Aplikasi Hidden Markov Model

18
L E D O M N A I J A K N E D D I H V O K R A M T E R K S I D R E N I B A R A M T I R O G L A N A G N E D A N D A D A P A Y N I S A K I L P A N A D

description

Powerpoint seminar: Aplikasi model hidden markov pada DNA

Transcript of Aplikasi Hidden Markov Model

Page 1: Aplikasi Hidden Markov Model

LEDOM NAIJAK NEDDIH VOKRAM TERKSID

RENIBAR AMTIROGLA NAGNED

AND ADAP AYNISAKILPA NAD

Page 2: Aplikasi Hidden Markov Model

rataL gnakaleB

halasaM laeR( imonokE , igoloiB ,

kinkeT bsd ).nagneD iric

kutnebmem utausnasirab etats gnay

kadit itamaret neddih( ,)etats q=Q 1 q , 2 ,…, qN. ,

nad ihuragnepmemnasirab etats gnayitamaret elbavresbo(

,)etats v=V 1 v , 2 ,… , vM.Q kutnebmem iatnar

vokram V . terksid .

gnay retemaraPnakulrepid :

• N , aynkaynab neddih etats malad .ledom

• M , aynkaynab lobmisisavresbo gnay adebreb

adap paites etats .• A { = a ji } nagned

a ji (P= q 1+t j= |qt = i)• B { = bj(k ,}) nagned bj(k )

(P = vk adap utkaw t|qt=j)

• {= I ,} i (P= q1 = i ,)utiay gnaulep adappahat lawa adarebmalad etats i.

kitsiretkaraK ledoM neddiH vokraM terksiD

( = ,B,A .)

halasaM laeR( imonokE , igoloiB ,

kinkeT bsd ).nagneD iric

kutnebmem utausnasirab etats gnay

kadit itamaret neddih( ,)etats q=Q 1 q , 2 ,…, qN. ,

nad ihuragnepmemnasirab etats gnayitamaret elbavresbo(

,)etats v=V 1 v , 2 ,… , vM.Q kutnebmem iatnar

vokram V . terksid .

gnay retemaraPnakulrepid :

• N , aynkaynab neddih etats malad .ledom

• M , aynkaynab lobmisisavresbo gnay adebreb

adap paites etats .• A { = a ji } nagned

a ji (P= q 1+t j= |qt = i)• B { = bj(k ,}) nagned bj(k )

(P = vk adap utkaw t|qt=j)

• {= I ,} i (P= q1 = i ,)utiay gnaulep adappahat lawa adarebmalad etats i.

kitsiretkaraK ledoM neddiH vokraM terksiD

( = ,B,A .)

Page 3: Aplikasi Hidden Markov Model

hotnoC sesorP neddiH vokraM terksiDtapadreT N kukgnam raseb gnay isiret alob adebreb anraw . adAkaynabes M anraw alob gnay adebreb . aynlawA hilipid haubeskukgnam araces ,kaca ulal hilipid alob araces kaca irad kukgnam

gnay hilipret nad ayntujnales tatacid iagabes natamagnep . aloBnakilabmekid ek kukgnam gnay alumes . ilabmeK hilipid kukgnam

araces kaca nad hilipid alob malad kukgnam ,tubesret naikimedsuret sesorp ,nalajreb nad alob gnay libmaret tatacid iagabes

nasirab natamagnep gnay etinif irad anraw - anraw alob gnay nakaatik nakledom iagabes lisah natamagnep irad MMH .

Page 4: Aplikasi Hidden Markov Model

ledoM adap rasaD halasaM agiT neddiH :vokraM

nasirab gnaulep gnutihgnem anamiagaB?ledom helo nakirebid gnay isavresbo

nasirab nakirebiD O =O 1 O , 2 O ,.. , T . ledom helo naktikgnabid gnay ,B ,A( = .nasirab malad isavresbo aynkaynab T .)

nasirab hilimem anamiagaB etats gnilap gnay? ledom nagned kococ

naagudnep nakutnenem atik anamiagaB|O(P naklamiskamem kutnu ledom retemarap ?)

Page 5: Aplikasi Hidden Markov Model

rasad halasam 3 irad isuloS MMHrenibaR amtiroglA nagned

ledoM vokraM neddiH

terksiD

,B,A( = )

drawroF amtiroglA - drawkcaB

|O(P gnaulep utiay ,) nasirab aynlucnum O =

O1 O , 2 O ,.. , T.

kiabret nasirab irad etats - etats

ledom

ledoM vokraM neddiH

terksiD

,B,A( = )

amtiroglAibretiV

amtiroglAmuaB - hcleW

er - noitamitser

kiabret nasirab irad etats - etats

ledom

naagudnepretemarap - retemarap

MMH

Page 6: Aplikasi Hidden Markov Model

.1 halasam kutnu isuloSdrawroF amtiroglA - drawkcaB

utaus kutnU ,B,A( = |O(P gnutihgnem atik anamiagab ,utnetret) utiay ,)O =O nasirab aynlucnum gnaulep 1 O , 2 O ,.. , T q=Qnakpatetid gnay etats nasiraB . 1 ,

q2 q ,… , T |O(P ialin ,taraysreb gnaulep hadiak nakrasadreB . naksumurid tapad ):iagabes

Page 7: Aplikasi Hidden Markov Model

adaP amtirogla ini nakisinifedid utaus lobmys ,urabt ,)i( utiay gnaulep nasirab isavresbo O +t 1, O +t 2, …, OT,

akij etats adap edoirep t halada Si. habueP drawkcabnaksumurid iagabes

Page 8: Aplikasi Hidden Markov Model

adap nagnutihrep isartsulIiskudni pahat

Page 9: Aplikasi Hidden Markov Model

isuloS kutnu halasam 2.adaP halasam ini atik naka hilimem nasirab irad etats =Q q1,

q2, …, qT, aggnihes |Q,O(P ) utiay gnaulep amasreb tnioj()ytilibaborp irad nasirab etats Q nagned nasirabnatamagnep O halada mumiskam . uatA nagned atak nial

iracnem Q gnay naklamiskamem |Q,O(P ).amtiroglA ibretiV ,renibaR( 9891 )

atiK nakisinifed :

Page 10: Aplikasi Hidden Markov Model

iagabeS nanikgnumek gnay gnilap kiab kutnunaiakgnar natamagnep laisrap .amtiroglA ibretiV halada iagabes tukireb :

Page 11: Aplikasi Hidden Markov Model

ijakgneM ledoM neddiH vokraMterksiD = ,B,A( )nagned amtiroglA renibaR

rutkurtS naturu asab negortinadap iretkab muibozihR

murasonimugel eaiciv.vb)/vog.mln.ibcn.www:ptth(

nakisakilpA LEDOM NEDDIH

VOKRAM TERKSID NAGNED

AMTIROGLA RENIBAR

NAD AYNISAKILPA

AND ADAP

rutkurtS naturu asab negortinadap iretkab muibozihR

murasonimugel eaiciv.vb)/vog.mln.ibcn.www:ptth(

gnauleP aynlucnum nasirab asabaditoelkun adap .AND

nasiraB kiabret irad etats - etats ledomasab aditoelkun adap .AND

naagudneP ledom retemarap nasirabasab aditoelkun adap AND

namargormeP70 acitamehtaM

LEDOM NEDDIH

VOKRAM TERKSID NAGNED

AMTIROGLA RENIBAR

NAD AYNISAKILPA

AND ADAP

Page 12: Aplikasi Hidden Markov Model

ANDD , dicA cielcuNobiryxoe

.taelkunobiriskoed masA gnay taelkun masa sinejes halada AND

nusuynep amatu lukelumoib gnologret .emsinagro paites gnirek tareb

id katelret aynmumu AND ,les malad iD .les itni malad

iagabes les haubes malad id narepreb AND napmiynem AND ,aynitra ,kiteneg iretam

nad les sativitka alages igab urib katec .tafis nurunep isnatsbus nakapurem

D , dicA cielcuNobiryxoe.taelkunobiriskoed masA

gnay taelkun masa sinejes halada AND nusuynep amatu lukelumoib gnologret

.emsinagro paites gnirek tareb id katelret aynmumu AND ,les malad iD

.les itni malad iagabes les haubes malad id narepreb AND napmiynem AND ,aynitra ,kiteneg iretam

nad les sativitka alages igab urib katec .tafis nurunep isnatsbus nakapurem

Page 13: Aplikasi Hidden Markov Model

AND RUTKURTS . iatnar kutnebmem nelavok araces natakireb gnay aditoelkun epit 4 irad kutnebret AND

asab ayntakelem tapmet tafsof alug gnuggnup gnalut nagned )AND iatnar( aditoelkunilop -asab aratna negordih nataki iulalem natakireb gnilas aditoelkunilop iatnar auD .asab - asab

malad id adareb asab aumeS .adebreb gnay iatnar irad negortin xileh elbuod gnalut nad nagnasapreb ulales )ninauG nad ninedA( niruP .raul naigab id adareb tafsof alug gnuggnup

.)nimiT nad nisotiS( nidimirip nagned

Page 14: Aplikasi Hidden Markov Model

asaB - :tukireb iagabes halada ,eaiciV.vb murasonimugel muibozihR iretkab adap aditoelkun asab

1 gctataaccg tactggagca ctactgcgcc cgcggaccgc acgcctagcc cgcccggctg16 agtcgagaag gccgcccagt gcggccggtc gctgtagacg tagtccgaaa ctagtccgcc121 cgcctagcag tacgctaccg cagcagtaac acatccagtc aggctgtcta acggacgaga181 cctaccgcgc gcgtcaagct cgcccggtcc cccggcagtc agcgctggtt cggctaaagc142 actcaagtag ggctagaaca ctaaaggagc ccatcaggaa tcttatagct cgcactcctc103 cctacgcctg tgctaccaga aagcaggaac gccgctcttc agcagggcct gcacggcttg163 acgctgcgcc tgctagagcc cggcggtagc ggtaaagctc aggagcagca tcgctagtcc124 acaggagcgc cactgctggt tacgctctgc atatcggctc tgcgcgaact ccactcgccg184 gcgctattca gccgcgaccc aaacggcggt gcctcgctgg ccagtacg

AND xileH elbuoD

Page 15: Aplikasi Hidden Markov Model

ini naitilenep irad naujuT: halada

.1 ledoM ijakgneM neddiH nad terksid vokraM.renibaR amtirogla nakanuggnem aynisakilpa

.2 :utiay ,MMH retemarap naagudnep nakukaleM.a kutnu naagudneP etats ..b adap adareb vokram iatnar aynamal naagudneP

utaus etats ..c .isavresbo sesorp agudneP

.3 ledoM nakisatnamelpmigneM neddiH kutnu vokraM negortin asab naturu rutkurts narutaretek halasam

AND.4 rutkurts ledom kutnu isatupmok margorp taubmeM

.AND negortin asab naturu

.1 ledoM ijakgneM neddiH nad terksid vokraM.renibaR amtirogla nakanuggnem aynisakilpa

.2 :utiay ,MMH retemarap naagudnep nakukaleM.a kutnu naagudneP etats ..b adap adareb vokram iatnar aynamal naagudneP

utaus etats ..c .isavresbo sesorp agudneP

.3 ledoM nakisatnamelpmigneM neddiH kutnu vokraM negortin asab naturu rutkurts narutaretek halasam

AND.4 rutkurts ledom kutnu isatupmok margorp taubmeM

.AND negortin asab naturu

Page 16: Aplikasi Hidden Markov Model

naitileneP nataigeK anacneR

nataigeKlirpA ieM inuJ iluJ

I II III VI V I II III VI I II III VI I II III VI V

:naitileneP

MMH ijakgneM.a

retemaraP naagudneP.b

MMH isatnemelpmI.c

MMH isatupmoK.d

muikoloK

I isimoK gnadiS

II isimoK gnadiS

ranimeS

gnadiS

Page 17: Aplikasi Hidden Markov Model

V akatsuP ratfaD

]1[ .2002 .GL llehctiM .BJ eceeR .AN llebbmaCamilek isidE .igoloiB - .atrakaJ .aggnalrE .1 diliJ

]2[ vokraM neddiH no lairotuT .9891 .renibaR.R.L hceepS ni snoitacilppA detceleS dna sledoM752 pp ,2.oN 77 loV ,EEEI .corP .noitingoceR -

.982]3[ ibretiV.0002 .zedneM serroT lirbA zuL

rof tcejorp mreT .noitingoceR txeT ni mhtiroglA ,ytisrevinU lliGcM ,esruoc

]4[ vokraM neddiH no lairotuT A .6991 .D hsekaR lacirtcelE fo .tpeD ,tropeR lacinhceT .ledoM ,ygolonhceT fo etutitsnI naidnI ,gnirrenignE

.yabmoB

]1[ .2002 .GL llehctiM .BJ eceeR .AN llebbmaCamilek isidE .igoloiB - .atrakaJ .aggnalrE .1 diliJ

]2[ vokraM neddiH no lairotuT .9891 .renibaR.R.L hceepS ni snoitacilppA detceleS dna sledoM752 pp ,2.oN 77 loV ,EEEI .corP .noitingoceR -

.982]3[ ibretiV.0002 .zedneM serroT lirbA zuL

rof tcejorp mreT .noitingoceR txeT ni mhtiroglA ,ytisrevinU lliGcM ,esruoc

]4[ vokraM neddiH no lairotuT A .6991 .D hsekaR lacirtcelE fo .tpeD ,tropeR lacinhceT .ledoM ,ygolonhceT fo etutitsnI naidnI ,gnirrenignE

.yabmoB

Page 18: Aplikasi Hidden Markov Model