patients with poor nutrition (Jawetz, 2005).

Treatment of gastroenteritis is a supportive treatment for correcting the lost of

fluid and electrolytes that may lead to dehydration, acidosis, shock and death.

Management consists of replacement of fluidand electrolytes either intravenously or

orally, if possible. Based on the mode of transmission through the oral-faecal route

wastewater treatment and sanitation is an important control measures. Manufacture

of safe and effective vaccines are expected to reduce diseases caused by rotavirus

(Tanod, 2011).

The design of this study was observational analytic study types that will

assess the relationship between Rotavirus with the invagination in children. The

approach used in this study design was a cross sectional study.

This study is a cross-sectional study conducted in pediatric patients with

suspected invagination compared to pediatric patients with diarrhea. Cross-sectional

study is often referred to as transversal research as independent variables (risk

factors) and dependent variable (effect) are observed only once at the same time.


The independent variable is rotavirus, dependent variable is the invagination.

Parameters measured were sex, age, nutritional status and ethnicity.

The study was conducted from October 2013 to March 2014 with an

Integrated study with Laboratory of the Faculty of Medicine, University of North

Sumatra and Sequencing laboratory Division, Macrogen Inc. World Meridian Venture

Center 10F Seoul, Republic of Korea.

This study was followed by 55 pediatric patients who have met the inclusion

criteria such as age 1 month old - 3 years old, children who are suspected to suffered

from invagination and children with diarrhea. Characteristics of respondents valued

are gender, age, nutritional status and tribe. Also the history of diarrhea and type of

invagination.

The research resulted in 38 boys (69.1%) and 17 girls (30.9%). Twenty eight

patients (50.9%) are children with good nutritional status and the major ethnics is

Bataknese as muc as 22 people (40%), the average age of the respondents is 6.6

months.

Analysis using chi square test found a significant relationship between

nutritional status and invagination in pediatric patients (p = 0.034). OR value obtained

was 1.542 (95% CI 1.074 to 2.214), which showed that children with more nutritional

risk will have 1,542 higher chance of invagination compared to malnourished and wel

nourished children. A total of 83.3% of overnourished children experienced

invagination while in well nourished and malnourished children only 54.1%

experienced invagination. Chi square analysis result indicates no relationship

between gender and tribe with invagination (p> 0.05).


From the analysis using Fisher's exact test found a significant relationship

between the rate of invagination in pediatric patients (p = 0.049). OR value obtained

was 1.357 (95% CI 1.037 to 1.776), which showed that Bataknese children will

experience ileal invagination type1.357 times higher compared to children who are

not Bataknese. All Bataknese children suffered from ileal invagination type while only

73.7% non Bataknese children suffered from ileal invagination type. The Fisher's

exact analysis shows no relationship between gender and nutritional status with type

of invagination (p> 0.05).

By using independent T test found that there is a significant correlation

between the levels of neutrophils and the occurrence of invagination (p = 0.0001).

The mean level of neutrophils in children with invagination is much higher (79.03)

than children with diarrhea / without invagination (56.55). the mean of children with

and without invagination invagination not much different (p = 0.752) whereas in

children with invagination the mean age was 6.74 months and without invagination

was 6.36 months.

Fisher's exact shows no significant correlation between the presence of

rotavirus in the feces and the type of invagination (p = 0.640). A total of 82.1% of

children with rotavirus experience ileal type invagination whereas 97.1% children with

no rotavirus found on their suffered from ileal type invagination.


ABSTRAK

Latar Belakang

Invaginasi adalah suatu penyakit pada anak yang memerlukan tindakan

emergensi. Faktor-faktor yang dihubungkan dengan terjadinya invaginasi selama ini

belum dapat ditentukan secara pasti karena 95% penyebab terjadinya invaginasi

tidak diketahui (idiopatik), 5% karena kausal dan rotavirus diperkirakan sebagai salah

satu faktor risiko terjadinya invaginasi.

Tujuan

Untuk mengetahui perbedaan peranan protein nonstruktual NSP4 rotavirus

pada kelompok pasien dengan invaginasi dan pada kelompok pasien dengan diare.

Metode

Setelah mendapatkan persetujuan dari Komite Etik Fakultas Kedokteran

USU, kepada orangtua pasien diberikan penjelasan terperinci tentang tujuan/manfaat

penelitian, dan diberikan lembar persetujuan penelitian. Dilakukan pemeriksaan

feses pada kelompok pasien dengan invaginasi dan kelompok pasien dengan diare.

Sampel feses daiperiksa di laboratorium dengan metode PCR untuk menentukan

apakah pada feses terdapat rotavirus, setelah itu dilakukan Sequencing terhadap

protein rotavirus yang positif.

Hasil Berdasarkan Jumlah anak laki-laki sebanyak 69,1% sedangkan anak perempuan

30,9%. Kebanyakan pasien anak dengan gizi baik sebanyak 50,9% dan suku terbanyak

adalah suku Batak 40%, usia responden rerata pada usia 6.6 bulan. Dari hasil analisis

menggunakan uji chi square ditemukan hubungan yang signifikan antara status gizi dengan

terjadinya invaginasi pada pasien anak (p=0,034. Nilai OR yang diperoleh adalah 1,542

(95% IK 1,074 – 2,214). Dari hasil analisis menggunakan uji Fisher’s exact ditemukan

hubungan yang signifikan antara suku dengan terjadinya invaginasi pada pasien anak

(p=0,049). Nilai OR yang diperoleh adalah 1,357 (95% IK 1,037 – 1,776). Menggunakan uji

chi square ditemukan hubungan yang signifikan keberadaan rotavirus dalam feses terhadap

kejadian invaginasi (p=0,004) dengan nilai OR 1,848 (95% IK 1,172 – 2,915). Dengan

menggunakan uji Fisher’s exact tidak ditemukan hubungan yang signifikan antara

keberadaan rotavirus dalam feses terhadap tipe invaginasi (p=0,640).


ABSTRACT

Background Invagination is a disease in children which require emergency action. Factors

associated with the occurrence of invagination during this time can not be determined

exactly because 95% of the cause of invagination is unknown (idiopathic) another 5%

is caused by rotavirus as one of the risk factors for invagination.

Objective

To determine the differences of the role of non structural protein (NSP4)

rotavirus in the group of patients with invagination and the group of patients with

diarrhea.

Methods

After obtaining approval from the Ethics Committee of the Faculty of

Medicine, North Sumatera University, the parents of the patients were given a

detailed explanation of the purpose/benefits of research, and research consent form.

Stool examination in patients with invagination and diarrhea were performed. Fecal

samples are then examined in the laboratory by PCR to determine the presence of

rotavirus on the stool, after that, sequencing of the positive rotavirus proteins is

performed.

Results

Based on the amount, there are as much as boys as 69.1%, while the other

30.9% are girls. About 50.9% of the patients are well nourished and the highest rate

is 40% of the Batak tribe, the average age of the respondents are 6.6 months.

Analysis using chi square test has found a significant association between nutritional

status and occurrence of invagination in pediatric patients (p = 0.034. Value OR

obtained was 1.542 (95% CI 1.074 to 2.214). From the analysis using Fisher's exact

test discovered a significant value between tribes and invagination in pediatric

patients (p = 0.049). Values obtained is OR 1.357 (95% CI 1.037 to 1.776). Using the

chi-square test, a significant relationship is obtained between the presence of


rotavirus in feces and invagination (p = 0.004) with OR 1.848 (95% CI 1.172 to

2.915). By using the Fisher's exact test, there is no significant association between

the presence of rotavirus in the feces and the type of invagination (p = 0.640).


DAFTAR ISI

Halaman

SAMPUL DEPAN

SAMPUL DALAM....................................................................................................... ii

LEMBAR PRASYARAT GELAR................................................................................. iii

LEMBAR PROMOTOR DAN CO-PROMOTOR.......................................................... iv

LEMBAR PERSETUJUAN.......................................................................................... v

LEMBAR PENGUJI..................................................................................................... vi

UCAPAN TERIMA KASIH........................................................................................... viii

DAFTAR RIWAYAT HIDUP........................................................................................ xii

PERSETUJUAN PUBLIKASI...................................................................................... xvii

PERNYATAAN ORISINALITAS................................................................................. xviii

RINGKASAN............................................................................................................... xix

SUMMARY.................................................................................................................. xxiv

ABSTRAK.................................................................................................................... xxviii

ABSTRACT................................................................................................................. xxix

DAFTAR ISI................................................................................................................ xxx

DAFTAR TABEL ......................................................................................... xxxiii

DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ xxxiv

DAFTAR SINGKATAN .................................................................................... xxxv

BAB I PENDAHULUAN .............................................................................. .. 1

1.1. Latar Belakang ................................................................................. 1

1.2. Rumusan Masalah ........................................................................... 7

1.3. Pertanyaan Penelitian ...................................................................... 7

1.4. Hipotesis Penelitian .......................................................................... 7

1.5. Tujuan Penelitian ............................................................................... 8

1.6. Manfaat Penelitian ............................................................................ 8

1.7. HAKI (Hak Atas Kekayaan Ilmiah) ........................................... ....... .. 9


BAB II TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................ 11

2.1. Invaginasi ........................................................................................ 11

2.1.1. Defenisi Invaginasi .......................................................... 11

2.1.2. Insidensi Invaginasi ......................................................... 11

2.1.3. Etiologi Invaginasi ............................................................ 12

2.1.4. Jenis Invaginasi ............................................................... 13

2.1.5. Patologi ........................................................................... 14

2.1.6. Gambaran Klinis .............................................................. 16

2.1.7. Diagnosis ......................................................................... 19

2.1.7.1. Diagnosis Klinis .......................................................... 19

2.1.7.2. Diagnosis Penunjang ................................................ 20

2.1.7.3. Diagnosis Banding ..................................................... 23

2.1.8. Penatalaksanaan ............................................................. 23

2.1.7. Komplikasi ....................................................................... 29

2.2. Hubungan Protein Enterotoksin NSP4 dengan Kasus Invaginasi Pada

anak ............................................................................................... 29

2.3. Rotavirus ......................................................................................... 31

2.3.1. Defenisi Rotavirus ........................................................... 31

2.3.2. Epidemiologi Rotavirus .................................................... 32

2.3.3. Klasifikasi Rotavirus ........................................................ 33

2.3.4. Struktur dan Komposisi Rotavirus ................................... 35

2.3.4.1. Non Struktural Protein/NSP ....................................... 40

2.3.4.2. Viral Protein ............................................................... 43

2.3.4.3. Perlekatan dan Replikasi Rotavirus .......................... 45

2.3.5. Sistem Imunitas ............................................................... 48

2.3.6. Patogenesis ..................................................................... 49

2.3.7. Temuan Klinis dan Diagnosis laboratorium ..................... 52

2.3.8. Pengobatan ..................................................................... 53

2.4. Diare ................................................................................................ 53

2.5. Uji PCR dan DNA Skuensing ........................................................... 54


2.5.1. Uji PCR ............................................................................ 54

2.5.2. DNA Skuensing ............................................................... 56

2.6. Kerangka Teori ................................................................................ 58

2.7. Kerangka Konsep ............................................................................ 59

BAB III METODE PENELITIAN .......................................................................... 64

3.1. Jenis dan Rancangan Penelitian .................................................... 64

3.2. Waktu dan Tempat Penelitian ........................................................ 64

3.3. Populasi dan Sampel Penelitian .................................................... 65

3.4. Variabel Penelitian ......................................................................... 65

3.5. Alur Penelitian ................................................................................ 66

3.6. Prosedur Penelitian ........................................................................ 66

3.6.1. Kriteria Inklusi .................................................................. 66

3.6.2. Kriteria Eksklusi ............................................................... 67

3.6.3. Demografi Responden ..................................................... 67

3.7. Karakteristik Protein NSP4 ............................................................... 67

3.7.1. Etik Penelitian .................................................................. 67

3.7.2. Sampel Klinis ................................................................... 68

3.7.3. Pengolahan Data ............................................................. 74

3.7.3.1. Analisis Statistik ........................................................ 75

BAB IV HASIL PENELITIAN .............................................................................. 78

4.1. Demografi responden .........................................................................78

4.2. Hasil Analisis Bivariat .........................................................................80

4.3. Hasil Analisis Multivariat .....................................................................83

BAB V PEMBAHASAN ....................................................................................... 98

BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN ................................................................. 107


6.1. Kesimpulan .................................................................................... 107

6.2. Saran .............................................................................................. 112

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 114

LAMPIRAN ........................................................................................................ 130

1. ........................................................................................................... INF

ORM CONSENT .............................................................................. 130

2. ........................................................................................................... SUR

AT IZIN PENELITIAN KE LAB TERPADU FK USU ......................... 134

3. ........................................................................................................... SUR

AT KETERANGAN TELAH MELAKSANAKAN PENELITIAN DI LAB

TERPADU FK USU .......................................................................... 135

4. ........................................................................................................... SUR

AT PERSETUJUAN KOMISI ETIK TENTANG PELAAKSANAAN

PENELITIAN BIDANG KESEHATAN ............................................... 136

5. ........................................................................................................... ANA

LISIS DATA ...................................................................................... 137

6. ........................................................................................................... DOK

UMENTASI PENELITIAN ................................................................ 194

7. ........................................................................................................... HASI

L PROGRAM SEKUNS SCANNER .................................................. 199

8. ........................................................................................................... BUK

TI JURNAL INTERNASIONAL ......................................................... 217

9. ........................................................................................................... KET

ERANGAN PRESENTASI FREE PAPER ........................................ 230

10. ......................................................................................................... SER

TIFIKAT FREE PAPER .................................................................... 231


DAFTAR TABEL

Tabel 1.1 Standar Antropometri WHO 2005 ........................................................ 63

Tabel 2.1 RT PCR dan Sekuensi Primer ............................................................. 73 ........................................................................................................

Tabel 4.1.1 Karakteristik Responden ................................................................... 78

Tabel 4.1.2 Analisis Deskriptif Usia Responden ................................................... 79

Tabel 4.1.3 Distribusi frekuensi Responden dengan Riwayat Diare ..................... 79

Tabel 4.1.4 Distribusi Frekuensi Responden dengan Invaginasi .......................... 79

Tabel 4.1.5 Distribusi Frekuensi Tipe invaginasi .................................................. 79

Tabel 4.1.6. Distribusi Frekuensu Responden dengan Invaginasi........................ 80

Tabel 4.1.7. Distribusi Frekuensi Tipe Invaginasi ................................................. 80

Tabel 4.2.1. Hubungan Karakteristik Invaginasi ................................................... 81

Tabel 4.2.2. Hubungan Rotavirus dan Invaginasi ................................................. 82

Tabel 4.2.3. Hubungan Usia dan Kadar Neutrofil terhadap Terjadinya Invaginasi 82

Tabel 4.2.4. Hubungan NSP4 dan Invaginasi ...................................................... 83

Tabel 4.3.1. Analisis Regresi Logistik Berganda Faktor-Faktor yang berpengaruh terhadap Terjadinya Invaginasi ....................................................... 84

Tabel 4.3.2. Nilai Diagnostik Neutrofil untuk Memprediksi Terjadinya Invaginasi dengan Kurva ROC ......................................................................... 86

Tabel 4.3.3. Hubungan Rotavirus dan Tipe Invaginasi ......................................... 87

Tabel 4.3.4. Hubungan Karakteristik dan Tipe Invaginasi .................................... 87

Tabel 4.3.5. Hubungan Usia dan Kadar Neutrofil dengan Tipe Invaginasi ........... 88

Tabel 4.3.6. Hubungan NSP4 dengan Tipe Invaginasi ......................................... 88

Tabel 4.9. Hubungan Rotavirus dengan NSP4..................................................... 89


DAFTAR GAMBAR

Gambar 1 Intussusepsi Usus Halus ..................................................................... 11

Gambar 2 Gambaran Invaginasi .......................................................................... 14

Gambar 3 Invaginasi tipe Ileocaecal .................................................................... 15

Gambar 4 Usus yang rusak dan perforasi ............................................................ 15

Gambar 5 Usus yang rusak .................................................................................. 18

Gambar 6 Foto Polos Abdomen ........................................................................... 20

Gambar 7 Foto Polos Abdomen ........................................................................... 21

Gambar 8 Barium Enema ..................................................................................... 21

Gambar 9 Barium Enema ..................................................................................... 22

Gambar 10 Gambaran USG Abdomen ................................................................ 22

Gambar 11 Usus yang sudah rusak ..................................................................... 27

Gambar 12 Milking Prosedur .............................................................................. . 29

Gambar 13 Komponen Virion………………………………......... ........................... 36

Gambar 14 Virion rotavirus………………………………......... ............................... 36

Gambar 15 Genome Rotavirus………………………………......... ......................... 38

Gambar 16 Kode Gen………………………………......... ...................................... 38

Gambar 17 Struktur Intivirus………………………………......... ............................. 39

Gambar 18 Siklus Replikasi………………………………......... .............................. 46

Gambar 4.3.1 Kurva ROC dari Kadar Neutrofil untuk Memprediksi invaginasi..... 85

Gambar 4.3.2 Kurva Sensitivitas dan Spesifisitas.Neutrofil terhadap invaginasi .. 86

Gambar 4.5.1 Hasil deteksi rotavirus A ................................................................ 91

Gambar 4.6.1 Hasil PCR gen NSP 4 .................................................................... 92

Gambar 19 Pohon Filogenetik .............................................................................. 93

Gambar 20 Homologi sekuen DNA gen NSP4 ..................................................... 94

Gambar 21 Pohon filogenetik ............................................................................... 95

Gambar 22 Homologi sekuen asam amino .......................................................... 95

Gambar 23 Alignmen sekuen asam amino protein NSP4 .................................... 96


DAFTAR SINGKATAN

CDC : Centres for Disease Control

GsPs : Genotype s Phenotype s

kDa : kilo Dalton

NCHS :National Centre for Health Statistics

NEC : Necrotizing Enterocolitis

NSP4 : Nonstruktural Protein 4

PCR : Polymerase Chain Reaction

PLC- IP3 : Phospolipase C- inositol 1,3 Triphosphat

RNA : Ribonucleic Acid

RT-PCR : Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction

VPs : Viral Protein s

WHO :World Health Organization


deteksi rotavirus dan karakterisasi gen protein nonstruktural (nsp4)

Documents

Transcript of deteksi rotavirus dan karakterisasi gen protein nonstruktural (nsp4)